Мельгунов становится признанным авторитетом по вопросам истории церкви в России и на этой почве сближается с Л.Н. Толстым. Во время одной из встреч великий писатель настаивал: «Бросьте вы эту ерунду – «Русские ведомости», они вас совсем испортят», – уговаривая Мельгунова посвятить себя «исключительно изучению религиозных движений в России, может быть, единственному положительному и самому важному в современной общественной жизни». Однако историк не внял этому совету, а, напротив, все более расширял сферу своих интересов. Под его редакцией вышли многотомные коллективные труды, составляющие гордость русской историографии: «Великая реформа 19 февраля 1861 г.» (7 т.), «Отечественная война и русское общество» (6 т.), «Масонство в его прошлом и настоящем» (3 т.). Эти издания были богато иллюстрированы во многом благодаря уникальной исторической коллекции, собранной Мельгуновым. К числу заслуг Сергея Петровича можно отнести также составление и редактирование «Книг для чтения по истории нового времени» (7 т.), «Рассказов по русской истории», сборников «Из нашего прошлого», брошюр «Популярной исторической библиотеки», носивших просветительский характер.
Постепенно все больше сил Мельгунова стали поглощать издательские дела, в которых проявились его незаурядный организаторский талант и яркая творческая натура. Он участвовал в создании издательств «Народное право» и «Свободная Россия», организации первого в стране Союза книгоиздателей. Однако истинным его детищем стало издательство «Задруга» – совершено исключительное явление в российском книгоиздании. Оно представляло собой кооперативное товарищество, насчитывавшее около 600 членов – писателей, общественных деятелей, ученых, рабочих двух типографий издательства, каждый из которых являлся пайщиком и совладельцем «Задруги». За более чем десятилетний период существования товарищество выпустило свыше 500 самых разнообразных книг.
В 1913 году совместно с известным историком В.И. Семевским Мельгунов организовал журнал «Голос минувшего» и редактировал его на протяжении десяти лет. В течение всего этого времени (вышло 65 томов) журнал пользовался заслуженной славой крупнейшего русского исторического журнала.
Политические симпатии Мельгунова склонялись к народническим кругам, группировавшимся вокруг «Русского богатства». В 1907 г. он принял деятельное участие в создании народно-социалистической партии, став затем товарищем председателя ее ЦК. «По своим воззрениям, – писал Мельгунов, – эта партия отличалась от других социалистических партий тем, что в основу она клала не классовую борьбу, а интересы человеческой личности как таковой… Партия не могла иметь широкого развития в буйное время революции, когда на сцену выступила демагогия. Но ее умеренный социализм, ее непрерывная защита интересов государства как целого, интересов нации («Превалирование над всем национальной и государственной точки зрения» – так формулировал свое кредо историк) привлекло в ее ряды многих лучших представителей русской демократической интеллигенции».
В Февральской революции Мельгунов увидел осуществление давней мечты всех борцов за свободу. Он активно поддерживал Временное правительство, редактируя вместе с другими лидерами народных социалистов – В.А. Мякотиным и А.В. Пешехоновым – партийные газеты. Однако из-за своей загруженности историк отказался от весьма лестного предложения Министерства внутренних дел занять пост московского комиссара.
Раскаты Октябрьской бури были встречены Мельгуновым крайне враждебно. В своих воспоминаниях он назвал годы, последовавшие за этим событием, «убийственным прозябанием». Историк откровенно признался, что с первых дней революции стал «непримиримым врагом советской власти» и вел против нее «активную борьбу». На этом пути его ждали 23 обыска, 5 арестов, 6 месяцев жизни на нелегальном положении, полтора года заключения в тюрьмах, страшная угроза расстрела. Вся эта одиссея имеет прямое отношение к книге «Красный террор в России», и на ней стоит задержаться более подробно.
Чем же было вызвано резкое неприятие Мельгуновым новой власти? Это чрезвычайно важно уяснить, чтобы понять те принципы, отталкиваясь от которых историк считал возможным критиковать большевиков. Обратимся к его показаниям во время четвертого ареста в 1920 г. В них Мельгунов, продолжавший считать себя социалистом, утверждал, что ни в Европе, ни в России еще не созрели предпосылки для «пролетарской революции», а «при таких условиях опыт социалистического строительства вне объективных условий времени… является общественным преступлением – преступлением перед потомством. При подобной оценке вопрос о методах, при помощи которых проделывается опыт, выдвигается на первый план. Многие из идей, осуществляемых властью, я разделяю, но все ее методы мне органически ненавистны, так как все то насилие, которое мы наблюдаем, не находит себе никакого исторического оправдания. И в жизни получается лишь какая-то карикатура даже на коммунизм – нарушается элементарное основание так называемого научного коммунизма. Я не могу примириться с тем исключительным произволом, который царит ныне во всех отраслях жизни, с той… системой террора, которая возведена в принцип государственного строительства до последнего времени».