"Мускэ" доблестно вступил в безнадежный бой с "Эмденом" и очень скоро был потоплен. Мюллер весьма человечно отнесся к оставшимся в живых, подобрал их, оказал им полное внимание, а затем полным ходом ушел. Потери на "Жемчуге" составили 91 убитыми и 108 ранеными. Впоследствии командир и старший помощник были осуждены военным судом к строгому наказанию за непринятие мер предосторожности. Другие слабые французские корабли (старая торпедно-канонерская лодка и 2 миноносца), находившиеся в гавани, не приняли участия в бою, а если бы и приняли, то погибли бы бесцельно. На эскадренном миноносце "Мускэ" 43 чел. погибло и 36 попали в плен; из которых 5 вскоре умерли от ран.
После этого смелого дела "Эмден" пошел на запад к Никобарским островам, захватив по пути британский пароход -свой последний приз, который он отправил с пленными в порт на Суматре. В последний раз он принял уголь вблизи одного из маленьких островов к западу от Суматры, всего произведя за свое плавание 11 угольных погрузок. 5 ноября он пошел к Зондскому проливу, а затем повернул и направился к Кокосовым островам – маленькой группе островов в Индийском океане, где Мюллер намеривался разрушить кабельную станцию. Это был с его стороны опрометчивый поступок, так как он должен был бы догадаться, что в Индийском океане его ищут многочисленные союзные военные корабли. Правда, он не мог знать, что как раз в это время целая союзная эскадра находилась вблизи, занятая конвоированием транспортов с австралийскими и новозеландскими войсками. Радиопереговоры стали редки, а те, которые удавалось перехватить, кодированы, так как англичане установили наконец строгую радиодисциплину.
9 ноября рано утром Мюллер подошел к Кокосовым островам и высадил десантную партию, чтобы уничтожить кабели и радиостанцию. Но радиостанция все же успела передать важное известие: "Неизвестный корабль у входа", а кабельная станция послала по нескольким кабелям сообщения, которые привели в движение с полдюжины британских кораблей. Быстрота и находчивость властей Кокосовых островов были вознаграждены крупным успехом. В тот же день в 7 час. командир "Мелбурна" ("Melbourne") Сильвер, командовавший отрядом, который конвоировал транспорты с австралийскими войсками и находился в 55 милях к северу, принял эту радиограмму и, немедленно оценив ее значение, выслал на поиски противника легкий крейсер "Сидней" ("Sydney") (командир Глоссоп). Японский броненосный крейсер "Ибуки" просил чести выполнить это задание, но он был настолько сильный корабль, что его оставили в составе конвоя на случай появления других германских кораблей.
В 9 час. с "вороньего гнезда" "Эмдена", стоявшего на якоре у о. Дирекции заметили дым, который был приписан одному из его угольщиков. Немного позже ошибочно доложили, что у приближающегося корабля одна труба (вместо четырех); но в 9 ч. 20 м. Мюллер увидел, что неизвестный корабль – неприятельский. Он поднял сигнал, вызывая с берега высаженный десант (60 чел.), приказал поднять пары во всех котлах и выбрать якорь. В 9 ч. 40 м. оба корабля уже шли курсом N; "Эмден" первым открыл огонь с дистанции в 51 каб. (ок. 10,1 км), накрыв "Сидней" вторым залпом, который привел в негодность его носовой дальномер и убил дальномерщика. "Сидней" затратил на пристрелку несколько минут, но когда он пристрелялся, действия его 152-мм лиддитовых снарядов стало подавляющим. Кроме того, он имел преимущество в ходе на 4 узла, и вес его залпа втрое превышал вес залпа "Эмдена", так что в исходе боя не могло быть сомнения.
В 10 час. на "Эмдене" подбили рулевую машинку, а у четвертого орудия правого борта вспыхнул сильный пожар; кораблю пришлось управляться машинами. Его попытка дать торпедный залп была легко парализована "Сидней", который сам выпустил торпеду, хотя и неудачно. "Эмден" находился в агонии, кормовая часть его пылала, а середина представляла груду железных обломков. Его трубы и фок-мачта были снесены, орудия выведены из строя. Около 11 ч. 20 м. "Эмден", сильно поврежденный и полузатонувший, выбросился на мель у острова Норт Килинг и прекратил огонь. В это время "Сидней" погнался за угольщиком "Эмдена" "Бьюреском" ("Buresk"). Последний был затоплен немцами, когда стало очевидно, что ему не уйти. "Сидней" вернулся около 16 час. и, увидев, что на "Эмдене" все еще развевается флаг и что сигнала о сдаче нет, снова открыл огонь, причинивший немцам большие потери. Тогда был поднят белый флаг, после чего огонь прекратили.
| Тонн | Попаданий | Убитых | Раненых | Пленных | Бортовой залп в кг | |
| "Сидней" | 5400 | 16 | 4 | 13 | 0 | 205 |
| "Эмден" | 3592 | 50? | 134 | 65* | 182** | 72 |
* Четверо впоследствии умерли.
* * В том числе 65 раненых.
Германская десантная партия, оставшаяся во время боя на берегу, захватила парусную шхуну "Айеша" ("Ayesha") и, уйдя на ней на Суматру, в конце' концов после многих приключений вернулась в Германию.
Убытки, причиненные "Эмденом" британской торговле, оказались серьезны, хотя и не велики по сравнению с убытками, понесенными впоследствии от подводных лодок. Он захватил и потопил 16 британских пароходов общим тоннажем около 70 825 т, оцененных вместе с грузом в 2150 ООО ф. ст.; 4 британских парохода тоннажем около 18 000 т он захватил и отпустил; кроме того, им были захвачены 1 греческий и 1 британский пароходы, которые он превратил в угольщики и которые впоследствии были отбиты британскими крейсерами. Он захватил также 1 русский пароход. В своем последнем бою он храбро сражался против превосходящего его противника. "Сидней" получил незначительные повреждения, но необходимо отметить, что в самом начале боя германские наводчики добились попаданий в обе его дальномерные станции и вблизи их; другой снаряд разорвался в одном из элеваторов, и горящий кордит попал вниз в погреб. Благодаря присутствию духа одного матроса из команды погреба, вовремя выбросившего горящий заряд, взрыва не произошло.
Донесение командира крейсера "Сидней" о бое с крейсером "Эмден". 9 ноября 1914 г.
– 1-го января 1915 года британским Адмиралтейством опубликовано следующее донесение капитана 1-го ранга Джона Глоссопа о захвате германского крейсера "Эмден" Австралийского Флота кораблем Его Величества "Сидней" Австралийского Флота корабль Его Величества "Сидней". Коломбо, 15-го ноября 1914 г.
Сэр, имею честь донести, что, конвоируя транспорты по приказанию капитана 1 ранга Сильвера, командира Австралийского Флота корабля "Мельбурн", я в 6 час. 30 мин. в понедельник 9 ноября получил с Кокосовых островов известие по радио, сообщающее, что в виду последних появилось иностранное военное судно. В 7 час. мне было приказано поднять пары для полного хода, после чего я направился в указанное место. Идя 20-узловым ходом, в 9 час. 15 м. утра я открыл прямо по носу берег и почти тотчас же вслед за тем дым, который, как оказалось, принадлежал кораблю Его Величества Императора Германского "Эмдену", с большой скоростью вышедшему мне навстречу.