Естественно, возникает вопрос, как проводить Самоисследование. Махарши говорит: "Вопрошающий должен признать существование своего Я. "Я есмь" — это Реализация. Преследование ключа "Я есмь" до Реализации (в смысле до того момента, как она проявится, авт.) есть вичара. Вичара и реализация — одно и то же". Здесь важно понимать, что вичара — это не медитация. Медитирует всегда на каком-то объекте — обычно это некая идея. В вичаре задача совсем другая — обнаружить, или лучше сказать, осознать Субъект. Для этого рекомендуется убрать завесу из мыслей, что автоматически ведет к Реализации. "Вичара является и методом и целью одновременно. "Я есмь" — цель и окончательная Реальность (сравните с тезисом для учеников первых двух типов о том, что цели нет). Держаться этого "Я есмь" с усилием — вичара, а спонтанно и естественно — Реализация. Если кто оставляет вичару, наиболее действенную садхану (средство духовной практики), то для успокоения ума нет других подходящих средств, так как после успокоения иными методами ум, хотя и успокоенный, будет подниматься опять. Самоисследование — это единственный безошибочный метод, единственное прямое средство для осознания необусловленного, абсолютного Бытия, которым вы в действительности являетесь". Почему? "Потому что любой вид садханы, исключая Атма-вичару, предполагает сохранение ума как инструмента ведения садханы и при отсутствии ума не может практиковаться. Ego способно принимать многообразные и все более тонкие формы на различных ступенях упомянутых видов практики, но никогда окончательно не уничтожается".
В начале практики Самоисследования Рамана Махарши рекомендовал сосредотачивать внимание на чувстве "я" или "я"-мысли, и удерживать его как можно дольше. "Вонзитесь в эту "я"-мысль и спрашивайте ее, что она такое. Когда этот вопрос сильно захватит вас, вы не сможете думать о другом". Со временем "… "я"-мысль исчезает и нечто иное, идущее из глубин, держит вас; это уже не "я",которое начало поиск. Это Атман, сущность Я. Это не ego, это само высочайшее бытие".
Однако практика начинающих свидетельствует, что мыслям нет конца. Когда отбрасывается одна, появляется другая и т. д. Махарши советует: "Вонзитесь в себя, то есть в "я"-мысль. Когда ваш интерес сохраняется на этой единственной идее, другие мысли автоматически отбрасываются и исчезают… Вы считаете, что мыслям не будет конца, если продолжать отбрасывание каждой по мере ее возникновения. Это неверно, конец есть. Если вы бдительны и прилагаете непреклонные усилия, чтобы отвергнуть каждую мысль при ее появлении, то вскоре обнаружите, что заходите внутрь себя все глубже и глубже. На этом уровне уже нет необходимости делать усилие для отбрасывания мыслей". В результате постоянной практики сознание будет входить в Сердце все глубже и глубже, и настанет момент, когда Атман сам "втянет" его в Себя, без всяких усилий со стороны человека. Это и будет Реализацией. В таком состоянии вообще становится невозможным прилагать усилия, так как "я", которое предпринимает эти усилия, исчезает.
Для устранения посторонних мыслей рекомендуется следующая практика: "При появлении других мыслей надо не следовать за ними, а спрашивать: "Для кого они возникают?" Какое имеет значение, что поднимается множество мыслей? Если в момент возникновения каждой мысли прилежно исследовать: "Для кого возникла эта мысль?", то ответ будет: "Для меня". Если же после этого спросить: "Кто я?", то ум возвратиться к своему источнику (Атману) и возникшая мысль успокаивается. При повторении такой практики ум развивает силу пребывать в своем источнике … Хотя склонности к объектам чувства, накопленные в безначальном прошлом, возникают, бесчисленные, подобно волнам океана, они все погибнут, как только концентрация на истинной природе станет все более и более интенсивной. Не оставляя места сомнениям, возможно ли уничтожить все эти склонности (васаны) и оставаться только как Атман, следует неуклонно поддерживать внимание к "я".
Махарши указывал, что мысленное повторение "я" как мантры также ведет по правильному пути, но важно помнить, что это только предварительная стадия практики. Повторение "я", "я" и т. д. включает "я"-мысль как субъект, и объект — мысль "я". Пока двойственность имеется, "я"-мысль будет получать питание. Она исчезнет только после прекращения восприятия всех объектов — как внешнего, так и внутреннего миров. Это осуществляется только бытием "Я". Не восприятие объектов, а поиск бытия своего "Я", является кардинальным отличием вичары от всех остальных духовных практик. Бхагаван подчеркивал отличие вичары от медитации, которая предполагает наличие объекта медитации: "… поиск Атмана, о котором я говорю, есть прямой метод, действительно превосходящий медитацию. В тот момент, когда вы начинаете искать себя и идете все глубже и глубже, Атман ожидает там, чтобы увести внутрь. Тогда уже все, что делается, совершается чем-то другим, а вы не участвуете в этом".