В это время финдиректор Варьете Римский и администратор Варенуха безуспешно пытаются разыскать по телефону исчезнувшего Лиходеева и недоумевают, получая от него одну за другой телеграммы из Ялты с просьбой выслать денег и подтвердить его личность, так как он заброшен в Ялту гипнотизером Воландом. Решив, что это – дурацкая шутка Лиходеева, Римский, собрав телеграммы, посылает Варенуху отнести их «куда надо», однако Варенухе сделать этого не удается: Азазелло и Коровьев, подхватив его под руки, доставляют Варенуху в квартиру № 50, а от поцелуя нагой ведьмы Геллы Варенуха лишается чувств.
Вечером на сцене театра Варьете начинается представление с участием великого мага Воланда и его свиты, фагот выстрелом из пистолета вызывает в театре денежный дождь, и весь зал ловит падающие червонцы. Затем на сцене открывается «дамский магазин», где любая женщина из числа сидящих в зале может бесплатно одеться с ног до головы. Тут же в магазин выстраивается очередь, однако по окончании представления червонцы превращаются в бумажки, а все, приобретенное в «дамском магазине», исчезает без следа, заставив доверчивых женщин метаться по улицам в одном белье.
После спектакля Римский задерживается у себя в кабинете, и к нему является превращенный поцелуем Геллы в вампира Варенуха. Увидев, что тот не отбрасывает тень, смертельно напуганный, мгновенно поседевший Римский на такси мчится на вокзал и курьерским поездом уезжает в Ленинград.
Тем временем Иван Бездомный, познакомившись с мастером, рассказывает ему о том, как он встретился со странным иностранцем, погубившем Мишу Берлиоза; мастер объясняет Ивану, что встретился он на Патриарших с сатаной, и рассказывает Ивану о себе. Мастером его называла его возлюбленная Маргарита. Будучи историком по образованию, он работал в одном из музеев, как вдруг неожиданно выиграл огромную сумму – сто тысяч рублей. Он оставил работу в музее, снял две комнаты в маленьком домике в одном из арбатских переулков и начал писать роман о Понтии Пилате. Роман уже был почти закончен, когда он случайно встретил на улице Маргариту, и любовь поразила их обоих мгновенно. Маргарита была замужем за достойным человеком, жила с ним в особняке на Арбате, но не любила его. Каждый день она приходила к мастеру, роман близился к концу, и они были счастливы. Наконец роман был дописан, и мастер отнес его в журнал, но напечатать его там отказались, однако в газетах появилось несколько разгромных статей о романе, подписанных критиками Ариманом, Латунским и Лавровичем. И тут мастер почувствовал, что заболевает. Однажды ночью он бросил роман в печь, но прибежавшая встревоженная Маргарита выхватила из огня последнюю пачку листов. Она ушла, унося рукопись с собой, чтобы достойно проститься с мужем и утром вернуться к возлюбленному навсегда, однако через четверть часа после ее ухода к нему в окно постучали – рассказывая Ивану свою историю, в этом месте он понижает голос до шепота, – и вот через несколько месяцев, зимней ночью, придя к себе домой, он обнаружил свои комнаты занятыми и отправился в новую загородную клинику, где и живет уже четвертый месяц, без имени и фамилии, просто – больной из комнаты № 118.
В это утро Маргарита просыпается с ощущением, что что-то должно произойти. Утирая слезы, она перебирает листы обгоревшей рукописи, разглядывает фотографию мастера, а после отправляется на прогулку в Александровский сад. Здесь к ней подсаживается Азазелло и передает ей приглашение Воланда – ей отводится роль королевы на ежегодном балу у сатаны. Вечером того же дня Маргарита, раздевшись донага, натирает тело кремом, который дал ей Азазелло, становится невидимой и вылетает в окно. Пролетая мимо писательского дома, Маргарита устраивает разгром в квартире критика Латунского, по ее мнению погубившего мастера. Затем Маргариту встречает Азазелло и приводит ее в квартиру № 50, где она знакомится с Воландом и остальными членами его свиты.
В полночь начинается весенний бал полнолуния – великий бал у сатаны, на который приглашены доносчики, палачи, растлители, убийцы – преступники всех времен и народов; мужчины являются во фраках, женщины – обнаженными. В течение нескольких часов нагая Маргарита приветствует гостей, подставляя колено для поцелуя. Наконец бал закончен, и Воланд спрашивает у Маргариты, что она хочет в награду за то, что была у него хозяйкой бала. И Маргарита просит немедленно вернуть ей мастера. Тут же появляется мастер в больничном одеянии, и Маргарита, посовещавшись с ним, просит Воланда вернуть их в маленький домик на Арбате, где они были счастливы.
Тем временем одно московское учреждение начинает интересоваться странными событиями, происходящими в городе, и все они выстраиваются в логически ясное целое: и таинственный иностранец Ивана Бездомного, и сеанс черной магии в Варьете, и доллары Ника-нора Ивановича, и исчезновение Римского и Лиходеева. Становится ясно, что все это работа одной и той же шайки, возглавляемой таинственным магом, и все следы этой шайки ведут в квартиру № 50.
Обратимся теперь ко второй сюжетной линии романа. Во дворце Ирода Великого прокуратор Иудеи Понтий Пилат допрашивает арестованного Иешуа Га-Ноцри, которому Синедрион вынес смертный приговор за оскорбление власти кесаря, и приговор этот направлен на утверждение к Пилату. Допрашивая арестованного, Пилат понимает, что перед ним не разбойник, подстрекавший народ к неповиновению, а бродячий философ, проповедующий царство истины и справедливости. Однако римский прокуратор не может отпустить человека, которого обвиняют в преступлении против кесаря, и утверждает смертный приговор. Затем он обращается к первосвященнику иудейскому Каифе, который в честь наступающего праздника Пасхи может отпустить на свободу одного из четырех осужденных на казнь преступников; Пилат просит, чтобы это был Га-Ноцри. Однако Каифа ему отказывает и отпускает разбойника Вар-Раввана. На вершине Лысой горы стоят три креста, на которых распяты осужденные. После того, как толпа зевак, сопровождавшая процессию к месту казни, вернулась в город, на Лысой горе остается только ученик Иешуа Левий Матвей, бывший сборщик податей. Палач закалывает измученных осужденных, и на гору обрушивается внезапный ливень.