Кроме работ в Йокосуке, он1 консультировал военно-морское министерство, наблюдал за размещением, строительством и деятельностью арсеналов флота, руководил кораблестроительным отделом.
Тогда же Бертии спроектировал серию крейсеров типа „Мацусима“. Все четыре года он работал без французских сотрудников. Ему помогали и сами при этом учились японские инженеры, получившие образование во Франции.
В 1898 г., когда на службе у японского морского министерства уже не находилось ни одного европейца, в порту Йокосука снова велись работы по его расширению, увеличению мастерских и улучшению оснащения, признаваемого недостаточным для постройки броненосца и крейсера водоизмещением 15 000 и 9 500 т соответственно. Оба корабля намечалось заложить в Йокосуке ещё судостроительной программой 1895 г.
С развитием флота мощностей адмиралтейства в Йокосуке стало недостаточно, поэтому правительство приняло решение о строительстве сухих доков, эллингов, механических и судостроительных мастерских в портах Куре (во внутреннем Японском море) и Сасебо (на о. Кюсю в заливе Омура, около Нагасаки).
Работы в Куре начались в 1886 г., и к середине 1898 г. там имелись два сухих дока (133,2 и 141,7 м), обширные мастерские и орудийный завод, изготовлявший 120-, 150-мм и малокалиберные орудия. Если в Куре к октябрю 1898 г. уже спустили первый крейсер (авизо) „Мияко“, то в Сасебо эллингов для кораблей ещё не было, по уже имелся сухой док длиной 132,9 м, открытый в декабре 1895 г.
В 1888 г. на японскую службу пригласили французского инженера Беллара (Bellar), который на правительственном Оногамском заводе около Кобе стал наблюдать за постройкой миноносок и сборкой тех, что были изготовлены в Европе и в разобранном виде доставлены в Японию. Верфь в Опогаме просуществовала с 1885 по 1895 гг. и успела построить три канонерские лодки: однотипные „Акаги“ („Akagi“) и „Майя“ („Мауа“), по 614 т, „Ошима“ („Oshima“, 1889 т), шлюп (винтовой корвет) „Ямато“ („Yamato“, 1476 т) и учебные корветы Канджей» («Kanji»), «Маиджей» («Manji»), по 877 т. К 1898 г. предприятия верфи переместились частью в Куре, а частью в Сасебо.
К июлю 1889 г. военно-морская комиссия, участвовавшая в работе над планом обороны страны, подготовила свои предложения. Последовало распоряжение императора, разделившее Японию на 5 морских округов (Йокосука, Куре, Сасебо, Майдзуру, Морорап), каждый из которых должен иметь адмиралтейство и порт с приписанными кораблями. Правда,, поначалу лишь три первых из них имели оборудование, позволявшее обеспечивать корабельную службу, и весь флот был временно разделён между ними.
Создание военно-морской базы в Майдзуру началось в 1897 г, а её адмиралтейство, оснащаемое мощными судостроительными средствами, оборудовалось в удобной бухте Амарубе. Планировалось соорудить три сухих дока.
Порту Майдзуру в конце XIX века придавалось большое стратегическое значение, как расположенному на берегу Японского моря, достаточно близко от Владивостока. На строительство его береговых батарей выделялись значительные суммы с той целью, чтобы ко времени завершения судостроительной программы 1895 г. (к 1902 г.) Майдзуру оказался готов принять предназначенные для него корабли.
Порт Морорап на о. Хоккайдо, первоначально планировавшийся для организации одной из баз флота, позднее развиваться не стал. Вместо него правительство предполагало использовать бухту Омииато (Ominato) в северной части залива Аомори. В 1889 г. началась интенсивная постройка батареи для обороны Токийского залива. Позднее начались работы для защиты проливов Симопосеки, Изуми и Нарут, ведущих во внутреннее Японское море. Стали возводиться укрепления на о. Цусима и при входе в порт Йокосука.
Страна, создававшая флот и формировавшая собственную судостроительную промышленность, не забывала о защите своих берегов.
Морские школы и инструкторы
В 1855 г. в Нагасаки основали первую морскую школу, куда зачислили 38 самураев. К тому времени в княжестве Садзума (Satsuma, Сацума) построили парусник «Шохи-мару» («Sholiei-maru»), на котором и стали учиться курсанты.
В 1857 г. правительство открыло в Токио второе морское учебное заведение. В феврале 1859 г. школу в Нагасаки закрыли. Просуществовав недолго, она сумела выполнить свою задачу и подготовить хороших моряков.
В 1873 г. в Токио по английской образовательной и воспитательной системе основали морское училище. В практические плавания воспитанники ходили на учебных корветах. С 1880 по 1890 гг. японское правительство продолжало активно пользоваться услугами разных британских морских офицеров, состоявших на службе в должностях советников. Одним из них был капитан 1 ранга Джои Инглез.