Дальнейшие великие деяния
После продолжительного обучения Цонкапа снова ушёл в ретрит – на сей раз с учителем Рендавой – и написал большую часть «Ламрима ченмо». Во время ретрита у него было видение Атиши и мастеров линии передачи ламрима, которое длилось месяц и стало ответом на многие вопросы Цонкапы. Затем он продолжил изучать шесть практик Наропы и махамудру в традиции дрикунг-кагью. После этого во время сезона дождей он искусно преподавал Винайю (‘dul-ba, правила монашеский дисциплины). Это считается его вторым великим деянием.
Закончив «Ламрим ченмо», Цонкапа решил более полно преподавать тантру. Однако сначала он написал обширные комментарии к обетам бодхисаттвы и «Пятьдесят строф об учителе» (Bla-ma lnga-bcu-pa, санскр. Гурупанчашика, «Пятьдесят строф почитания учителя»), чтобы положить их в основу практики тантры. Продолжая преподавать, он написал «Нгагрим ченмо» и много комментариев на Гухьясамаджу. Он также написал комментарии на Ямантаку и на тексты Нагарджуны по мадхьямаке.
Китайский император предложил ему стать своим наставником, но Цонкапа извинился, сказав, что он слишком стар и хотел бы остаться в ретрите.
В течение следующих двух лет Цонкапа широко преподавал ламрим и тантру и написал «Сущность великолепного объяснения интерпретируемого и безусловного смыслов» (Drang-nges legs-bshad snying-po) о безусловном и интерпретируемом смысле принципов махаяны. Затем в 1409 году в возрасте пятидесяти двух лет он учредил великий молитвенный фестиваль Монлам (sMon-lam chen-mo) в храме Джокханг (Jo-khang) в Лхасе. Он украсил золотой короной статую Шакьямуни, показывая, что теперь это статуя самбхогакайи, а не только нирманакайи. Формы будд самбхогакайи живут до тех пор, пока все существа не освободятся от самсары, тогда как формы нирманакайи живут лишь короткое время. Это считается его третьим великим деянием. После этого ученики попросили Цонкапу меньше путешествовать, и основали для него монастырь Ганден (dGa’-ldan dGon-pa).
В монастыре Ганден Цонкапа продолжал преподавать, писать (особенно о Чакрасамваре), и делать ретриты. Он руководил строительством большого зала Гандена с огромной статуей Будды и медными трёхмерными мандалами Гухьясамаджи, Чакрасамвары и Ямантаки. Это считается его четвёртым великим деянием. Он продолжал писать и в итоге собрание его сочинений составило восемнадцать томов, наибольшее количество которых приходилось на Гухьясамаджу.
Уход из жизни
Цонкапа умер в Гандене в 1419 году в возрасте шестидесяти двух лет. После смерти он обрёл просветление, достигнув иллюзорного тела (sgyu-lus) вместо бардо. Это должно было послужить примером того, что монахам необходимо строго следовать обету безбрачия, так как для достижения просветления в течение этой жизни требуется практика с супругой, по крайней мере единожды.
Прежде чем уйти из жизни, Цонкапа отдал свою шапку и мантию Гьелцабу Дже (rGyal-tshab rJe Dar-ma rin-chen) (1364-1432), который впоследствии взошёл на трон Гандена и сохранял за собой этот пост в течение двенадцати лет. Так началась традиция держателя трона Гандена (dGa’-ldan khri-pa, Ганден Трипа) – главы традиции гелуг. Следующим держателем трона был Кхедруб Дже (mKhas-grub rJe dGe-legs dpal-bzang) (1385-1438). Позже этот мастер имел пять видений Цонкапы, разъясняющего его сомнения и отвечающего на его вопросы. С тех пор традиция гелуг процветала.
Ученики
Несколько ближайших учеников Цонкапы основали монастыри, чтобы продолжить его традиции и распространить его учения. Пока Цонкапа был ещё жив, Джамьянг Чодже (‘Jam-dbyangs Chos-rje bKra-shis dpal-ldan) (1379-1449) в 1416 году основал монастырь Дрепунг (‘Bras-spungs dGon-pa), а в 1419 году Джамчен Чодже (Byams-chen Chos-rje Shakya ye-shes) (1354-1435) основал монастырь Сера (Se-ra dGon-pa). После ухода Цонкапы Гью Шераб Сенгге (rGyud Shes-rab seng-ge) (1383-1445) в 1433 году основал Нижний тантрический колледж Гьюме (rGyud-smad Grva-tshang), а в 1447 году Гьелва Гендун Друб (rGyal-ba Ge-’dun grub) (1391-1474), посмертно названный Первым Далай-ламой, основал монастырь Ташилхунпо (bKra-shis lhun-po).