Религиозная жизнь на первый взгляд протекала по-прежнему. Так же много правоверных на пятничных молитвах, в квартальных мечетях — ежедневная пятикратная молитва (намаз). Однако должность «раиса» — чиновника, назначавшегося для наблюдения за религиозным рвением подданных эмира и имевшего право наложить штраф и даже подвергнуть телесным наказаниям тех, кто нарушал религиозные правила, — была упразднена. Тем не менее судьи («казн») продолжали выносить решения согласно древнему закону шариата, а улемы (исламские ученые) по-прежнему разрешали споры, давая свое толкование права. Муллы — этот титул присваивался священнослужителям, умевшим читать, — управляли мечетями и обеспечивали контроль над святилищами и местами паломничества. Без них не обходилась ни одна из церемоний общественной жизни — будь то обрезание, свадьба или похороны. Но чего стоила эта «культура», хранителями которой они пытались себя представить? Что уцелело в ней от времен, когда в эпоху Тимура и Улугбека Самарканд и Бухара были великими центрами знаний? Вплоть до середины XIX века Бухара, несмотря на упадок, сохраняла репутацию интеллектуального центра. К 1860 году в ней еще насчитывалось около двухсот медресе (исламских школ). Другие учебные заведения функционировали в Хиве и Самарканде, но часто в этих медресе насчитывалось не более нескольких десятков учащихся. На протяжении десятилетий мусульмане из северных степей, с Кавказа, с Волги и из других регионов с благоговением обращали взоры к этим центрам исламских знаний, куда они отправлялись учиться и откуда получали учителей для своих собственных учебных заведений. Но в начале XX века под влиянием модернистских идей, появившихся в новых социальных слоях, связанных с развитием промышленности и участвующих в торговле с Россией, богатые мусульманские семьи перестали отправлять своих детей в Бухару за знаниями, которые представлялись им теперь мертвыми и бесполезными.
В самом деле, теология и законы Корана были основными предметами обучения. Студенты заучивали наизусть, штудируя их до бесконечности, стихи и суры из священных книг, написанных на классическом арабском языке, смысл которых с каждым новым поколением понимался как учителями, так и студентами все меньше и меньше. Такие «занятия», длившиеся годами, могли завершиться лишь выпуском мулл, еще более невежественных, чем их предшественники. Чему же они могли научить других? В деревнях обычно только один или два человека могли читать и писать. В удаленных же населенных пунктах грамотных и вовсе не было. В городах даже среди состоятельных людей многие не могли написать свое имя и поэтому носили перстни-печатки. Умевшие читать женщины были настолько редки, что ими восхищались, как невероятным чудом.
Ничуть не лучше было положение на территориях, прямо подчинявшихся русским властям. В 1915 году в колониях на здравоохранение и образование выделялось 2,3 процента государственного бюджета, а на нужды служб безопасности и администрации — 86,7 процента. Неудивительно, что после падения царизма число людей, умеющих читать и писать, составляло 2 процента среди узбеков, 0,7 процента у туркменов, 0,5 процента у таджиков, 0,2 — у киргизов и каракалпаков. Среди кочевников же царила практически полная безграмотность.