Наиболее авторитетным и непреложным для всей Церкви было постановление знаменитого Стоглавого Собора [27], состоявшегося за сто лет до Никона, именно в 1551 г. в Москве под председательством Московского и всея Руси митрополита Макария, святителя умного, просвещенного и досторевностнейшего, по отзыву академика-историка Е.Е. Голубинского, знаменитейшего из знаменитых архипастырей. В соборе участвовали и великие святители Гурий и Варсонофий - казанские чудотворцы, а также достославный святитель Филипп - московский чудотворец и другие славные архипастыри и пастыри всей Русской Церкви. Собор постановил: "Аще кто не знаменуется и не благословляет двумя персты, яко Исус Христос, да будет проклят" (31 глава Собора). Для Собора, как и для всей Церкви, не было никакого сомнения, что это - благословение Христово. Собор вынес, собственно, готовое постановление, которое находилось в греческих Кормчих древней Восточной Церкви [28] и в Чине принятия еретиков яковитов, который был переведен и на церковнославянский язык и вошел потом в Потребник Филарета, Московского патриарха, утвержденный Московским собором 1620 г. Стоглавый Собор сослался еще на древних святителей восточных - блаженного Феодорита епископа Кирского (VI в.), святителя Мелетия, патриарха Антиохийского (III-IV в.). Таким образом, Никон своей самовольной и дерзкой отменой двоеперстного крестного знамения и благословения подпал под проклятия не только всей Русской древней Церкви, но и всей Восточной древней церкви и Самого Христа.
Написанное пастырями-ревнителями сочинение было представлено ими самому царю, а царь предал его Никону. Но гордый патриарх не внял справедливому обличению со стороны ревностных и благочестивых подвижников веры. [29] Он и после продолжал еще долго верить льстивым, лицемерным и преступным грекам.
Страдальцы и мученики за святую Веру.Услышанный от святого образа протопопом Иоанном Нероновым голос оказался действительно пророческим. Он предсказал пастырям наступление времени их страданий и мучений. Время это очень скоро наступило. По приказанию Никона первым был схвачен протопоп Логин Муромский.
Он был отдан на мучения "жестокому приставу". Другой протопоп, сам Иоанн Неронов, заключен был по распоряжению Никона сначала в Спасский монастырь в Москве, затем переведен в Симонов, отсюда перевезли его на Цареборисовский двор. Во время переезда нарочно гнали лошадей вскачь, чтобы тряской в телеге замучить престарелого протопопа. На Борисовском дворе били его немилостиво, приковали на цепь за шею, как собаку, и, наконец, сослали его скованным на далекий север, на Кубенское озеро (Вологодский уезд). По дороге в ссылку о. Иоанн призывал всех православных христиан стать смело на защиту святой Церкви, которую Никон так позорит и проклинает. Из ссылки страждущий протопоп писал в обличение Никона и окружающих его лиц замечательные письма. Неронов умолял царя созвать собор из епископов и священников, а также и из мирян и на нем рассмотреть беспристрастно и полно деяния Никона. В ответ на письма и мольбы о. Иоанна, Никон сделал распоряжение сослать этого непоколебимого старца еще дальше на север - в Кандалакшский монастырь и держать его там скованным цепями, и не давать ему ни чернил, ни бумаги, чтобы он не имел возможности ничего писать из своего тяжкого заточения.
Тяжелая участь постигла и протопопа Даниила Костромского. Никон схватил его в Москве за Тверскими воротами, остриг ему голову, содрал с него однорядку и отдал его на истязание в хлебню Чудова монастыря. Отсюда он был сослан в Астрахань и был здесь замучен до смерти в земляной тюрьме. Тогда же схвачен был и другой Даниил, протопоп Темниковский, и "посажен в монастырь у Спаса на Новом". В Москве же был заключен в темницу и священник Михаил и "погублен безвестно".