Ватикан долго не мог примириться с тем, что книжные сокровища Палеологов куда-то от него ускользнули, и через разведчиков делал попытки их разыскать и вернуть.
Такое задание получили, например, как свидетельствуют найденные в архиве Ватикана документы, приезжие в 1601 году в Москву Лев Сапега и специально с этой целью включенный в состав делегации иезуит Петр Аркудий.
16 марта 1601 года он писал из Можайска кардиналу Сан-Джорджо о греческой библиотеке, относительно которой некоторые ученые люди подозревают, что она находится в Москве. «При всем нашем великом старании, а также с помощью авторитета господина канцлера не было никакой возможности узнать, что она находилась когда-нибудь здесь».
Одним из таких разведчиков был, по мнению Стеллецкого, и получивший образование в Италии просвещенный грек Паисий Лигарид, посланный Ватиканом в Москву, где он упорно добивался допуска в царское книгохранилище.
И, видимо, усилия этих разведчиков не были напрасными. Иначе каким образом могла бы попасть в руки польского короля Владислава принадлежавшая Ивану Грозному древнейшая жалованная грамота византийского императора Константина папе Сильвестру? Поднося ее через своего посла Оссолинского Римскому папе, польский король, конечно, не знал, что она была всего только очень древним и очень искусно сделанным списком с подлинной грамоты. Но этот список мог, по убеждению Стеллецкого, попасть к Ивану Грозному лишь от его бабки Софьи Палеолог.
В своих далеко не всегда обоснованных выводах Стеллецкий шел дальше всех историков и археологов, исследовавших вопрос о происхождении библиотеки Ивана Грозного. Теория археолого-энтузиаста выглядела очень стройной, но при внимательной проверке обнаруживались существенные пробелы. Доказательства часто притягивались искусственно или подменялись домыслами.
Чтобы подтвердить тот факт, что книжные сокровища вывезены из Византии, Стеллецкий приводил цитату из сочинений современника Максима Грека — князя Курбского, слышавшего от учившегося в Италии греческого книголюба, что император Константин перед падением Византии «царицу свою со всей казной, с газофи-лакцией книжной (то есть библиотекой) выпустил на Белое море в кораблях до Родоса и до Венеции…» Там же было сказано, что последний патриарх бежал от турок «до Венеции и с собою всю газофилакцию (либра-рию, или книгохранительницу церковную) изнесе…»
Кто же вывез все-таки библиотеку: жена императора Константина, последний патриарх или деспот Фома Палеолог со своей дочерью Софьей? На эти вопросы Стеллецкий не смог дать ясного ответа. Ничем не подтвердил он и факт перевозки книг Софьей Палеолог во время ее путешествия в Москву. Но это, видимо, его не очень смущало. Он был глубоко убежден, что все эти расхождения не имеют серьезного значения, так как многолетний спор будет решен заступом.
Момент для возобновления раскопок был, однако, совсем неподходящий.
Несмотря на то, что все цари из династии Романовых, начиная с Петра Первого, постоянно жили в Петербурге и московский дворец в Кремле обычно пустовал, проникнуть в его покои или древние кремлевские башни, а тем более в расположенные под ними подземные сооружения, было совсем нелегко. Приходилось подбираться к ним окольными путями, выискивать подходящий предлог. Такой предлог подвернулся Стеллец-кому только в 1909 году.
Еще будучи студентом, он вступил в члены московского археологического общества, исследовавшего памятники старины и заботившегося об их охране, и пытался с его помощью проникнуть в подземный мир Москвы. Одновременно он начал рыться в архивах, разыскивать в записях приказных дьяков сведения о забытых кладах, подземных палатах и ходах.