В то же время ал-Му'изз был занят составлением детальных планов завоевания Египта — мечты Фатимидов, оставшейся нереализованной. В то время Египет сотрясали многочисленные экономические и политические кризисы; и в 357/968 году, со смертью Кафура, весьма эффективно правившего от имени ослабленной династии Ихшидидов, в стране воцарилась анархия. Составной частью фатимидского плана покорения Египта стало усиление деятельности многочисленных да 'и, в частности Абу Джа'фара Ахмада б. Насра, богатого купца, адепта фатимидов в столице ихшидидов Фустате. Засылавшиеся да`и обещали мир и процветание в случае капитуляции перед Фатимидами, являвшимися тогда наиболее сильными правителями Северной Африки, способными вызволить египтян из нищеты. Получив действительную независимость от Аббасидов, Ихшидиды не могли более надеяться на помощь халифа Багдада, чье собственное положение было теперь подорвано карматами Бахрейна. В этой ситуации последний номинальный правитель ихшидидского Египта, после смерти Кафура временно обосновавшийся в Фустате, призвал в Египет ал-Му'изза. Нет необходимости отмечать, что ответ Фатимидов не заставил себя долго ждать.
Руководить экспедицией в Египет от имени ал-Му'изза должен был Джаухар, раб славянского происхождения, освобожденный Фатимидами и высоко поднявшийся по служебной лестнице за время долгого служения династии. В свое время Джаухар продемонстрировал свои выдающиеся полководческие и административные способности в подавлении мятежных правителей по всему Магрибу. Фатимидская армия вышла из Раккады в раби' I 358/феврале 969 года, после специальной церемонии, на которой присутствовал ал-Му'изз, и вошла в Египет примерно через 4 месяца. Джаухар не встретил никакого сопротивления. Он разбил лагерь на подступах к Фустату, двумя километрами севернее мечети Ибн Тулун, и немедленно вступил в мирные переговоры с делегацией сановников, включавшей главного судью столицы Абу Тахира аз-Зухли, да`и Абу Джа'фара и глав родов Хасанидов и Хусайнидов Алидов Египта, признававших алидское происхождение фатимидских халифов-имамов. Джаухар обнародовал также указ — охранную грамоту (аман), гарантировавшую возврат к подлинной Сунне Пророка и безопасность паломнических путей. Позднее Фатимиды постепенно ввели исма'илитский мазхаб, требовавший внешних изменений части ритуалов. Но Фатимиды никогда не пытались обратить кого-либо в исма'илизм силой, и потому большинство египтян оставалось суннитами, принадлежа к мазхабу шафи'и; в стране оставалась и значительная община христиан коптов. Весьма показательно, что до Фатимидов ши'иты составляли в Египте меньшинство, и их статус меньшинства оставался неизменным в течение двух веков правления Фатимидской династии.
Джаухар правил Египтом как вице-король 4 года, до 362/973 года. Как и после взятия власти Фатимидами в Ифрикийе, Джаухар сохранил от предыдущего режима администрацию и чиновников, занимавшихся правовыми вопросами, включая везира Ибн ал-Фурата и главного судью Абу Тахира аз-Зухли. Однако к каждому высшему чиновнику государства был приставлен специальный человек из берберов кутама в качестве лица, инспектировавшего деятельность чиновника. Всё это сделало переход к правлению Фатимидов и восстановление экономики более мягким и реально осуществимым. В рамках устремлений династии на восток Джаухар послал в мухарраме 359/ноябре 969 года основную часть подразделений фатимидской армии на завоевание Палестины и Сирии. Однако успехи Фатимидов в Сирии были недолгими. В 360/971 году карматы Бахрейна в союзе с Бундами и другими силами нанесли Фатимидам поражение в Дамаске, ставшее первым в ряду многочисленных позднейших неудач Фатимидов в Сирии. Воодушевленный своей победой и впечатляющей коалицией союзников, ал-Хасан ал-'Асам, племянник Абу Тахира ал-Джаннаби, командующий карматскими силами в большинстве кампаний, сам вторгся в свою очередь в Египет и подступил к воротам Фустата, но в 361/971 году был вынужден отойти. Эти события послужили началом многочисленных военных столкновений между Фатимидами и карматами Бахрейна, отдалив установление власти Фатимидов над Палестиной и Сирией еще на несколько десятилетий.