Дворянство Финляндии успело (в XVI в.), благодаря войнам, значительно укрепить свое привилегированное положение. Одни за свои военные заслуги получили значительные земли; другие обогатили себя грабежами, третьи ссужали деньги казне и получали в залог имения, с правом взимать с них все государственные подати и налоги.
Низшая администрация также не упускала случая устроить свое благополучие за счет народа. Фогты утаивали доходы и налоги и торговали казенным хлебом, который собирался с населения. Народ обманывался фальшивыми мерами и весами. Начальники замков отягощали крестьян произвольными поборами... «Какой-нибудь фогт или уездный писарь, — говорилось тогда, — прослужив один год, уже желал иметь большой двор, лошадей, корабль, серебряную посуду, и все это он выжимал из крестьян».
После смерти короля Иоанна III (1592) на Финляндию обрушивается новое бедствие; В Швеции образовались две враждующие партии: одна — герцога Карла, другая — племянника его, короля Сигизмунда, избранного тогда на престол Польши (1587). Наместник Финляндии Клас Флемминг был сторонником Сигизмунда. Герцог Карл одолел партию Сигизмунда, но Клас Флеминг не желал покориться. Карл дал совет финнам «самим завоевать себе свободу» и прогнать притеснителя Класа Флемминга, «если не чем иным, то кольями и дубинами». Началась так называемая дубинная война. Но толпы крестьян, вооруженные дедовскими ружьями, луками и дубинами, скоро были рассеяны регулярными войсками Класа Флемминга. Тогда герцог двинул свое войско в Финляндию: сторонники Сигизмунда были разбиты и многие дворяне казнены. Эта война, происходившая между родственниками, страшно опустошила страну.
За бедствиями войны последовала чума, значительно сократившая население.
К этому периоду относится учреждение (при Царе Феодоре Иоанновиче) отдаленной православной карельской епархии. Жители каждого погоста составляли особую церковную общину и имели свою церковь. В городе Кареле (Кексгольме) были три православных церкви и четыре монастыря. Несмотря на обилие церквей и монастырей, языческие суеверия господствовали в массе народа и многие карелы лишь по имени числились христианами. Тем не менее, рвение к православию не ослабевало в отдельных чадах церкви Христовой. Православие, хотя тихо, но распространялось и достигло северных пределов Финляндии.
Насадителями православия среди лопарей севера явились св. Феодорит (в средине XVI в.) и св. Трифон (ум. 1582 г.). Последний соорудил церковь на реке Печенге и церковь св. Бориса и Глеба на р. Пазе (Патсиоки).
В России наступило «смутное время». её потрясениями и неудачами воспользовалась Швеция и отобрала у неё земли смежные с Финским заливом. То, что Русь отвоевала в течение 4 столетий, было потеряно в какие-нибудь 15 лет.
Чтобы водворить порядок у себя дома, России пришлось прибегнуть к помощи векового врага. По договору в Выборге в 1609 г., Швеция дала Василию Шуйскому пять тысяч регулярного войска, и 10 тыс. вооруженного сброда, но за эту помощь потребовала уступку Ливонии. Кроме того Шведскому королю «за его любовь и дружбу» предоставлен был город Карела (Кексгольм) с уездом. Наемные шведские войска, действуя за одно с войсками кн. Скопина- Шуйского, оказали сначала не малую услугу русскому правительству. Но затем союзники объявили себя врагами Московского государства и принялись завоевывать русские города — Ладогу и Орешек. Делагарди овладел даже Новгородом. Наконец шведы осадили Тихвин и Густав Адольф появился под Гдовом.
Последовал мир в Столбове (1617 г.), по которому русских отодвинули от Финского залива и Невы, они потеряли половину Ладожского озера и Карелию. Густав II Адольф надеялся, что Россия вновь не скоро «перешагнет через этот ручеек».
Лютеранское правительство Швеции обходилось мягче и осторожнее с финнами, чем прежнее католическое; но разными мерами и ухищрениями пыталось оно совратить в лютеранство и православных карел. Возникла продолжительная и упорная борьба между лютеранством и православием, между Швецией и Россией, которая велась для нас с различным успехом: то русские одолевали, то они оказывались побежденными.
Карелы проявили значительную стойкость и преданность православию. Когда шведы хотели ввести богослужение на финском языке, карелы ответили «и птица в лесу поет на своем языке, так и они хотят держаться в своей вере».
В виду отдаленности Финляндии от Новгородского епископа, Валаамский монастырь явился опорой православия и распространителем его среди карел по берегам Ладожского озера.