Ага-Хан I прожил в Персии тихую жизнь в уважении и почете при дворе Каджаров в течение всего времени правления Фатх-'Али-Шаха. Но исма'илитский имам не терял времени даром и постепенно собрал военные силы в Махаллате. Следующий каджарский монарх, Мухам-мад-Шах, вскоре после своего восшествия на престол Персии в 1251/ 1835 году назначил имама губернатором Кермана. В то время в Кер-мане царил постоянный беспорядок из-за непрекращавшихся набегов афганских и белуджских банд и мятежных акций некоторых каджар-ских принцев. Вскоре при поддержке представителей местных племен хорасани и 'ата'аллахи имам восстановил порядок в Кермане. Однако его губернаторство было кратковременным, и в силу враждебного отношения к нему могущественного главного министра хаджжи Мирзы Акаси, причины чего не ясны, он был смещен с поста в 1252/1837 году. Смещение Ага-Хана I привело к длительной конфронтации между имамом и каджарским правительством. Положение осложнилось серией военных стычек, случившихся в 1256/1840 году60. В конечном итоге в 1257/1841 году исма'илиты потерпели поражение в крупном сражении при Кермане, и имам был вынужден бежать в соседний Афганистан. Это событие ознаменовало завершение персидского периода низаритского исма'илитского имамата, длившегося около семи столетий, начиная с эпохи Аламута.
Летом 1257/1841 года Ага-Хан I в сопровождении огромной свиты прибыл в Кандагар, осажденный в то время англо-индийской армией. С этого момента между исма'илитским имамом и британскими властями стало шириться взаимодействие. В Кандагаре Ага-Хан принял посланников от своих последователей в Бадахшане и Синде; исма'илитские общины этих регионов стремились установить непосредствен ные контакты со своим имамом. В 1258/1842 году, в связи с поражением британских войск в Кабуле и Кандагаре, Ага-Хан I перебрался в Синд. Здесь действия его кавалерии способствовали присоединению Синда к Британской Индии в 1259/1843 году. В Синде имам оставался в Джерруке, где до сих пор сохранился его дом. За свои заслуги в этот период Ага-Хан I был удостоен ежегодной пенсии от генерала сэра Чарльза Напьера (1782–1853), завоевателя Синда, бывшего с имамом в дружеских отношениях61.
Со времени прибытия в Синд Ага-Хан I восстановил контакты со своими последователями ходжа, которые тогда впервые смогли лицезреть своего имама. В 1260/1844 году он покинул Синд и после года, проведенного со своими сторонниками в Катиаваре (Гуджарат), прибыл в 1260/1846 году в Бомбей. Посредничество Британии по поводу возвращения имама на родину, в Персию, как выражение его личного желания, успеха не имело. После краткого пребывания в Калькутте, в 1265/1848 году исма'илитский имам навсегда поселился в Бомбее. Это событие знаменует собой начало современного периода в истории исма'илитов низаритов.
Ага-Хан I стал первым исма'илитским имамом своей ветви, который поселился в Индии. Низариты ходжа, представлявшие собой на протяжении нескольких столетий крупную общину, получили наконец возможность принять имама в своей среде. С этого момента передача их религиозных взносов стала более регулярной и приобрела упорядоченный характер. Вскоре имам учредил тщательно спланированные штаб-квартиры и резиденции в Бомбее, Пуне и Бангалоре. В случае каких-либо особых религиозных событий он присутствовал в главной джама'ат-хана в Бомбее, а также регулярно проводил дурбар (перс, дарбар), давая в своей резиденции «Ага-Холл» аудиенции своим последователям, которые в большом количестве стекались для получения его благословения. Последние 30 лет своей жизни и длительного имамата Ага-Хан I провел в Бомбее.
Как духовный глава мусульманской общины, Ага-Хан I получил защиту от британского истеблишмента в Индии, что укрепило и упрочило его положение. Тем не менее поначалу он испытывал серьезные трудности в упрочении своей религиозной власти. На Индийском субконтиненте низариты ходжа оставались без пира достаточно продолжительное время. Исма'илизм сатпант, как уже отмечалось, испытал воздействие индуистских элементов, в то время как и ходжа были вынуждены достаточно долго скрываться под масками суннитов или ши'итов двунадесятников. В урегулировании своих правовых проблем ходжа, как и некоторые другие индийские мусульмане, стали прибегать скорее к индуистским методам, нежели к предписаниям мусульманского права, особенно в делах, касавшихся наследства. Вышеуказанные факторы вряд ли способствовали формированию ясного и сильного чувства религиозной идентичности. Действительно, время от времени на сцену выходили группы инакомыслящих, представлявшие общину ходжа как некое продолжение суннитского или ши'итского исна'ашарийа наследия.