Едва умер (в 1560 г.) король Густав Ваза, его старший сын Эрик XIV сейчас же принял меры к закреплению за собой составных частей Швеции. Состоялся новый закон, по которому население герцогства Финляндского, как и других герцогств Шведского королевства, клятвою обязывалось хранить верность шведской короне. Герцогу вменялось в обязанность употреблять местные войска Финляндии на надобности и защиту Шведского государства. Герцог не должен был, без разрешения короля, вступать в сношения с иностранными монархами. Население Финляндии обязывалось платить налоги и нести повинности наравне с жителями Швеции. Все повеления короля делались обязательными для герцога Финляндского.
Густав Ваза, давая сыну Иоанну в управление Финляндию, надеялся упрочить свою династию, укрепить королевскую власть и прочнее привязать Финляндию к королевству. Но расчет его оказался ошибочным. Честолюбивый Иоанн стал стремиться к самостоятельности и, во время возникшей борьбы Швеции с Польшей, поставил Финляндию в положение нейтрального государства, что составляло уже явное нарушение присяги. Король повелел Иоанну явиться в Стокгольм для суда. Герцог не поехал и решился с оружием в руках отстаивать свое дело. Его осудили: ему дали возможность примириться с королем, но требовали, чтобы он отказался от участия в государственных делах, от права чеканить свою монету и не выезжать за пределы герцогства. Иоанн не согласился и королю Швеции пришлось двинуть войско в собственную провинцию. Герцог заперся в г. Або. Город осадили. Кончилось тем, что солдаты, признавая герцога Иоанна таким же подданным, как они сами, стали перебегать в шведский лагерь и грозили выдачею герцога. Город капитулировал. Пленного герцога увезли в Швецию. Его приверженцев предали суду и казнили.
Таким образом, прекратило свое существование герцогство Финляндское, продержавшееся с 1556 г. до 1563 г.
После 1570 г. опять по Финляндии стали ходить отряды русских войск, среди которых находилась татарская конница и казаки. Татарский отряд доходил до Гельсингфорса, выжег церкви в Борго и Веккелаксе, разорил Выборгскую губ. В 1577 г. татарская конница вновь явилась в Финляндию, перейдя туда по льду Финского залива. Опять заключаются перемирия. На театре военных действий показывается талантливый шведский полководец, француз по происхождению, Понтус Делагарди. Он берет Кексгольм и восхищается этим красивым и выгодным для шведской короны местом. Он захватывает Карелию и превращает ее снова в Шведскую провинцию.
На шведские походы и набеги русские отвечают новыми набегами и походами. Попытка вернуть Карельскую область не удалась, хотя походы их простирались на севере до Улео и до долины рек Кеми и Торнео.
В это время (1581) король Иоанн, гордясь своими завоеваниями, дает Финляндии титул великого княжества и именует себя «Божиею милостью Королем Швеции, Гэтии и Вендии, Великим Князем Финляндии, Карелии, Ингрии и Шелонской пятины».
Главная тяжесть войн по-прежнему падает на плечи сынов Финляндии. Ей высылают подкрепления из Швеции, но обстоятельства побуждают нередко Финляндию организовать свою оборону, что требовало огромных жертв людьми и деньгами. Во время Густава Вазы солдаты размещались по домам священников, дворян, должностных и других состоятельных лиц. Среди присылавшихся из Швеции отрядов находились иногда наемные иностранные дружины, отличавшиеся большим своеволием. Не легкое время приходилось переживать финскому населению. Не прекращавшиеся походы грозили превратить страну в развалины. Набеги, грабежи и убийства обратили уже (в XVI в.) Карелию почти в пустыню.
В церкви господствовала неурядица. Причина её крылась в том, что финляндское духовенство не успело еще достаточно утвердиться в протестантских убеждениях, а народившийся орден иезуитов, действуя энергично, производил немалую смуту в умах и совести людей, колебавшихся в своих религиозных убеждениях.