В субботу вечером, 16/29 октября, ей было очень плохо. Она передала келейнице деньги со словами:
– Пойди сейчас в храм, поставь свечи, но не зажигай, на утро пусть будут…
Потом благословила взять с собой приношение на панихиду и утром сразу же отнести в храм, а после службы бежать к ней в келлию, чтобы застать в живых.
На следующий день, 17/30 октября 1988 года, пошел первый снег, и ударил первый морозец. После службы в келлию к старице пришло много людей: все спешили попрощаться с блаженной и взять у нее последнее благословение. Духовные дети плакали, молились. Когда настала минута расставания, матушка Алипия приподнялась и, серьезно, проникновенно посмотрев на своих чад, трижды перекрестила их. Понимая, как тяжело будет им видеть смерть духовной матери, матушка благословила всем, за исключением одной женщины, идти в Китаевскую пустынь, и помолиться о ней на могилах преподобной Досифеи и блаженного Феофила…
И когда духовные чада молились о ней в Китаево, умирающая матушка Алипия усердно просила Господа о том, чтобы Он не оставил ее осиротевших детей…
…На смертном одре старица лежала светлая, точно уснувшая. Лицо ее было спокойным и благостным. Монахини Флоровского монастыря подготовили блаженную к погребению, а первую панихиду по почившей старице отслужил иеромонах Роман (Матюшин).
На отпевание, которое состоялось 1 ноября в Вознесенском храме Флоровского монастыря, собралось множество людей. Гроб матушки Алипии утопал в цветах. Присутствующие на службе почитатели матушки не ощущали уже такого сильного горя и скорби, которые поразили их при известии о ее кончине. Скорбь растворилась в какой-то тихой радости, исполненной упования и надежды. Все ощущали, что это – торжество веры, что это не смерть, а победа над нею.
Чудесным образом решилась проблема с погребением блаженной старицы на Лесном кладбище, на участке Флоровского монастыря, хотя вначале казалось немыслимым похоронить на киевском кладбище монахиню, не имевшую паспорта и прописки…
Прихожане Демиевского храма, знавшие матушку Алипию при жизни, помнят, сколько она всегда приносила панихид, скольких поминала, сколько свечей ставила за живых и умерших. Всю милостыню она тратила на продукты для панихиды и на свечи, причем, свечи всегда ставила дорогие, рублёвые. И вот после смерти старицы к ее скромной могилке на Лесном кладбище потекли реки людей, и знавших ее при жизни и не знавших. Здесь постоянно служились панихиды, постоянно теплился огонек лампадки и горели свечи, здесь постоянно были живые цветы.
И если при жизни старица помогла тысячам людей, то после смерти все случаи ее благодатной помощи невозможно и исчислить. К ней спешат и страждущие неисцелимыми болезнями, и осиротевшие, и безработные, и несправедливо оклеветанные, и отчаявшиеся в спасении, и разорившиеся, и потерпевшие – и никто не остается без помощи.
В день памяти матушки Алипии к ее могиле выстраиваются огромные очереди почитателей. Ей, как и блаженной Ксении Петербургской, пишут записки-письма с самыми сокровенными просьбами…
С каждым годом все большим и большим почитанием в народе пользуется и место подвигов блаженной, рядом с возрождающимся монастырем «Свято-Покровская Голосеевская Пустынь». По благословению Предстоятеля Украинской Православной Церкви Блаженнейшего Владимира, Митрополита Киевского и всея Украины, на месте разрушенной келлии блаженной, святой обителью построена часовня.
По милости Божией Блаженнейший Владыка Владимир благословил перенести останки монахини Алипии (Авдеевой) в мужской монастырь «Свято-Покровская Голосеевская Пустынь», в котором матушка жила, подвизалась и старчествовала в последние годы своей жизни.
Обретение святых мощей старицы Алипии состоялось утром 5/18 мая 2006 года. В обретении участвовали отец наместник Архимандрит Исаакий, отцы, братия и прихожане монастыря «Свято-Покровская Голосеевская Пустынь», духовные чада блаженной старицы и ее почитатели, представители администрации Лесного кладбища, городской милиции и санэпидемстанции.
Перед вскрытием могилы Архимандрит Исаакий отслужил заупокойную литию. Отцы и братия аккуратно сняли крест, выкопали цветы с могилы блаженной, и под пение Пасхальных и заупокойных песнопений начались раскопки. Они длились недолго – немногим более часа и проходили очень тихо и мирно. Не было, наверное, в тот момент человека, который не ощутил бы в своем сердце этот особенный внутренний покой, «мир, всяк ум превосходящий».
Когда же достигли гроба, то все присутствующие сплотились вокруг могилы. Гроб частично истлел. Святые останки матушки Алипии были обретены в монашеской одежде.