Однако иностранцы не были единственной силой, с которой боролась в последние годы своего правления династия Цин. Маньчжуры с самого начала придерживались китайских традиций управления, руководствуясь в этом поддержкой китайского чиновничества, однако они стремились сохранить свою национальную идентичность и держать страну под контролем, выступая в роли оккупантов, подобно монголам. Им запрещалось брать в жены китайских женщин (маньчжуры составляли лишь 2% населения Китая, и без этого указа они без труда были бы ассимилированы китайцами), а китайцам запрещалось проживать на родине маньчжуров — Маньчжурию изолировали за символической границей в виде рва длиной в несколько сот миль, засаженного ивами, известного как Ивовый палисад. Военные силы также были в руках маньчжуров, а гражданская администрация была распределена между китайцами и маньчжурами. Кроме того, маньчжурам было запрещено заниматься торговлей или физическим трудом. Каждый мужчина обязан был быть солдатом в так называемых «знаменных войсках». Другую крайнюю позицию на социальной лестнице занимали родственники императора, количество которых постоянно увеличивалось — они вообще не занимали постов в правительстве и жили за счет государства.
Император Канси был настолько образован и обладал столь хорошими манерами, что он сумел склонить на свою сторону интеллигенцию, чего в свое время не удалось добиться монголам. Его правление продлилось шестьдесят один год, впоследствии этот рекорд побил его внук Цяньлун, который правил шестьдесят три года. Период стабильности, характеризующий их правление, продолжался вплоть до конца XVII и. Большинство маньчжурских семей, включая те, члены которых не занимали правительственных постов, получали государственное жалование на протяжении пяти поколений. Упадок маньчжурской династии совпал по времени с появлением новой угрозы, пришедшей из Европы.
Первое крупномасштабное восстание против династии, известное как тайпинское, было вызвано рядом объективных факторов, среди которых были и враждебность, которую китайцы испытывали по отношению к маньчжурам, и потеря престижа императора во время Опиумных войн, а также голод на юге и деятельность христианских миссионеров. Лидером восстания стал Хун Сюцюань, школьный учитель из деревни, случайно прочитавший христианскую брошюру. Ему удалось убедить своих соотечественником в том, что он якобы является младшим сыном Иисуса Христа и прибыл в Китай, для того чтобы помочь его народу избавиться от маньчжуров. Он провозгласил себя «Небесным правителем» (Тянь ван) «Небесного государства великого благоденствия» (Тайпин тяньго). Пообещав народу, что все земли будут поровну разделены между населением, он привлек на свою сторону огромное количество крестьян, которые, объединившись, одержали несколько успешных побед над армией слабеющей династии и в 1853 г. заняли город Нанкин. Здесь Хун создал свой административный округ, подобно основателям династии Мин после изгнания ими монголов. Но даже после одиннадцати лет правления в Нанкине, он не смог захватить Пекин. Повстанцы предприняли попытку захватить Шанхай, что привело лишь к конфликту с европейцами, живущими в городе: их разгромила шанхайская армия во главе с «китайским» генералом Гордоном, впоследствии погибшем в Хартуме, который был направлен британской администрацией для подавления восстания. Хун покончил с собой (он давно уже позабыл об аскетическом образе жизни, возложив практики воздержания на своих последователей и устроив себе некое подобие императорской жизни, в частности, обзавелся гаремом небывалых размеров), а в 1864 г. маньчжурская династия отвоевала Нанкин. Восстание, которое сейчас принято рассматривать как предвестие двух последующих, которые в итоге привели к революции и установлению Республики, унесло жизни двадцати миллионов человек и не принесло желаемых результатов. Однако оно ясно дало понять, что династию Цин можно свергнуть.
Едва ли можно сказать, что правление Цинов было продлено вдовствующей императрицей, которая царствовала на протяжении последних пятидесяти лет существования династии, поскольку все ее деяния делали неминуемый конец династии лишь более очевидным. Цыси попала во дворец в 1851 г. шестнадцатилетней наложницей. К ее счастью, через пять лет она родила императору наследника. Когда мальчику было пять лет, его отец умер. В 1861 г., через несколько недель яростной борьбы, Цыси получила абсолютную власть, став сперва регентшей, а затем, в возрасте двадцати шести лет, и вдовствующей императрицей. Правление Цыси продолжалось вплоть до ее смерти в 1908 г.