В условиях конспирации «Союз возрождения» налаживает переправку на добровольческий юг офицеров, обзаводится своей военной организацией. После некоторых колебаний руководители союза приходят к мысли о целесообразности интервенции в страну союзников России по Антанте «для продолжения борьбы с немцами и воссоздания русской антибольшевицкой государственности». От союзнических миссий «Союз возрождения» получает на развертывание своей деятельности более 1 миллиона рублей, часть из которых была переправлена в Добровольческую армию, другая часть – 300 тысяч рублей – была лично передана Мельгуновым Савинкову.
До поры до времени в ЧК об этой активности известного историка не ведают вовсе: на виду его работа в качестве руководителя «Задруги» и редактора «Голоса минувшего». В этих условиях первый арест Мельгунова, произошедший в ночь на 1 сентября 1918 г. сразу же после покушения на Ленина и убийства Урицкого Л. Каннегисером (он назвал себя энэсом, что не могло не отягчать дальнейшей судьбы руководителей этой партии, в том числе Мельгунова), был лишь ярким проявлением того «истерического террора», когда в ответ на посягательство на жизнь вождей революции без разбора арестовывали и расстреливали почти исключительно совершенно невинных людей. Мельгунов попадает на Лубянку, 11, в помещение бывшего страхового общества «Якорь», в это, по его словам, «царство латышей! и притом латышей, почти не говоривших по-русски», а затем в Бутырку. Здесь ему пришлось испытать на себе не только жуткие бытовые тяготы (в камере на 100 человек было утрамбовано 300), но и пытки бессонных ночей, когда то одного то другого соседа уводили на расстрел и думалось, что следующим будешь ты сам.
Однажды ночью в камерной двери в очередной раз лязгнул ключ, сердце замерло, и наш герой действительно услышал то, чего боялся: «Мельгунов здесь? Без вещей по городу». По тогдашней тюремной терминологии это означало расстрел, но вскоре выяснилось, что это также один из приемов чекистов лучше подготовить арестованного к допросу, который провел заведующий отделом по борьбе с контрреволюцией Н.А. Скрыпник. Когда же Мельгунов вернулся в тюрьму, его сокамерники были немало удивлены: быстро разнесшаяся по Бутырке молва уже похоронила историка, и хорошо хоть она не вышла за стены тюрьмы и не донеслась до его жены.
В октябре 1918 г. у Сергея Петровича состоялась удивительная встреча с самим Ф.Э. Дзержинским. Предоставим историку слово: «Я… встретил простого, средней руки провинциального интеллигента. И как это ни странно, очень скоро роли наши как бы переменились. В обличительных тонах стал выступать допрашиваемый. И, видимо, слова о мерзости красного террора, о массовых убийствах, якобы произведенных по требованию возмущенных московских рабочих, о бессмысленности расстрела представителей «старого режима» за покушение социалистки еще больно задевали новоявленного чекиста, не успевшего скинуть целиком одеяния старого революционера. Чекистская тога не покрывала еще остатков совести и разума бывшего польского соц.-демократа. Взбудораженный, он бегал по комнате, и я ухитрился в это время из обвинительного досье, лежавшего на столе, незаметно взять документ, уличавший моих друзей в «контрреволюционных» замыслах. Взволнованный Дзержинский даже этого не заметил. Слова о крови били еще по его нервам. Не все человеческое было ему таким образом чуждо. Он, конечно, сознавал, что сентябрьская резня (террор в сентябре 1918 г. – С.Д.) вовсе не вызвана требованием населения и что она отнюдь не являлась попыткой «разумно (?!) направить карающую руку освобожденных и раскрепощенных рабочих масс». Так утверждал впоследствии (записка 1922 г.) Дзержинский».
«Каннегисер назвал себя народным социалистом. Вот вас и арестовали, – говорил Дзержинский. – Что же делать. Мы боремся. Наша задача умиротворить ненависть. Без нас красный террор был бы ужасен. Пролетариат требует уничтожения всей буржуазии… Мы творим новую жизнь. Вероятно, мы погибнем. Меня расстреляют. Я пишу воспоминания. Оставлю их вам. Прочитав, вы поймете нас.
– Ну меня раньше успеют расстрелять, – ответил историк».
В конце бурной трехчасовой беседы председатель ВЧК заявил, что Мельгунов будет освобожден тотчас же, без возвращения в тюрьму, так как за него поручился большевик П.Г. Дауге. «Провожая меня в коридор, – вспоминал историк, – Дзержинский спросил: не поинтересуюсь ли я узнать, кто второй из коммунистов поручился за меня (полагалось два поручительства), и сказал: «Я!» Последовала молчаливая сцена, так как я решительно не знал, что следовало сказать по этому поводу. Для Дзержинского это был красивый жест!»