При Петре к немногим маякам, существовавшим во время шведского владычества, прибавлено в Финском заливе несколько новых, а также правильно организованы артели лоцманов в тех портах, в которых их не было.
Для судостроения и вообще для потребностей адмиралтейства отведены были в разных местностях обширные лесные дачи. Лучшие же дубовые корабельные леса доставлялись из Казанской губернии. Железо и все металлические предметы, необходимые для флота, а также холодное и огнестрельное оружие, артиллерийские орудия и снаряды делались на нескольких заводах, как находящихся в ведении адмиралтейства, так и принадлежащих частным собственникам. Кроме таких заводов, морское ведомство имело заводы и фабрики для производства полотен, сукон, шляп, пергамента и пр., мукомольные и пильные мельницы, пивоварни и другие нужные для флота хозяйственные заведения. Для исполнения разных работ на верфях, в портах, заводах, фабриках и пр. к адмиралтейству приписано было несколько городов и значительное число сел и деревень, которые доставляли рабочих, подводы и разные сельские продукты, необходимые для адмиралтейств и флота. Но независимо от всех этих пособий на расходы морского ведомства с первых годов существования флота отпускались по мере потребности значительные денежные суммы. Таким образом, в 1712 году назначено было до 400 тысяч; в 1715 году более 700 тысяч; в 1721 году более миллиона ста тысяч; а в последние годы царствования Петра расходы на содержание флота превысили полтора миллиона, и при крайнем ограничении расходов положено отпускать в год миллион четыреста тысяч. Сумма эта собиралась из 43 мест, и в каждом из них составлялась из 33 разнородных источников сборов. Главнейшее затруднение в исправном содержании флота представляли постоянные и значительные недоимки в доставлении назначенной суммы. Недоимки эти происходили от других не менее важных государственных расходов и от произведенного долговременной войной общего обеднения населения. Недостаток денег заставил в 1723 году выдавать служащим жалованье сибирскими товарами и, наконец, у всех служащих, имеющих поместья, удерживать четвертую часть жалованья.
В 1700 году вместо упраздненного владимирского судного приказа, «ведавшего морские дела», учрежден был для той же цели в Москве «Приказ адмиралтейских дел», или «Адмиралтейский приказ». При начале кораблестроения на Сяси и Олонецкой верфи оно поручено было ингерманландскому губернатору А. Д. Меншикову; корабельным флотом и адмиралтейством начальствовал вице–адмирал Крюйс, а галерным – шаутбенахт граф Боцис. Но все эти отдельные управления, как части того же морского ведомства, подчинялись адмиралу графу Ф. А. Головину, а по смерти его Ф. М. Апраксину. За отсутствием последнего, иногда, как например в 1711 году, место его по управлению Балтийским флотом занимал Меншиков. В 1712 году вместо Московского Приказа адмиралтейских дел учреждена в Петербурге «Военная морского флота канцелярия», а в Москве осталась «Московская адмиралтейская контора», деятельность которой имела преимущественно хозяйственный характер. В 1715 году образован морской комиссариат и учреждена должность обер–штер–кригс–комиссара, на которую назначен генерал–майор Чернышев, и под начальство его поступила Военная морского флота канцелярия, заведывавшая всею хозяйственною частью морского ведомства. Ей подчинены были различные конторы, получившие название соответственно роду их занятий: военная, провиантская, мундирная и т. п. Одновременно с учреждением комиссариата, Крюйсу поручено было кораблестроение и портовое управление с принадлежащими к ним людьми и припасами. Суда, окончившие кампанию, сдавались к порту и поступали в ведение Крюйса, обязанность которого была наблюдать за их сохранением и починкою; а при наступлении весны вооружать их и приготовлять к выходу на рейд, причем суда передавались опять в ведение линейных морских чинов: капитанов и флагманов. Чернышеву подчинялись обер–комиссары, провиантмейстеры и т. п. чины; Крюйсу – корабельные и прочие мастера, обер–экипажмейстеры, экипажмейстеры и все лица им подчиненные. Частями управления, порученными Крюйсу, заведывала петербургская «Адмиралтейская контора», с подчиненными ей канцеляриями: адмиралтейской, экипажеской и обер–сарваерской (кораблестроительной).
В 1718 году морская администрация получила более правильное устройство учреждением «Адмиралтейств–коллегий», представлявшей высшее административное место морского управления. Коллегия подчинялась правительствующему сенату, ей поручено было управление всем морским ведомством и предоставлены самые обширные права. Президентом или председателем коллегии был генерал–адмирал Апраксин, вице–президентом – вице–адмирал Крюйс, членами – обер–штер–кригс–комиссар и несколько флагманов. Порядок решения дел был коллегиальный. Под ведением коллегии, для ближайшего управления различными отраслями морской деятельности, находилось несколько контор и канцелярий, как например: военно–морская, адмиралтейская, обер–сарваерская, подрядная, контролерская, аудиторская и пр.
Управление главными портами сначала поручалось флагману зимующих в порте судов, а потом, по издании регламента, положены были в портах должности главных командиров портов, капитанов над портами, их помощников и других отдельных начальников, управления которых образовали портовые конторы. Начальниками второстепенных портов назначались морские офицеры с половинным жалованьем.