Замеченные в прежних книгах неисправности были устранены в патриарший период, когда в Москве уже действовала типография. Исправление книг в это время велось с большой осторожностью. Когда в патриаршество Филарета (1619-1633 гг.) было установлено, что в Потребнике (в книге богослужебных чинов и таинств церковных) находится лишнее слово (в Чине освящения воды: "и огнем"), то оно было исключено не прежде, как состоялось соборное о нем суждение и были наведены справки в многочисленных древних русских и греческих рукописях. Так до чрезвычайности бережно относились русские духовные власти и их паства к делу книжного исправления. Совсем иначе повелось книжное "исправление" при патриархе Никоне. Во-первых, оно было поручено грекам и даже такому греку, как Арсений, который уклонялся в магометанство, отрекся от Христа и христианской веры. Он именно и был главным справщиком. Во-вторых, Никон повел дело книжного исправления путем обмана и подлогов. Он созвал в Москве в 1654 г. собор, на котором хотя и было решено исправить наши богослужебные книги, но лишь по древним русским и древним греческим рукописям. На самом же деле никоновские справщики принялись исправлять русские богослужебные книги по новым греческим книгам, напечатанным в иезуитских типографиях Венеции и Парижа. Книги эти были заподозрены даже самими греками, как искаженные и погрешительные.
К тому времени с востока были привезены Арсением Сухановым (строителем Троицкого Богоявленского монастыря в Москве) около 500 книг. Но по ним не велось книжное исправление. Большинство этих книг было светского содержания: сочинения языческих писателей, греческих философов, разные басни, сказки и т.п. Все эти книги сохранились до нашего времени.[8]
Объявив, что в наших московских книгах заключается много погрешностей, растлевающих даже веру, Никон, однако, не мог найти в них ни одной погрешности, ни одной даже опечатки или описки. Где было напечатано в старых книгах "церковь", в новых исправлено "храм", а где было "храм", новые справщики напечатали "церковь"; вместо "отроцы" напечатали "дети", а вместо "дети" - "отроцы"; вместо "креста" исправлено "древо" и т. п. Защитники старых книг, недоумевая, спрашивали: "Чем же сие лучше оного?"
Не ошибки, не описи или другие какие-либо неисправности старых книг "исправляли" никоновские книжные справщики, а выбрасывали из них вековые чины, обычаи и предания древней вселенской Церкви, некоторые из них догматического содержания. В старых книгах положено говорить аллилуйю дважды, а в третий раз - "слава Тебе, Боже". Никоновские справщики прибавили одну лишнюю аллилуйю. Но сугубую (двойную) аллилуйю Русская Церковь приняла с древних времен, в глубокой древности дважды "аллилуйя" говорила сама греческая церковь. Это была не опечатка в книгах, тем более не погрешность, а установление древней святой Церкви. Трегубая же (тройная) аллилуйя с прибавлением "слава Тебе, Боже" (в сущности, уже четверная) была осуждена древней Русской Церковью и самими греками, например, преподобным Максимом Греком и сонмом русских святителей на Стоглавом Соборе, как латинский обычай, имеющий в основе своей догматическую погрешность латинской церкви об исхождении Духа Святого и от Сына.
По старым книгам установлено божественную литургию совершать на семи просфорах; никоновские справщики две просфоры выбросили. Между тем, семипросфорие существовало в самой греческой церкви еще до крещения Руси и оттуда перешло к нам.[9] Никон отменил, таким образом, древнее церковное установление.
В старых книгах всегда писалось и выговаривалось имя Христа Спасителя Исус. Никоновские справщики всюду переделали это имя по-новогречески - Иисус. Но русские не, греки, а славяне, они должны говорить и писать Исус.[10] Сербы, черногорцы до сих пор печатают в богослужебных книгах Исус.[11]