В отличие от машины, паровые котлы "Забияки" чрезмерным давлением надорвали за время неоднократных ходовых испытаний. Уже по прошествии первых двух лет службы котлы потекли. Наружный осмотр выявил сквозные трещины протяжённостью до 100 мм в стенках всех восьми топок, расходящиеся под прямым углом из-под заклёпочных головок. На трещины снаружи и изнутри котла судовыми средствами накладывались планки, каждая на четырёх болтах. Таким образом заменили на болтовые 16 клёпочных соединений, давших трещины. Тем не менее, до возвращения в Кронштадт рабочее давление пара в котлах сочли за лучшее снизить до 4,9 атм и 75,5 оборотов винта. На этом уровне пар держался хорошо без усилия со стороны кочегаров.
Причиной течи котлов кроме трещин стали также железные дымогарные трубки. Все они в апреле 1883 г. были заменены на одном из частных заводов Гибралтара. Американские котлы заменили на новые, изготовленные Кронштадтским пароходным заводом, только в 1886 г., когда "Забияка" находился в Севастополе.
К марту 1897 г. вновь встала необходимость смены главных котлов. Котлы с рабочим давлением 5,6 атм. изготовил Балтийский завод. 20 апреля их испытали вдвое большим гидравлическим давлением и отправили во Владивосток. Одновременно с установкой главных и вспомогательных котлов на корабле капитально ремонтировали палубы, фальшборт и I рангоут. Ко 2-му декабря 1899 г. новые котлы уже стояли на "Забияке". И вот здесь, когда все работы были уже позади, потекли некоторые швы одной из топок, грозившие вывести корабль из строя "на продолжительное время". Для выяснения причины аварии в сентябре 1900 г. была созвана комиссия. По счастью, в характере аварии (расслоение металла — "редкий случай подобного повреждения") не усмотрели вины завода-изготовителя. И Управляющий Морским министерством вице-адмирал П.П. Тыртов разрешил замену топки на "волнистую с гладкими концами" без демонтажа котла, причём топочные связи вновь заказали Балтийскому заводу, а саму топку - английской фирме "Лидс форджес компани".
Много хлопот доставил вспомогательный котёл. Он засорился в течение первых же нескольких месяцев службы и простаивал мёртвым грузом, поскольку конструкция котла не позволяла его чистить изнутри. В нём заменили нижнюю трубчатую решётку, служившую одновременно и верхом топки, сменили на медные проржавевшие железные дымогарные трубки. Из 10 мм-железа сделали отдельный паровик длиной 1,2 и диаметром 0,6 м. Наконец, намучившись с дорогостоящими заграничными ремонтами, командир подал рапорт о замене вспомогательного котла новым большего размера. По возвращении крейсера в Кронштадт в 1883 г. вспомогательный котёл был заменён. Тогда же опустили до уровня жилой палубы трубы парового отопления командного помещения, чтобы прогревали воздух, а не вышележащую палубу.
Была признана недостаточной и производительность водоотливных средств, почти 11 т/мин, и на "Забияку" установили два эжектора Фридмана № 10 и дополнительно две 7-дюймовые помпы Даутона.
По итогам первого заграничного плавания, ремонтные работы на "Забияке" выполнялись согласно дефектной ведомости, представленной командиром Ломеном "по начальству". Она состояла из девяти пунктов.
По первому пункту заменили руль на больший в полтора раза по площади (5,109 м³). По пятому — переменили руслени и сняли расположенные под ними волноотводы, которые и ржавчину в обшивке вызвали, и деревянным русленям дали прогнить. Новые волноотводы сделали съёмными, чтобы стало возможным красить железную обшивку. Переменили бакаут.
Заделывались старые штормовые шпигаты, по которым вода в принципе никуда не могла уйти, и вырубались новые. Всего лишь трёх шпигатов на борт, но прорубленных правильно, оказалось достаточно.
Во флортимберсах угольных ям поставили четыре водонепроницаемые горловины для доступа в междудонное пространство.
Сняли "коловратную" машину Яблочкова. Лампы освещения оказались очень чувствительными к качке. На её месте на жилой палубе смонтировали типовую динамо-электрическую машину. Заменена была и маломощная американская динамо-машина, вместе с нетипичными для русского флота американскими прожекторами.
Эти и другие работы были выполнены в течение 1883-1884 гг. В 1890 году последовали новые стремления улучшить минное вооружение.
Специально созданная комиссия, назначенная Его Императорским Высочеством генерал-адмирал ом Алексеем Александровичем, осмотрев "Забияку", нашла необходимым: ^для постановки сфероконических мин установить одну или две стрелы у бизань-мачты; динамомашину, если не представится возможность, заменить на более компактную, обнести щитами для уменьшения шумности; неудачно поставленный прожектор, на мостике между дымовой трубой и грот-мачтой, переставить на площадку спереди фок-мачты, чтобы прожектор наконец получил достаточный сектор освещения по носу; найти постоянное место для якорей и вьюшек мин заграждения, и, несмотря на зарываемость крейсера на волнении, комиссия предлагала вооружить полубак "Забияки" минным аппаратом.