Тем временем обстановка в Италии коренным образом изменилась, поскольку в 53 г. до н. э. с политической арены исчез Красс, видный политический деятель, с которым Цезарь был в дружеских отношениях. Вынашивая грандиозные замыслы восточных завоеваний, Красс вторгся в могучую Парфянскую империю. Парфянская армия целиком состояла из конницы. Знать, восседавшая на крупных, сильных защищенных доспехами несейских конях, сражалась наподобие средневековых рыцарей, закованная в доспехи и поражающая врага копьями. Масса их вассалов составляла легкую конницу, вооруженную специально укороченными луками для стрельбы сидя в седле. Они были обучены выполнению знаменитого парфянского маневра, когда, поворачивая от противника в притворном бегстве, они стреляли поверх конского крупа. Красе встретил конницу противника из 11 тысяч всадников под командованием Сурена у Карр. Следуя своей обычной тактике, парфяне выманили вперед его авангард, а затем развернулись, чтобы окружить его и уничтожить. Главные силы римской пешей армии выстроились квадратом и стояли насмерть под стрелами более мобильного противника. Из 36 тысяч римлян уцелели только около 10 тысяч.
Таким образом, когда осенью 50 г. Цезарь вернулся в Италию, они с Помпеем встретились один на один и гражданская война стала неизбежной. У Цезаря была победоносная и преданная ему армия из девяти легионов. У Помпея было десять, семь из них находились в Испании, кроме того, он господствовал на море. Вероятность получить поддержку народа была предпочтительнее у Цезаря. В январе Цезарь, выбрав для себя войну, переправился через реку Рубикон и решительно двинулся к югу. Помпей с 62 г. не ведал настоящей войны и, имея в своем распоряжении плохо подготовленное войско, не желал ввязываться в сражение с покорителем галлов и его ветеранами, так что в конце марта, преследуемый по пятам Цезарем, он переправил свою армию по морю в Македонию. За десять недель после перехода через Рубикон Цезарь овладел Италией. В апреле 49 г. Цезарь отбыл в Испанию и там за семь месяцев без кровопролития подчинил себе семь легионов Помпея – после форсированного марша зажал противника в ущелье близ Илерды. В январе 48 г. он со своей армией появился в Македонии – проскользнув мимо патрулировавших судов Помпея и высадив на берег семь легионов. Осажденная в Диррахие армия Помпея через некоторое время вырвалась из окружения. Решающее сражение гражданской войны состоялось в августе в Фарсале. Помпей все еще хотел избежать боя, но его командирам не терпелось сразиться. Он потерпел поражение, остатки армии сдались, а сам он бежал в Египет, где был убит.
Цезарю еще предстояло очистить от сторонников Помпея некоторые провинции. Сначала он последовал за своим врагом в Египет, там влюбился в царицу Клеопатру и задержался на девять месяцев. Затем, в июле 47 г., отправился в Понтийское царство, где у Зелы разбил мятежного Фарнака и послал сенаторам свое донесение: «Пришел, увидел, победил». Но после Фарсальского сражения уже прошел год, и помпейцы собрались под началом Лабиена в Африке. В декабре 47 г. Цезарь высадился в Африке с одним легионом и 600 конниками. Сначала он встретил упорное сопротивление, но, получив следующей весной подкрепление, успешно завершил африканскую кампанию победой при Тапсе. В 45 г. Цезарь разбил последних помпейцев в Испании при Мунде, сделавшись таким образом властелином мира. В Риме он стал пожизненным диктатором. Хотя его правление нельзя назвать непопулярным, в марте 44 г. до н. э. он был убит республиканцами.