Политика модернизации Ага-Хана III может быть прослежена по его фарманам и выступлениям по духовным вопросам, проблемам образования, социального благосостояния и женской эмансипации, а также проблемам религиозной терпимости, частных и кооперативных экономических предприятий. В частности, образование исма'илитов на разных ступенях, как мужчин, так и женщин, состояние их здоровья, а также участие женщин в делах общины получили в реформах имама значительный приоритет. Религиозные взносы и другие подношения, сделанные ему, а также пожертвования, собранные на празднованиях различных юбилеев, Ага-Хан III использовал для финансирования политики модернизации. С той же целью им были открыты различные учреждения, обслуживающие не только его после дователсй, но и нсисма'илитов. Он основал и оказывал необходимую поддержку обширной сети школ, профессиональным учреждениям, библиотекам, спортивным и развлекательным клубам, диспансерам и больницам в Восточной Африке, на Индийском субконтиненте и других местах69.
К первым десятилетиям XX века исма'илиты низариты не-ходжи расстались, в основном, со своими былыми предубеждениями. В Сирии исма'илиты низариты признали линию имамов мухаммадшахи (или му'мини), оставаясь лояльными подданными Оттоманской империи. Время от времени у них возникали проблемы с соседями нусайри ('алави), которые часто занимали их крепости и уничтожали их литературу. В начале 1840-х годов местный исма'илитский лидер в Кадмусе успешно обратился с петицией к Оттоманским властям за разрешением восстановить Саламийю, находившуюся тогда в руинах, как поселение сирийских исма'илитов. Это стало началом новой эпохи в современной истории сирийской общины. Между тем с 1210/1796 года сирийские низариты ветви мухаммадшахи не имели известий от имама, Мухаммада ал-Бакира, который, как и его предки, жил в Индии. Поскольку поиски своего имама оказались тщетными, в 1304/1887 году основная часть мухаммадшахи изъявила преданность имаму ветви касимшахи, представленной тогда Ага-Ханом Ш. В настоящее время эти исма'илиты, насчитывающие около 80 тыс. человек, живут в Саламийе и окружающих ее селениях. Однако исма'илитское меньшинство, сконцентрированное в Масйафе и Кадмусе, осталось верным ветви мухаммадшахи и до сих пор ожидает явления своего скрытого имама. Эта исма'илитская община (известная на месте как «джа'фарийа») насчитывает около 15 тыс. человек и остается сегодня единственной, представляющей низаритов мухаммадшахи; 'Ариф Тамир, редактор многочисленных исма'илитских текстов, является их самым крупным ученым70.
В Персии низариты были оставлены без действенного лидера вплоть до кончины Ага-Хана I в 1257/1841 году. Небольшие разбросанные ис-ма'илитские общины Персии вновь обратились к строгой маске ши'итов двунадесятников, официальной религии Персии. Позднее уже из Бомбея Ага-Хан I назначил Мирзу Хасана, родом из селения Сидих (Южный Хорасан), наблюдать за делами своих последователей в Персии. После смерти Мирзы Хасана около 1305/1887 года его привилегированный пост унаследовал его сын Мурад-мирза. К этому времени персидские исма'илиты уже не имели непосредственных контактов со своим имамом, и Мурад-мирза следовал теперь своим собственным лидерским амбициям. В частности, он претендовал на ранг худжжа и требовал абсолютного подчинения общины. В 1908 году Мурад-мирза выступил на стороне истицы в деле Хаджжи Биби против Ага-Хана Ш, чье лидерство он тогда оспаривал. Мурад-мирза признавал имамом Самад-Шаха, сына Хаджжи Биби. Этот призыв был поддержан фракцией исма'илитов Южного Хорасана, известных как «мурадмирза'и». К 20-м годам XX века Самад-Шах уладил свои разногласия с имамом, который послал его с миссией в Хунзу. Но диссидентствовавшис мурадмирза'и так никогда и не возвратились к основному направлению исмаилит-ской низаритской общины. К 1940-м годам большинство мурадмирза'и из Сидиха и их окружение, возглавлявшееся в то время дочерью Му-рад-мирзы Биби Тал'ат, перешло в ши'изм двунадесятников.
Тем временем Ага-Хан III предпринимал попытки установить свой контроль над персидской общиной, для чего посчитал нужным привлечь Мухаммада 6. Зайна ал-'Абидина, широко известного как Фи-да'и Хорасани, самого высокообразованного персидского исма'илита того времени. В течение 1313–1324/1896—1906 годов Фида'и Хорасани трижды приезжал в Бомбей, чтобы повидаться с имамом, и в итоге был назначен им му'аялим, или учителем, ответственным за религиозные дела персидских исма'илитов. Фида'и Хорасани регулярно посещал исма'илитов в разных регионах Персии, растолковывая им их наследие и завоевывая и возобновляя их преданность Ага-Хану III. Он также передавал инструкции имама по вопросам практики веры, направленные на отстаивание и защиту идентичности общины. В то время персидские низариты соблюдали религиозные ритуалы, сходные, в основном, с ритуалами ши'итов двунадесятников. Теперь их просили отделиться от двунадесятников, подтвердив их идентичность как отдельной религиозной общины, подобно низаритам ходжа. В качестве одной из мер такого рода они стали приводить полный список своих имамов в конце ежедневной молитвы. Теперь им не следовало присоединяться к двунадесятникам в их мечетях или по особым религиозным случаям. Ко времени кончины Фида'и Хорасани в 1342/1923 году Ага-Хан III окончательно утвердил свою власть над персидской общиной.