Новый этап исма'илитской истории начался вслед за смертью фатимидского халифа-имама ал-Мустансира в 487/1094 году и последовавшим за ней низаритско-муста'литским расколом. Право наследования имаму ал-Мустансиру его старшим сыном Низаром, провозглашенным наследником, было оспорено младшим сыном почившего имама Ахмадом, который при помощи всесильного фатимидского вс-зира ал-Афдала фактически взял в свои руки бразды правления халифатом, приняв титул «Ал-Муста'ли Би'ллах». Впоследствии Низар поднял восстание, чтобы отстоять свои притязания, но проиграл и был казнен в 488/1095 году. В итоге исма'илитское сообщество, единое в последние десятилетия правления ал-Мустансира, оказалось расколото на два соперничающих лагеря: низаритов и муста'литов.
Вскоре после смерти в 524/1130 году ал-Амира, сына и наследника ал-Муста'ли, исма'илиты муста'литы разделились на фракции хафи-зитов и таййибитов. Исма'илиты хафизиты, признававшие поздних Фатимидов своими имамами, сошли с исторической сцены после падения Фатимидской династии в 567/1171 году. Исма'илиты таййибиты, которые после ал-Амира не имели явленного имама, обрели постоянный оплот в Йемене. С тех пор таййибитами руководил главный да`и. К концу Х/ХУ1 века таййибиты, не пришедшие к единому мнению по вопросу о правомочности наследования должности да`и, разделились на ветви да'уди и сулаймани. К этому времени индийские таййибиты, известные как «бохра» и принадлежавшие, в основном, к ветви да'уди, значительно превзошли в численном отношении своих собратьев по вере (сулаймани), проживавших в Йемене. Таййибиты уделяли большое внимание сохранению интеллектуальных и литературных традиций фатимидских исма'илитов, а также сбережению значительного исма'илитского литературного наследия этого периода. Образованные таййибитские да`и Йемена оставили значительную по объему исма'и-литскую литературу. В силу частых размежевании в общине и длительных преследований, таййибиты считаются сегодня меньшинством среди исма'илитов.
В отличие от таййибитов, исма'илиты низариты достигли выдающегося политического положения при Сельджуках. На севере Персии они создали свое низаритское государство с центром в горной крепости Аламут. Оно просуществовало 166 лет до своего падения под натиском монгольских орд в 654/1256 году. Его первый правитель Хасан ас-Саббах (ум. 518/1124) разработал революционную стратегию, направленную против Сельджуков. Хасан не достиг этой важной политической цели, но снискал успех в становлении и консолидации независимого низаритского да'ва и государства, территория которого раскинулась от Сирии до Восточной Персии.
После кончины Хасана ас-Саббаха и двух его наследников, которые как представители имама правили в качестве да 'и и худжжа, низа-ритские имамы решили, что назрела потребность в их личном присутствии в Аламуте с целью прямого руководства общиной своих последователей. Низаритское государство периода Аламута управлялось последовательно тремя да'и и пятью имамами, обычно именуемыми в персидских источниках «владетелями Аламута». Занятые революционными кампаниями и постоянно живущие во враждебном окружении, низариты не создали значительной литературы. Их да 'и были, в основном, не образованными теологами, а профессиональными военными и комендантами крепостей. Несмотря на это, низариты сохранили литературную традицию, уделяя должное внимание разработке основных положений своего учения соответственно изменившимся условиям аламутского периода.