Через Ягоду Леопольд был теснейшим образом связан с органами. Вот его собственное признание: «Я действительно причастен к делу Ягоды в том отношении и потому, что на протяжении нескольких лет я, не работавший в НКВД жил на дачах НКВД, получал продукты от соответствующих органов НКВД, часто ездил на машинах НКВД. Моя квартира ремонтировалась какой-то организацией НКВД, и органами НКВД старая была обменена на новую. Мебель из моей квартиры ремонтировали на мебельной фабрике НКВД По отношению ко мне проводилась линия… иждивенчества, услужливого и многостороннего… Я понимал, что это делается мне не по праву, а как родственнику Ягоды, как вообще близкому к нему человеку».
Авербах в своих показаниях не жалел нелицеприятных эпитетов в адрес Ягоды: и «гнуснейший», и «подлежащий ликвидации», и «местечковый комбинатор». Словом, бывший патрон получил по всем статьям. Но как ни старался Леопольд, он разделил участь Ягоды.
Вскоре после гибели мужа арестовали и жену. При этом описали имущество: рояль, письменный гарнитур и огромное количество книг — все это передали Бонч-Бруевичу. С дедушкой остался и внук Виктор. В 1942 году власти спохватились: оказывается, конфискованное имущество следовало сдать в Госфонд. Но было уже поздно — Бонч-Бруевич все снес в комиссионку.
Елена Бонч-Бруевич, как и многие другие, уповая на великодушие власть держащих, писала письма Ежову. В них она отмечала, что «всегда любила Ленина, росла рядом с ним». Елену откровенно возмущало, что ее «ставят на одну доску с такими чужими людьми, как Серебрякова, Эйдеман».
Отец тяжело переживал за дочь. Он старался как-то облегчить ее участь и написал следующее письмо самому Сталину.
«Дорогой Иосиф Виссарионович.
Обращаюсь к Вам с личной просьбой по крайне важному для меня делу и прошу Вашего совета и помощи.
У меня есть единственная дочь Елена Владимировна Бонч-Бруевич. Она по специальности доктор-хирург-травматолог. Успешно работает в Басманной больнице в Москве. Вся в медицине, в своей специальности, а все свободное время отдает изучению классиков марксизма и истории партии. Знает и то и другое порядочно. Сделала уже несколько небольших, но обративших на себя внимание специалистов научных работ в своей области. Она все время была партийка, сейчас ее исключили из партии из-за мужа.
Воспитанная в крепких традициях нашей партии как мной, так и ее покойной матерью В. М. Величкиной, она радовала меня своей постоянной активной партийной работой как вместе своей службы, так и не однажды будучи командированной партией в колхозы и пр. Все это выполняла она с величайшей охотой, энтузиазмом и радостью, что ей партия доверила эту работу. В ее семье стряслась беда: ее мужа Леопольда Авербаха арестовали. Я самым внимательным, образом расспросил мою дочь о ее жизни за последние десять лет и убедился, что для нее и этот арест и все то, что писала об Авербахе «Правда», было полной и совершенной неожиданностью. Никаких его литературных дел она действительно не знает, так как вся в медицине и литературой мало интересуется. Теперь ей предложено органами НКВД выехать из Москвы. Вот по этому поводу я и пишу Вам и прошу разрешить остаться ей в Москве, отдав ее мне на поруки. Она до сегодняшнего дня работает в больнице. Я самым внимательным образом буду наблюдать за всем ее поведением и образом мыслей, и верьте мне, дорогой Иосиф Виссарионович, что у меня не дрогнет рука привести в НКВД и дочь, и сына, и внука, — если они хоть бы одним словом будут настроены против партии и правительства. Самая суровая расправа, как я думаю, должна быть применена к каждому, кто только посмеет это сделать. Прошу Вас за мою дочь, — не только потому, что она моя дочь, — а потому, что наверное знаю, что она была, есть и всегда будет твердой и последовательной большевичкой. Эта высылка, конечно, крайне депрессивноморально на нее и сына ее действует, хотя она бодра духом и говорит, что все выполнит, что решит партия и правительство.
Личные мотивы не должны быть примешиваемы к общественным делам, но позволю себе сказать Вам, что для меня лично это большой удар: я нередко болею и очень одинок. У меня есть еще внук — ее сын 14 лет, который сейчас болен: лежит в постели после операции. Более, кроме жены, никого нет. Простите меня за это личное объяснение и обращение к Вам, но глубокое сознание, что дочь моя — верная дочь партии и правительства — это самое главное — и некоторые личные мотивы на склоне моих лет позволили мне впервые в жизни обратиться с такой личной просьбой к Вам, к которому я обращаюсь с таким же глубоким уважением и простотой, как привык долгое время ранее обращаться к Владимиру Ильичу.