Как известно, в истории Западной Европы и западного мира в целом взаимоотношения церкви и государства весьма различались от страны к стране, а в самой стране изменялись от эпохи к эпохе. В случае Португалии произошло подчинение церкви королю посредством так называемого королевского патроната. Он заключался в значительных уступках со стороны римско-католической церкви в обмен на обеспечение португальской монархией присутствия церкви, гарантию ее прав и организацию новых приходов на всех открытых землях. Португальский король обладал правом сбора церковной десятины, т. е. десятой части прибыли от любой деятельности, а также правом создания новых диоцезов и назначения епископов.
Многие обязанности королевской власти по отношению к церкви вели — по крайней мере, в теории — к большему подчинению этой последней, как, например, в случае с обязанностью государства выплачивать содержание духовенству, а также строить церкви и заботиться об их сохранности. Для наблюдения за выполнением всех этих задач португальское правительство учредило своеобразный «департамент по делам религии» под названием «Собрание по делам веры и религиозных орденов» («Mesa da Consciência е Ordens»).
Контроль государства над церковью был частично ограничен из-за того, что орден иезуитов вплоть до эпохи правления маркиза Помбала (1750–1777) оставался весьма влиятельным при дворе. В Бразилии же этот контроль подвергся ограничениям иного рода. С одной стороны, было очень сложно надзирать за деятельностью клира, остававшегося в миру, поскольку члены его были рассеяны по всей колонии; с другой стороны, религиозные ордена добились значительной автономии. Подобная автономия францисканцев, мерседариев, бенедиктинцев, кармелитов и особенно иезуитов сложилась под влиянием разных обстоятельств. Члены ордена подчинялись собственному уставу и проводили определенную политику по важнейшим вопросам колонизации, как, например, по вопросу обращения индейцев. Кроме того, по мере превращения в крупных земельных собственников и сельскохозяйственных производителей ордена стали сами обеспечивать себя и больше не зависели в этом отношении от королевской власти.
Члены клира, остававшиеся в миру, пытались — каждый по-своему и в меру возможностей — избежать давления государства и собственной церкви. С 1789 г. они участвовали практически во всех восстаниях; это продолжалось и после получения Бразилией независимости вплоть до середины XIX в. Впрочем, было бы ошибкой приписать всему духовенству подобный бунтарский дух; он был ярко выражен у отдельных его представителей, но оставался исключением из правил. В повседневной же деятельности церковь молчаливо (а порой и с большой помпой) старалась исполнить свою миссию по обращению в христианство индейцев и негров и внушить населению необходимость повиноваться как собственным установлениям, так и предписаниям государства.
Португальское государство в эпоху колонизации Бразилии представляло собой абсолютную монархию. В теории, монарх, согласно божественному праву, сосредотачивает в своих руках всю власть. Ему принадлежит все королевство, т. е. земля, подданные и их имущество; все это является его наследственной собственностью (património). Вот почему речь идет об патримониальном абсолютистском государстве. Это не означает, что король не должен принимать во внимание интересы различных социальных слоев — дворянства, купцов, духовенства, простого народа, — или что он правит в одиночку. Последнее обстоятельство показывает, насколько предпочтительным является обозначение португальской монархии как «корона», а не как «король». Если окончательное слово остается за королем, при принятии решения большое значение имеет мнение избранного им чиновничества, которое образует правящий класс. Даже принцип неразличения государственного и частного был ограничен (особенно в сфере налогообложения) рядом мер, направленных на установление границ действий короля. Появилась новая идея «общего блага», которая оправдывала ограничение королевской власти, когда та навязывала займы или отчуждала частную собственность в свою пользу.