Уже после осушения отсека обнаружились выпучины второго дна, а приёмный кингстон холодильника правой машины оказался «безнадежно испорченным». Причиной аварии стали ошибки в определении напряжений в переборке, почти втрое превысивших допустимые. Столь же «несоответственно сконструированными» оказались и почти все поперечные переборки под броневой палубой и поверх неё, что подтвердилось проверочными расчетами в Новом Адмиралтействе в Петербурге. Попутно выяснилось, что ряд конструкций пришлось подкреплять ещё на «Баяне», однако спешно вносимые изменения так и не нашли должного отражения в чертежах.[3 РГАВМФ, ф. 427, оп. 1 ,д. 1575,л. 218.]
Одновременно с установкой новой продольной машинной переборки и усилением остальных на крейсере осуществлялась работы по погрузке главных механизмов и котлов, причём их сборка шла «вполне успешно и даже с выигрышем по времени». К началу сентября в Марселе окончили «стендовые» испытания правой машины, высланной затем по частям в Ла-Сен, а чуть позже завершилось изготовление и левой, «условно допущенной» к установке на корабль из-за раковин в цилиндре среднего давления.
Полным ходом продолжали идти и остальные достроечные работы. Ещё в августе на «Адмирале Макарове» окончили монтаж котельных и машинных фундаментов, фундаментов вспомогательных механизмов, машинной и котельной вентиляции. Тогда же на корабле установили паровые лебёдки для подъёма катеров, носовой паровой шпиль, динамо-машины и даже часть бортовых иллюминаторов. Постепенно приобретали свои очертания рубки, надстройки, а в носовой и кормовой частях корпуса поднялись стальные мачты.
Не осталась без внимания и корабельная артиллерия. К 1 сентября 1906 г. завершилась поверочная сборка на берегу вертикальной защиты обеих 8" башен, в батарейной палубе были полностью закончены три из восьми фундаментов для 6" и все основания для 75 мм пушек, порты для которых вырубались в бортовой броне уже после её установки.[4 РГАВМФ, ф. 427, оп. 1 ,д. 1576, л. 88.] Вместе с тем сами орудия поступали на крейсер с большим опозданием - ОСЗ, в связи с внутренними трудностями, смог доставить на Морской полигон в Санкт-Петербурге оба 8", а также два из восьми заказанных 6" орудий, только в июле 1907 г. После обязательных испытаний стрельбой вместе со станками эти пушки отправили во Францию. [5 В ходе спешных работ по отгрузке уже испытанных орудий не обошлось без казусов. Так, уже во Франции обнаружилось отсутствие в сальниках компрессоров 8" пушек обеспечивающей герметичность пеньковой набивки, о чем старший артиллерист «Адмирала Макарова» лейтенант Де- Ливрон не преминул в достаточно резкой форме сообщить на Металлический завод, ответственный за производство станков. При этом последний, сознавая свою оплошность, обещал прислать сразу двойной комплект материалов. // РГАВМФ, ф. 421, on. 1, д. 1756, л. 223.] Тогда же начались и испытания 75 мм пушек, небольшими партиями прибывавших в Тулон до самой осени, а окончательное укомплектование корабля положенной по штату артиллерией завершилось лишь к 1 ноября 1907 г.
Много хлопот доставило оборудование артиллерийских погребов, в конструкции которых выявились существенные недостатки, устраняемые непосредственно в ходе постройки. Так, по предложению старшего артиллериста лейтенанта Де-Ливрона в 8" и 6" погребах убрали деревянные прокладки между снарядами, затруднявшие вентиляцию и обслуживание боезапаса и не обеспечивавшие его надежное крепление во время шторма. Тогда же решено было отказаться и от тикового настила погребов из-за собиравшегося под ним большого количества влаги и заменённого уже в России на съёмные решётки.
Введение в 1907 г. в русском флоте новых удлинённых фугасных снарядов с повышенным содержанием взрывчатого вещества вынуждало проектировщиков ещё более сократить штатное количество боеприпасов как главного, так и противоминного калибров, уже «урезанное» ранее по причине наметившейся перегрузки. Чтобы сохранить боезапас в 110 выстрелов на ствол (норматив прежнего «Баяна»), в погребах обеих 8" башен разместили лишь по 55 фугасных снарядов вместо положенных по штату 77, заполнив оставшуюся половину гнёзд бронебойными. Несколько лучшим было положение в 6" погребах, где, благодаря применению французского способа укладки снарядов - непосредственно друг на друга с прокладкой из несмоленого троса, удалось увеличить количество боезапаса до 178 выстрелов вместо предполагавшихся 150.