Марсден сам был новообращенным. Через миссионерское общество Англиканской церкви в надежде на христианизацию жителей тихоокеанских островов в 1814 г. он лично возглавил миссию на Северный остров Новой Зеландии. Маори как представителей «высшей расы» можно было освободить от грехов дикости и обратить в христианство с помощью осознания преимуществ цивилизации, которые стали бы для них очевидны, если их обучить сельскому хозяйству и торговле. Торговля и Евангелие оказались ненадежными партнерами в поселении Марсдена в заливе Пленти, однако он не питал особых надежд то, что аборигены их освоят, и не стал участвовать ни в учебной ферме, которую в том же году для них организовал Маккуори, ни в Туземном институте, основанном для обучения их детей, которым руководил миссионер, принадлежавший к Конгрегационалистской церкви.
«Нужны, видимо, только воспитание временем, мягкими методами и дружелюбным обращением, чтобы поднять этих бедных непросвещенных людей на существенный уровень цивилизации», — убеждал губернатор министра по делам колоний. Он учредил ежегодное собрание, или Конгресс аборигенов, в Парраматте. Все началось в 1814 г. с раздачи ростбифа, сливового пудинга, табака, одежды и одеял в качестве символов даров христианской цивилизации, а также с вручения мужчинам-аборигенам нагрудных знаков как легко различимых атрибутов власти.
Эти попытки вовлечения аборигенов в жизнь колонии вылились в колониальную экспансию и привели к возобновлению конфликта. В 1816 г. Маккуори предпринял карательную акцию, в результате которой четырнадцать человек были убиты. Хотя он все еще сохранял «приверженность своему первоначальному плану стараться приручить и цивилизовать этих диких, грубых людей», стало ясно, что добиться этого можно, только вырвав их из привычного образа жизни. Аборигенки, участвовавшие в Конгрессе 1816 г., заплакали, когда группа детей из Туземного института в опрятных костюмах и платьях прошествовала мимо них вместе с миссис Маккуори и женой миссионера. Эти слезы отзываются до сих пор.
К тому времени у губернатора возникли собственные проблемы. Он внес в жизнь колонии порядок и организованность, настаивал на том, что она должна быть местом исправления, так же как и наказания, и соразмерял требования «избранных» и нужды вышедших на свободу. Фермеры-овцеводы продолжали получать землю и рабочую силу, поскольку Маккуори занимался распределением большинства вновь прибывших, но им не позволялось монополизировать предоставляемые возможности, так чтобы 90 % населения, бывшие каторжники и их потомки, владели половиной материальных ценностей. Но из-за многочисленности прибывших после 1815 г. система распределения нарушилась. С увеличением количества заключенных, находившихся на попечении губернатора, росли и расходы. К местным критикам Маккуори, утверждавшим, что он предпочитал падших свободным и предприимчивым, присоединились лондонские чиновники, которые осуждали его за затраты на организованные им общественные работы. В 1819 г. Лондон направил главного судью колонии в Тринидаде Дж. Т. Бигге для проведения расследования в Новом Южном Уэльсе. Прежде чем Бигге представил свой первый отчет в 1822 г., Маккуори подал в отставку.
В 1803 г. Мэтью Флиндерс, составив для Британского адмиралтейства карту побережья Австралии, прибыл в Сидней. Поскольку его судно «Инвестигейтор» было непригодно для дальнейшего плавания, он отправился в Англию на шхуне, но она тоже не выдержала перехода через Индийский океан, и он зашел на французский остров Маврикий за помощью. К тому времени Франция снова оказалась в состоянии войны с Англией, и местный губернатор арестовал Флиндерса. Он пробыл под стражей до 1810 г. В 1814 г. вышел рассказ Флиндерса «Путешествие в Terra Australis», но прошло еще три года, прежде чем Маккуори обратил внимание на содержащееся в нем суждение автора. «Если бы я позволил себе несколько изменить первоначальное название, то я бы переделал его в АВСТРАЛИЯ; поскольку так приятнее для уха». В конце года Маккуори предложил дать это название всему острову-материку вместо принятого «Новая Голландия», которое, строго говоря, относилось только к его половине. Двадцать шестого января следующего года он отметил тридцатую годовщину основания колонии официальным выходным днем и праздничным балом. День годовщины стал ежегодным праздником, а слово Australian («Австралиец») — названием независимой газеты, основанной в 1824 г.