В феврале 1918 г. сформировал и возглавил кавалерийский отряд, с которым выступил против белых, подчинялся Б. М. Думенко. Партизанский отряд постепенно разрастался до полка, бригады и дивизии. Будённый действовал под Царицыном. В 1919 г. Будённый вступил в РКП(б), хотя и не собирался этого делать изначально.
В июне 1919 г. войска Будённого были развернуты в корпус, а в ноябре — в Первую Конную армию. Создание стратегической конницы в РККА как мощной ударной силы стало важным фактором победы красных. Конница позволяла в условиях Гражданской войны осуществлять глубокие прорывы фронта, что меняло стратегическую обстановку. Тем более что наряду с превосходной по составу конницей, отличной экипировкой бойцов в Первой Конной были артиллерия, самолеты, бронепоезда и бронеавтомобили. В своей основе Первая Конная армия была крестьянско-казачьей. В строй ставились и пленные белогвардейцы. Будённый участвовал в разгроме войск генерала А. И. Деникина в Воронежско-Касторненской операции. По сути, будённовцы спасли тогда Советскую Россию от гибели, поскольку на подступах к Москве белые смогли разгромить 8-ю советскую армию.
Семён Будённый — полный Георгиевский кавалер, герой Первой мировой войны
В дальнейшем Первая Конная армия участвовала в Донбасской, Ростово-Новочеркасской, Тихорецкой операциях, в Егорлыкском сражении. При этом в ходе борьбы с деникинской конницей Будённый дважды терпел поражения от белых на Дону — под Ростовом и на Маныче в начале 1920 г.
Егорлыкское сражение проходило в период с 25 февраля по 2 марта 1920 г. в период Тихорецкой операции. Противостояние развернулось между будённовцами и конной группой генерала А. А. Павлова — крупного кавалерийского начальника со стороны белых. В ходе неожиданного боестолкновения южнее станицы Среднеегорлыкской будённовцы расстреляли походные колонны казаков из артиллерии и пулеметов, после чего атаковали их в конном строю, обратив в бегство. С обеих сторон в сражении участвовало в общей сложности до 25 000 человек.
«Если говорить о себе, то я не желаю иной судьбы, чем та, которая выпала на мою долю. Я счастлив и горд, что был командармом 1-й Конной… У меня сохранилась фотография, на которой я снят в форме старшего унтер-офицера Северского драгунского полка с четырьмя Георгиевскими крестами на груди и четырьмя медалями. Как в старину говорили, у меня был полный георгиевский бант.
На медалях отчеканен девиз: «За Веру, Царя и Отечество». Но мы, русские солдаты, воевали за Отечество, за Россию, за народ»
В период советско-польской войны армия Будённого была переброшена походным порядком на польский фронт (за 53 дня), где участвовала в Киевской операции, осуществила Житомирский прорыв, выйдя в глубокий тыл противника. Армия освободила Житомир и Бердичев, Новоград-Волынский, Ровно, Дубно, Броды. В период Львовской операции армия Будённого сковала значительные силы противника и вышла из окружения в Замостье. Однако под Варшаву, где она была крайне необходима, армия переброшена не была. Будённовцы участвовали в боях в Северной Таврии против войск Врангеля, в Перекопско-Чонгарской операции.
С. М. Будённый, М. В. Фрунзе и К. Е. Ворошилов. 1920 г.
В 1920–1921 гг. армия занималась ликвидацией бандитизма на Украине и Северном Кавказе. История Первой Конной увековечена участником событий, писателем Исааком Бабелем в сборнике рассказов «Конармия». Будённый был возмущен тем, как Бабель описал события польского похода, и откликнулся резкой отповедью «Бабизм Бабеля из «Красной нови». Статья была опубликована в журнале «Октябрь» в 1924 г., писатель в ней был назван «дегенератом от литературы».
Будённый проявил себя как прекрасный тактик кавалерийского боя, однако полководческих способностей, стратегического мышления у него не было. За боевые отличия в Гражданскую войну был награжден тремя орденами Красного Знамени (1919, 1923, 1930), почетным революционным холодным и огнестрельным оружием (1919,1923). За рубежом Будённый получил прозвание «Красный Мюрат».
Вместе с тем сильной стороной Красной Армии как раз и была возможность выдвижения на руководящие посты таких «народных полководцев», которые вряд ли могли выдвинуться у белых, хотя и обладали незаурядными командирскими качествами.