В заявлении в президиум Особого отдела ВЧК от 10 июля 1920 г. Мельгунов писал на ту же тему: «Будучи врагом всей политики Советской власти, я все же деятельность большевиков объяснял своего рода общественным фанатизмом, узко воспринятой политической догмой! И органически ненавистный мне террор я выводил из того же ложного, с моей точки зрения, миропонимания… Когда вы убиваете людей, вы говорите, что уничтожаете врагов во имя великого будущего. Я отрицаю за людьми право так строить будущее». Историк признавал, что «коммунистическое правительство… опирается на инстинктивное чувство массы и идет по пути нового социального строительства. Последнее я, конечно, никогда не отрицаю и всецело бы сочувствовал, если бы пути были не ошибочны, а методы не так узко деспотичны. Я не верю в возможность осуществления таким путем социализма».
Как видим, Мельгунов расходился с большевиками не по вопросу о целях преобразования общества, а по вопросу о путях и методах достижения этих целей, и, конечно, неприятие им новой власти никак нельзя объяснить «дворянским происхождением» или «классовой злобой» отъявленного «контрреволюционера». Скорее речь здесь должна идти о твердом следовании историка принципам нравственности, свободы и социальной справедливости, которые отстаивались представителями умеренного крыла народническо-социалистического движения. Эта твердость и обусловила в конечном счете «контрреволюционность» Мельгунова как в его взглядах, так и политических действиях. Думается, сегодня, в отличие от печально памятных лет, мы должны признать, что такая позиция, несмотря на ее крах в те дальние годы, имела свою громадную выстраданную правду. В истории далеко не все, что терпит поражение, изначально ложно, бесперспективно. И мы обязаны ныне отдать должное тем, кто, идя против течения, теряя при этом свободу, Родину, жизни и все же проигрывая, пытался сдерживать приближение неминуемого, окрашенного в черные цвета насилия и народной трагедии. Да и что кроме уважения может вызывать решительность людей, которые, видя поругание своих святых идеалов и ценностей, не отсиживались по углам, не замыкались в словоблудие и вздохи по утраченному, а, рискуя всем, предпринимали реальные действия, пусть часто неумелые и напрасные, против порочной, по их пониманию, власти.
В своих воспоминаниях, появившихся в печати только после смерти историка, Мельгунов раскрыл те тайны собственной «контрреволюционной» деятельности, за которые дорого бы заплатили чекисты. Узнай они тогда об этих секретах, участь Мельгунова была бы куда печальнее. Уже в первые месяцы после Октября он решительно высказывался за политическую линию народных социалистов, нацеленную против какого-либо компромисса с Советами, любого «соглашения с партией большевиков» и «участия в административной власти». Эти свои взгляды Мельгунов публично высказал в газете народных социалистов (энэсов) «Народное слово» в статье с показательным заголовком «Борьба до конца». За эту статью газета была тотчас же закрыта.
Страстным желанием историка становится сплочение антибольшевистских сил, он предпринимает для этого действенные шаги, неоднократно встречается с близко знавшим его П.А. Кропоткиным, по его словам, «государственником в лучшем смысле слова», поддерживает тесный контакт с Б.В. Савинковым. Весной 1918 года оформляется одна из наиболее сильных контрреволюционных организаций «Союз возрождения России», включившая в себя представителей левого фланга антибольшевистского фронта – энэсов, правых эсеров, меньшевиков-оборонцев, левых кадетов. Мельгунов занимает в союзе руководящее место: как и Н.Н. Щепкин, он является фактическим заместителем председателя союза В.А. Мякотина, а после отъезда последнего на юг становится одним из двух лидеров московской группы союза.