Появление, исчезновение и повторное появление на карте мира в XX в. суверенных государств Эстонии, Латвии и Литвы, однако, гарантировало, что вопросы образования стран даже при более инклюзивном подходе к прошлому все равно будут вызывать первостепенный интерес. Работая над этим вопросом, историки сталкивались с другими, еще более сложными: например, означало ли длительное использование литовского языка на литовских землях такое же длительное присутствие, хотя бы на каком-то уровне, литовского национального самосознания? Формировалось ли данное самосознание вокруг исторической памяти о существовании независимого Великого княжества Литовского? Было ли это средневековое государство «прямым предком» независимой Литвы, образовавшейся в XX столетии? А поскольку у эстонцы и латыши в отдаленном прошлом не имели государственных образований, то тогда к каким событиям недавнего прошлого следует приурочить формирование их национального самосознания — к «национальному пробуждению» XIX в., событиям революции 1905 г., к хаосу Первой мировой войны? На подобные вопросы не было простых ответов, однако новые исторические труды создавали очевидное впечатление, что в дискуссиях о формировании национально-государственного самосознания предпочтение отдавалось концепциям, предусматривающим долговременную преемственность. Если не существовало прямых свидетельств того, что эстонцы и латыши когда-либо до ХХ в. мыслили в категориях собственных государственных образований, то подобное их желание все равно могло отражаться в постоянном использовании местных языков, в устной традиции, в социальных конфликтах между крестьянами (эстонско- и латышскоязычными) и землевладельческой аристократией (немецкоговорящей), городским патрициатом (немецкоговорящим) и российской администрацией (русскоговорящей). Эту преемственность еще легче было отследить в литовской истории из-за участия литовцев в так называемых польских восстаниях против русского владычества в 1830 и 1863 гг.
Историческая инклюзивность вновь вызвала интерес к вопросам, ранее отодвигавшимся на задний план и в значительной степени связанным с периодом Второй мировой войны. Их выдвинули на передний план общественного внимания столкновения различных точек зрения: большинство эстонских, латышских и литовских историков настаивали, что периоды 1940–1941 и 1945–1991 гг. следует считать временем оккупации, тогда как политические лидеры русскоговорящих меньшинств столь же уверенно утверждали, что в 1944–1945 гг. произошло «освобождение» побережья от фашизма Красной армией; в обществе присутствовало вполне понятное желание в полной мере задокументировать депортации 1941 и 1949 гг. и одновременно — столь же объяснимое желание оправдать участие местного населения в уничтожении евреев побережья в период немецкой оккупации 1941–1945 гг.; правительства же республик при этом стремились изменить календарь национальных праздников, отменив памятные даты советского периода и заменив их датами, эмоционально значимыми для титульных национальностей.
К концу 90-х годов XX в. все подобные фундаментальные исторические вопросы были тесно связаны друг с другом, порождая взаимные обвинения в «попытках переписать историю», «желании скрыть преступления советской власти против человечества», а также споры о том, в какой степени термин «геноцид» можно отнести к событиям Второй мировой войны и последующих десятилетий. Российская пресса и некоторые российские законодатели выступали на стороне тех, кто считал, что эстонцы, латыши и литовцы хотят «переписать историю». В ответ балтийские авторы обвиняли Россию в том, что она суется не в свое дело и стремится стать преемницей СССР, однако при этом не берет на себя ответственности за злодеяния не существующего более государства. Чтобы уменьшить взаимные обвинения, президенты трех республик (Леннарт Мери в Эстонии, Гунтис Ульманис в Латвии и Валдас Адамкус в Литве) согласились в 1998 г. создать в каждой стране специальные президентские комиссии, поставив перед ними задачи беспристрастно задокументировать события 1940–1945 гг. и последующих десятилетий. Комиссии должны были состоять из балтийских историков и компетентных специалистов из других стран, периодически проводить конференции и публиковать результаты своих исследований. Им предлагалось уделить особое внимание судьбе еврейского населения побережья, роли местного населения в убийствах евреев и подумать над правомерностью использования столь эмоционально окрашенного термина, как «геноцид». Работа этих комиссий должна продолжаться до тех пор, пока их члены не придут к выводу, что они использовали весь доступный им материал архивных источников. Эстонская комиссия представила результаты своих исследований на рассмотрение в 2006 г., тогда как в Латвии и Литве, где во время Холокоста были убиты десятки и сотни тысячи евреев, продолжали свои изыскания и после этого.