Начиная с 1860 года, при Александре II, на юге Казахстана строится ряд крепостей, предназначенных как для того, чтобы держать под контролем уже подчиненные земли, так и для того, чтобы создать базу для новых территориальных захватов. Самый восточный из этих форпостов получает имя Верный. Вокруг казармы и окружающих ее строений вырастет поселок, который десятилетия спустя станет под именем Алма-Ата столицей Казахской Советской Социалистической Республики. В начале 1860-х годов начинается наступление царских войск на территорию Узбекистана. Первоначально военные действия развернулись против Кокандского ханства и завоеванных им ранее земель. Осенью 1862 года русские войска вступили в Пишпек (ныне г. Фрунзе), летом 1863 года захватили крепость Сузак, весной 1864 года — г. Аулие-Ата и г. Туркестан. В сентябре 1864 года был штурмом взят Чимкент, а в мае 1865 года — Ташкент. Затем были разбиты бухарские войска, двигавшиеся к Ташкенту. Бухарский эмир провозглашает тогда «газават» (священную войну) и призывает к участию в ней жителей Кокандского ханства, а также Хиву, Турцию, Афганистан и Индию. Генерал Кауфман, который командует русскими армиями, очень быстро захватывает бухарские города Ура-Тюбе и Джизак, крепость Янчикурган и принуждает эмира к переговорам. Последний уступает России (по мирному договору 1868 года) долины в среднем течении Зеравшана с городами Ходжент, Ура-Тюбе, Джизак, Каттакурган, Самарканд и выплачивает своим противникам репарации в размере пятисот тысяч серебряных рублей. Он также обязуется не взимать с товаров, поступающих из России или идущих в нее, налоги, превышающие пять процентов их стоимости. По сути дела, победа генерала Кауфмана превратила эмират в протекторат, что и было зафиксировано позднее в официальном договоре.
Менее чем через пять лет настала очередь Хивинского ханства, которое рушится под ударами русских армий. Хан отказывается от борьбы, приказав открыть ворота своей столицы, и, согласно мирному договору, навязанному ему в августе 1873 года, признает себя «покорным слугой императора всея Руси». Кроме того, он уступает ему свои владения на правом берегу Амударьи, предоставляет ему полную свободу навигации по этой реке и обязуется выплатить дань в размере двух миллионов рублей. Хан заявляет о своем решении отменить рабство и дает победителям право построить склады, фабрики и портовые сооружения на левом берегу Амударьи. Русские караваны и торговцы смогут отныне свободно передвигаться по территории ханства, которое гарантирует им безопасность и освобождение от таможенных сборов.
Пройдет еще три года, и в 1876 году генерал Кауфман, воспользовавшись тем, что страну потрясали восстания, вызванные тиранией ханской администрации, аннексирует все, что еще оставалось от территории Кокандского ханства. Отныне вся бывшая территория Коканда станет частью образованного в 1867 году Туркестанского генерал-губернаторства.
Теперь настала очередь туркменских земель. Военный министр Александра II граф Д. А. Милютин заявит в 1880 году, что без взятия Туркмении Кавказ и Туркестан навсегда останутся расчлененными. Начало тому было положено еще в 1869 году, когда русские войска высадились на восточном берегу Каспийского моря и основали город Красноводск. В январе 1881 года встретившие упорное сопротивление войска генерала М. Д. Скобелева захватили крепость Геок-Тепе, а несколькими днями позже царскими войсками был занят аул Асхабад (современный Ашхабад). Многие районы Туркмении присоединились к России добровольно, среди них Мерв (Мары), старинный город — в прошлом один из этапов шелкового пути. В 1882 году на территории Туркмении была образована Закаспийская область с центром в Асхабаде, которая позднее вошла в состав Туркестанского края.
Царская империя имеет теперь общую границу с Персией и Афганистаном, и это не нравится другой великой державе — Англии, властительнице Индии. Нельзя сказать, что соперничество двух империалистических держав обнаруживается лишь с приближением царских войск к британской зоне влияния. На самом деле, как по экономическим, так и по стратегическим причинам, Россия и Великобритания противостояли друг другу в Средней Азии еще до того, как русские армии распространили свои завоевания до границ с Персией. Уже с 1838 года английские агенты, действуя из Герата в Афганистане, проникают в окружение ханов и бухарского эмира, разъезжают по стране, собирая разведывательные данные об оборонных возможностях военных крепостей и местных армий. Англия испытывает великое искушение завладеть всем регионом. Лондонские газеты уже подготавливают к этому общественное мнение, напоминая о святой необходимости «защитить Индию, жемчужину короны», и сдержать русских, угрожающих ее безопасности. Чтобы обеспечить себе здесь союзников и нанести поражение русскому торговому проникновению, англичане практикуют политику самого настоящего «демпинга». Так, в Бухаре они продают английские ткани дешевле их себестоимости, чтобы преградить дорогу русским товарам. Однако непредвиденные обстоятельства помешают англичанам осуществить их более агрессивные планы. Это прежде всего яростное сопротивление в 1838–1842 годах афганцев, помешавших английским войскам продвинуться к берегам Амударьи. Во время Крымской войны Лондон вновь предусматривает посылку значительного экспедиционного корпуса через Грузию в Среднюю Азию, но сталкивается здесь с непреодолимым препятствием: Франция отказывается сотрудничать в осуществлении этого проекта, и Англия вынуждена отказаться от своих замыслов. Позднее восстание сипаев, которое потрясает Индию (1857 г.), связывает ей руки и заставляет направить большую часть сил на усмирение индусов.