9 августа штаб Балтийского флота получил экстренную телеграмму: «Минное заграждение поставить немедленно». Телеграмма была подписана В. И. Ульяновым (Лениным) и В. А. Антоновым-Овсеенко.
В августе – сентябре 1918 года народный комиссар по военным делам был командирован Совнаркомом в Берлин для участия в переговорах с правительством Германии. Рассматривались вопросы взаимоотношения двух государств, раздираемых политическими противоречиями.
Затем он непродолжительное время командует группой войск на Восточном фронте, занимавшей участок Ижевск – Пермь. В октябре в «Известиях Наркомвоен» была опубликована полемическая статья Владимира Александровича, который писал: «Подлинный стратегический узел завязывается для нас не на Дону или Кавказе, он туго завязывается на Урале».
Но долго воевать на Восточном фронте Антонову-Овсеенко не довелось. Реввоенсовет Республики, который в годы Гражданской войны возглавлял Л. Д. Троцкий (Бронштейн), учитывая опыт Антонова-Овсеенко (введенного в состав Реввоенсовета) в начале Гражданской войны, направляет его на Украину, большая часть которой уже находилась в руках германских войск.
17 ноября он назначается командующим и членом Реввоенсовета Особой группы войск Курского направления Украинского фронта, который только начал создаваться. Основу группы составляли две украинские советские дивизии. От Главнокомандующего Вооруженными Силами Республики ожидалось значительное усиление, но на деле оно оказалось только обещанием. Резервы уходили на Восточный фронт, откуда шла наибольшая опасность.
В том же ноябре, 30-го числа, следует новое назначение. В. А. Антонов-Овсеенко возглавляет Революционный военный совет Украинской Красной армии из трех человек (он, В. П. Затонский и Ф. А. Артем). Одновременно становится членом Совета рабочей и крестьянской обороны Украинской ССР.
Советские войска начали наступление по трем направлениям – на Чернигов, Купянск и Белгород. Но вскоре их приостановили, командование стало заниматься доформированием войск и их обучением, поиском резервов. А. В. Ракитин в историко-биографическом очерке «В. А. Антонов-Овсеенко» пишет о той ситуации:
«…Так и не получив директивы главкома, Антонов решил вновь действовать против интервентов самостоятельно. Правда, лобовая атака немецких позиций наличными силами не могла принести успеха, это показала попытка взять с налета Белгород.
Командование фронта избрало другую тактику – мирные переговоры и постепенное просачивание украинских советских частей в тыл Белгорода и Харькова. Надо было, не предъявляя немцам ультиматума, не ввязываясь в тяжелые бои, постепенно оттеснять их от демаркационной линии.
События торопили! С юга угрожали флот и войска Антанты, на Дону укреплялся генерал Краснов, в Киеве – Петлюра, объединившийся с белогвардейцами».
Антонов-Овсеенко прилагал все усилия для пополнения Украинской советской армии. Это ему в значительной мере удалось. На конец декабря она насчитывала в своих рядах 14 тысяч штыков, 1350 сабель при 20 орудиях и 139 пулеметах. Но при этом надежды на «революционное разрушение» германских войск (на Украине еще оставалось 8 их дивизий) армейской группы «Киев» не оправдались.
Владимир Александрович в своих «Записках о гражданской войне» свидетельствовал: «…Как ни быстро разлагались германские части, все же они продолжали сохранять старую воинскую организацию, прежнее командование и некоторую дисциплину».
В первый день нового 1919 года в Харькове вспыхнуло восстание против петлюровцев. Германское командование поддержало войска Украинской директории под тем предлогом, что восставшие якобы мешают успешной эвакуации немецких войск. Антонов-Овсеенко на свой страх и риск двинул красные полки на Харьков и 3 января освободил город от петлюровцев. На следующий день, 4 января 1919 года, он назначается командующим Украинским фронтом.
Главком Республики И. И. Вацетис дает директивное указание командующему фронтом «продвинуться до левого берега Днепра», то есть отбить у петлюровцев Киев. В то же время он телеграфировал В. А. Антонову-Овсеенко:
«Стратегические задачи на Украине настолько обширны, что для разрешения их требуется несколько армий, что по силам лишь войскам РВСР; поэтому тем 3–4 полкам, формирование которых Вами еще не закончено, мною никогда не ставилось стратегических задач».