Со вступлением в управление Апраксина прекращена была кораблестроительная деятельность кумпанств, оказавшаяся на практике весьма неудовлетворительною. Запутанность в делах и ссоры кумпанств между собою вызвали (1700 г. 20 апреля) указ об окончательном с ними расчете и об определении постоянной суммы на содержание флота.
Наконец, в половине 1700 г. заключено было с Турциею перемирие на 30 лет, по которому Азов и часть берегов Азовского моря остались за Россией. Но поставленные мирные условия далеко не удовлетворяли надежд Петра: о свободном плавании русских судов по Средиземному и Черному морям в трактате не упоминалось, и турки усиливали укрепления в Керченском проливе, отказывая в пропуске через него даже торговым нашим кораблям. Несмотря на это, в данную минуту, для России мир с Турцией был крайне необходим, потому что Петр готовился вступить в борьбу с сильным северным соседом – Швецией. Поводом к предстоящей войне была все та же древняя, насущная потребность России в приобретении свободного выхода в Балтийское море.
С началом шведской войны наша морская деятельность сосредоточивалась преимущественно на севере, и Азовский флот потерял прежнее свое значение. Положение его вполне зависело от политических отношений России с Турцией, и потому, при опасении разрыва, работы на верфях закипали; в случае же уверенности в прочном мире все успокаивалось до новой тревоги.
Рассчитывая на прочное утверждение на Азовском море, Петр укреплял Азов и заграждал устье Дона, оставляя только одно более глубокое для прохода кораблей, в Таганроге устраивал защищенную от неприятеля гавань, в которой могло поместиться более 10 кораблей, и в та же время на Воронеже продолжал постройку судов. Почти каждую весну флот готовился к плаванию, хотя, по различным затруднениям, ни разу не мог выйти в море в значительном количестве судов. Главною причиною таких неудач было мелководье у Воронежа, затруднявшее проводку больших кораблей, поэтому адмиралтейство решили перенести в Тавров, где устроили доки и начали строить 80–пушечные корабли. В 1709 году появление шведской армии на Украине вызвало энергичные меры предосторожности для ограждения Азовского флота от опасности. Адмиралтейские материалы и годные к плаванию суда начали отправлять в Тавров, а некоторые и в Азов, негодные же суда спешили разломать. Для большего единства действий при защите края, Азов, Таганрог и все местные крепости переданы были в ведение морского начальства.
Хотя Полтавская победа и отстранила угрожавшую опасность, но, в ожидании новой войны с Турцией, в 1710 году во всем крае началась усиленная морская деятельность, и к кампании 1711 года предполагалось вывести в море до 30 вымпелов. При различных неблагоприятных обстоятельствах, из которых главнейшим было – необыкновенно малая весенняя вода на Дону и его притоках, флот вывести было невозможно; а по несчастному для России Прутскому мирному договору постановлено было Азов и все земли, завоеванные Россией в прошедшую войну, возвратить Турции. С потерей Азова окончилась и деятельность Азовского флота; 4 из его судов проданы были туркам, остальные разломаны или оставлены на стапелях; последние же несколько судов сохранялись в Таврове еще в 1727 году.
Азовский флот, весьма дорого стоивший России, несмотря на преследовавшие его неудачи, зависевшие главным образом от неблагоприятных условий местности, принес немаловажную пользу государству. Заслуга его в морском отношении заключалась в том, что он дал возможность русским людям приобрести опытность в новом для них деле и указал на источники средств, которые способствовали неимоверно быстрому созданию и развитию флота на Балтийском море. Как морская практическая школа, Азовский флот принес также огромную пользу: на нем были заложены довольно прочные основания всех главных отраслей морской деятельности. Наконец, существование его имело серьезное политическое значение, показав Европе, что может сделать Россия. И действительно, в каком из европейских государств, не имевших флота, могла бы осуществиться смелая мысль: построить в одну зиму флот в 1200 верстах от моря и, при содействии его, отнять часть берегов этого моря у сильного и опытного в морском деле неприятеля.