Створення державного прапора відбувалося в тісному взаємозв’язку зі створенням Б. Кьоне великого, середнього і малого гербів Російської імперії, герба дому Романових і геральдичною реформою російських територіальних гербів загалом (гербів губерній, волостей, повітів і міст). При цьому однією з основних ідей було те, що державні кольори, згідно з правилами геральдики, мали відповідати кольорам державного герба, подібно до того, як це було прийнято в Австрійській імперії та в Королівстві Пруссія, з геральдикою яких уродженець Берліна Б. Кьоне був добре знайомий і вважав їх зразком для наслідування.
Виходячи з того, що державний герб Російської імперії мав на золотому щиті чорного двоголового орла зі срібними коронами, скіпетром і державою, герольдмейстер вирішив, що гербовими кольорами Росії за правилами геральдики є чорний, золотий і срібний, а отже, кольори державного прапора мають бути чорно-жовто-білими.
11 липня 1858 року Алєксандр II затвердив порядок, у якому визначалося горизонтальне розташування кольорів: верхня смуга — чорна, середня — жовта (або золота), нижня — біла (або срібна).
В описі було сказано: “Перші шпальти відповідають чорному державному орлові у жовтому чи золотому полі, і кокарду з цих кольорів було засновано імператором Павлом I, тим часом як стяги й інші прикраси із цих кольорів використовували вже під час правління імператриці Анни Іоанівни. Нижня смуга біла чи срібна відповідає кокарді Петра Великого й імператриці Єкатєріни II, імператор Алєксандр I, після здобуття Парижа у 1814 році, з’єднав правильну гербову кокарду з давньою Пєтра Великого, що відповідає білому або срібному вершникові (св. Георгію) в Московському гербі”.
Таким чином, ішлося про гербові кольори, що їх використовували з нагоди урочистостей. Традиційного біло-синьо-червоного прапора на цивільних суднах це не скасовувало, його продовжували використовувати паралельно.
Проте в Іменному Височайшому указі Правлячому Сенату від 1 січня 1865 року про встановлення для всіх станів медалі “За приборкання польского заколоту 1863–1864 рр.” кольори її стрічки — чорний, жовтий і білий — були названі державними. Це дало змогу сучасникам, а також наступним дослідникам вважати, що 1858 року відбулося створення російського державного прапора, а затвердження “рисунка гербових кольорів” стало “утвердженням національних кольорів Росії”.
Надалі чорний, золотий і срібний — державні кольори — були використані під час створення територіальних гербів. До прикладу, з них складалася облямівка щита в гербі Бессарабської губернії, затвердженому в 1878 році.
Чорно-жовто-білі кольори державного прапора нерозривно пов’язані з епохою Алєксандра II, що закінчилася у 1881 році його загибеллю від кинутої йому під ноги бомби під час чергового замаху народовольців.
При цьому варто зазначити, що такий прапор, будучи офіційним, не мав підтримки в російського суспільства, оскільки він асоціювався з кольорами австрійського прапора. Тому національне поєднання чорно-жовто-білого кольорів воно не сприйняло.
Геральдичні дискусії
Чорно-жовто-білі прапори продовжували використовувати з нагоди урочистостей і після смерті Алєксандра II, наприклад, під час коронації його наступника Алєксандра III у 1883 році.
Проте напередодні коронації Алєксандра III 28 квітня 1883 року міністр внутрішніх справ оголосив указ імператора “Про прапори для прикраси будівель в урочистих випадках”, у якому зазначалося: “Щоб у тих урочистих випадках, коли буде визнано можливим дозволити прикрашання будівілень, використовували виключно російський прапор, що складається із трьох смуг: верхньої — білого, середньої — синього і нижньої — червоного кольорів...”
Однак офіційного статусу біло-синьо-червоний прапор набув тільки напередодні коронації Ніколая II, коли міністерство юстиції визначило, що національним має “остаточно вважатися біло-синьо-червоний колір і ніякий інший”.
У 90-х роках XIX століття фахівці з геральдики почали висловлювати різні думки про реформу національного прапора, у зв’язку з чим Ніколай II заснував 1896 року Особливу нараду під головуванням адмірала К. Посьєта для обговорення питання щодо російського національного прапора. “Нарада” одностайно дійшла висновку, що “прапор біло-синьо-червоний має повне право називатися російським або національним і кольори його: білий, синій і червоний називаються державними; а прапор чорно-оранжево-білий не має до того ні геральдичних, ні історичних підстав”.