Серьезным минусом политики Санкары стал конфликт с соседним Мали, последовавший в 1985 году. Поводом для конфликта послужили споры вокруг богатой полезными ископаемыми Агашерской полосы на границе обоих государств. Мали давно претендовала на эту территорию. Собственно, именно с ней связан и первый боевой опыт созданной 21 ноября 1961 года вольтийской армии. Еще в 1974 году произошел кратковременный конфликт с Мали, в котором в качестве офицеров участвовали лейтенанты Томас Санкара и Жан Батист Лингани – будущие руководители революции 1983 года. Этот кратковременный конфликт с Мали был предотвращен благодаря вмешательству в качестве посредников президентов Гвинеи и Того – Ахмаду Секу Туре и Гнассингбе Эйадема. Однако боевые действия дали возможность выдвинуться и завоевать авторитет в армии и обществе ряду младших офицеров вольтийской армии, отличившихся во время сражений с превосходящим по силе противником.
Повторно конфликт вспыхнул в 1985 году. Когда в Буркина-Фасо проводилась перепись населения, буркинийские переписчики случайно перешли малийскую границу и зашли в стойбище кочевников-фульбе. В ответ Мали обвинило Буркина-Фасо в нарушении своей территориальной целостности. 25 декабря 1985 года началась Агашерская война, продлившаяся пять дней. За это время малийским войскам удалось оттеснить буркинийскую армию и занять территорию нескольких деревень. При этом погибло около трехсот человек. Война взбудоражила страны Западной и Северной Африки. Вмешались Ливия и Нигерия, пытавшиеся взять на себя роль посредников, но им не удалось прекратить кровопролитие. Более успешными оказались усилия президента Кот-д’Ивуара Феликса Уфуэ-Буаньи. 30 декабря стороны прекратили боевые действия.
Война с Мали выявила существенные недостатки военной политики Санкары. Президент достойных людей, проводя свои социальные реформы, недооценивал происходящие в вооруженных силах страны процессы. Полковник Чарльз Уаттара Лона написал статью «Необходимость военной реформы», в которой как военнослужащий и историк дал оценку политике Санкары в военной сфере.
Томас Санкара стремился революционизировать систему обороны страны, опираясь на Комитеты защиты революции. Считая, что «солдат без политического образования есть потенциальный преступник», Санкара стремился к демократизации системы управления вооруженными силами и одновременно к политическому просвещению солдат, унтер-офицеров и офицеров. Комитеты защиты революции должны были организовать всеобщее вооружение народа, а народное ополчение – Народная национальная служба (SERNAPO) – дополнить армию, постепенно заменив ее собой. В ходе борьбы за власть Санкарой были ликвидированы многие высокопоставленные и опытные офицеры старой вольтийской армии, придерживавшиеся «правых» и прозападных взглядов. Часть уцелевших от репрессий, но не согласных с политикой Санкары, была вынуждена эмигрировать. Ослабление вооруженных сил существенно усложнило положение Буркина-Фасо во время следующего пограничного конфликта с Мали в 1985 г.
Вместе с тем социальная политика Санкары вызывала значительное недовольство среди части офицерского корпуса страны. Многие офицеры, начинавшие службу еще до прихода Санкары к власти, не были довольны минимизацией затрат на содержание государственных служащих, попыткой передать функции обороны и безопасности революционным комитетам. Недовольство курсом Санкары проникло и в его ближайшее окружение. Но главную роль в формировании антисанкаристских настроений играла политика ряда зарубежных государств.
Заговор военных и гибель капитана Санкары
Режим Санкары крайне не устраивал страны Запада, в особенности бывшую метрополию – Францию и Соединенные Штаты Америки, которые также были обеспокоены успехом политики «опоры на собственные силы» и отказом от навязываемой помощи подконтрольных США кредитных организаций. Под патронажем Франции даже собиралась конференция стран – соседей Буркина-Фасо, принявшая обращение к Санкаре с требованием прекращения социальной политики. С другой стороны, все более прохладно к политике Санкары относился и влиятельный в Западной Африке ливийский лидер Муаммар Каддафи. Последнего, как и страны Запада, не устраивала чрезмерная самостоятельность буркинийского лидера, его курс на «собственные силы» и противодействие попыткам подчинить экономику страны иностранному влиянию.
Муаммар Каддафи стал обращать все больше внимания на ближайшего сподвижника Санкары еще со времен участия в «Группе офицеров-коммунистов» – капитана Блеза Компаоре. В правительстве Санкары Компаоре занимал пост министра юстиции. Хотя этот человек также начинал как патриот и революционер, он казался более уступчивым и сговорчивым. Иначе говоря, с ним всегда можно было договориться. Устраивал Компаоре и Запад, в том числе Францию. В конечном итоге Блез Компаоре возглавил заговор с целью свержения «капитана достойных людей».