С махновским повстанческим движением связана, действовавшая летом-осенью 1919 года В Москве, Организация анархистов подполья. Они выпускали листовки и газету «Анархия». Но больше всего эта группа прославилась знаменитым взрывом московского горкома партии большевиков в Леонтьевском переулке 25 сентября 1919 года, когда погибли и были ранены многие видные большевистские деятели. Однако вскоре анархисты подполья были выслежены чекистами и уничтожены (окруженные на своей базе на даче в подмосковном местечке Красково, они взорвали дачу вместе с собой на воздух).
Сильное влияние анархических идей и настроений можно проследить и во многих народных выступлениях последнего этапа гражданской войны. Наиболее это заметно на примере Кронштадтского восстания в марте 1921 года. Восставшие моряки выдвинули лозунг «третьей революции» (после февральской и октябрьской), ликвидации ЧК, создания советской власти, свободной от партийных влияний, свободы политической агитации для социалистов и анархистов. Их лозунги: «Власть Советам, а не партиям!», «Советы без Совнаркома» и другие, носят во многом анархический характер. Однако Кронштадтское восстание явилось последним трагическим аккордом затухающей Великой Революции и было потоплено в крови 18 марта 1921 года — в 50-ую годовщину Парижской коммуны.