По версии следствия, организатором покушения на Березовского выступил известный московский криминальный авторитет, лидер ореховской преступной группировки Сергей Тимофеев по прозвищу «Сильвестр».
«Сильвестр» 13 сентября того же года был взорван в своём автомобиле на 3-й Тверской-Ямской улице. Убийство «Сильвестра», равно как и покушение на Березовского, осталось нераскрытым.
Вот как описал гибель «Сильвестра» адвокат Валерий Карышев в книге «Записки “бандитского адвоката”»: «В день своей гибели Сильвестр приехал на встречу в акционерный коммерческий банк “Барн”, расположенный на 3-й Тверской-Ямской улице, на шестисотом “мерседесе”. С ним было всего два телохранителя. Однако машина постоянно находилась под наблюдением — таково было одно из условий работы с Сильвестром.
Как вспоминал Александр Циборовский (один из ближайших сподвижников Сильвестра), вероятно, бомба могла быть заложена в машину, когда она находилась в мойке. По оценкам специалистов ФСБ, масса тротилового заряда, прикрепленного магнитом к днищу автомобиля, равнялась 400 граммам. Взрыв произошел, как только Сильвестр сел в машину и начал разговаривать по телефону. Видимо, сработала радиоуправляемая установка. Корпус сотового телефона отбросило взрывной волной на 11 метров.
Циборовский категорически отвергал версию, что Сильвестр, как писали многие, сам инсценировал свою смерть и погиб его двойник. За полчаса до его гибели с Сильвестром общалось как минимум человек двадцать, которые сразу бы распознали двойника. Так что скончался он сам, один из влиятельнейших авторитетов. Причины смерти могли быть самые разнообразные, и сейчас, наверное, уже трудно их установить».
Несмотря на то что люди, которые были хорошо знакомы с обстоятельствами покушения на «Сильвестра», труп которого опознали по зубному протезу (экспертизы ДНК не было), не сомневались в его гибели, есть версия о том, что на самом деле покушение было инсценировкой и Сергей Тимофеев благополучно жив и сегодня. «Сильвестр» стал прототипом главного героя культового сериала «Бригада» Александра Белова (Саши Белого), которого блестяще сыграл Сергей Безруков. Там также отражена версия о чудесном спасении «Сильвестра».
После покушения 1994 года Литвиненко сблизился с Березовским и, еще оставаясь на службе в ФСК, а потом в ФСБ, стал сотрудничать со службой безопасности олигарха.
В 1997 году Литвиненко устроил пьяный дебош в ресторане «Прага», за что его ненадолго понизили в должности, но вскоре перевели в 7-й отдел Управления по разработке и пресечению деятельности преступных организаций (УРПО) ФСБ на должность старшего оперативного сотрудника, замначальника 7-го отдела. В начале 1998 года Александр Вальтерович попал в разработку Управления собственной безопасности ФСБ за служебные злоупотребления и «недопустимое для сотрудника контрразведки систематическое употребление спиртного», а также за недопустимые методы ведения следствия. 13 ноября 1998 года Борис Березовский опубликовал в «Коммерсанте» открытое письмо Владимиру Путину, в котором утверждал, что его «заказало» ФСБ. Об этом ему 20 марта 1998 года поведал Литвиненко. Будто бы в ноябре 1997 года руководители самого засекреченного в ФСБ Управления по разработке и пресечению деятельности преступных объединений (УРПО) генерал-майор Евгений Хохольков и капитан 1-го ранга Александр Камышников отдали своему подчиненному подполковнику Александру Литвиненко и другим офицерам устный приказ на физическое устранение Березовского, но те отказались его выполнять. Тогда им стали угрожать за отказ «убить еврея, обворовавшего полстраны». А через две недели на Литвиненко около его дома было совершено покушение, и ему пришлось применить табельное оружие.
17 ноября того же года офицеры расформированного к этому времени Управления по разработке и пресечению деятельности преступных объединений ФСБ провели беспрецедентную пресс-конференцию в здании «Интерфакса». Пять офицеров УРПО (в том числе начальник 7-го отдела УРПО подполковник Александр Гусык, сотрудники этого же отдела — подполковник Александр Литвиненко и майор Андрей Понькин) и примкнувший к ним подполковник Михаил Трепашкин, в свое время уволенный из ФСБ и опротестовавший это решение в суде, заявили, что им поручались и другие грязные дела, а после отказа на них началось давление. Будто бы им приказали захватить в заложники с целью получения выкупа брата гендиректора СП «Интурист Радамер — гостиница и деловой центр» Умара Джабраилова и проломить голову подполковнику ФСБ Михаилу Трепашкину, выигравшему суд у тогдашнего директора ФСБ Николая Ковалева. После этого все офицеры были уволены из контрразведки.