По своей архитектуре дворец очень напоминал постройки Петербурга, сооружавшиеся до 1714 года, например, первое здание Сената, некогда существовавшее в крепости на Заячьем острове. Возведение этой довольно скромной на первый взгляд постройки Трезини имело особое значение. Ею было положено начало оформлению парадной части крепостного двора зданиями, решенными в формах ордерной барочной архитектуры, которые ранее не были свойственны сооружениям Шлиссельбурга. Помимо этого возведение дворца Петра I означало появление нового типа дворцовой постройки и, несомненно, оказало влияние на некоторые архитектурные сооружения Петербурга середины 1720-х годов.
В итоге работ 1722–1723 годов Д. Трезини создал на острове своеобразный архитектурный комплекс. Дома на площади были поставлены с таким расчетом, чтобы входивший в крепость, пройдя Воротную башню, сразу мог увидеть их. Существовавшие же на острове хозяйственные службы были скрыты за ними. В этом сказывалась, несомненно, рука опытного градостроителя.
В преобразовании облика крепости важную роль играла реконструкция Часовой башни, находившейся в юго-западном углу цитадели. Еще при Устинове эта башня получила новое двухъярусное завершение. Осмотревший ее в 1725 году камер-юнкер Берхгольц записал в своем дневнике, что «император нарочно для того и построил ее, чтобы иметь возможность разом обозревать крепость и окружающие ее места». Завершение, предложенное Трезини, строилось по традиционному принципу — ярусами, что позволяло создать постепенный переход от основания башни к шпилю. Композиция верха башни чрезвычайно напоминала Богоявленскую церковь в Кронштадте, колокольню Петропавловского собора и некоторые другие церкви, строившиеся в те же годы.
Установка почти 20-метрового шпиля требовала точного расчета работы на высоте были сложными и опасными. Ими руководил голландец «шпичного и столярного дела мастер» Герман фон Болес. Трудности при установке шпиля, вероятно, были большие, ибо даже не слишком щедрая Канцелярия от строений постановила дать вознаграждение плотнику Ивану Федулову с товарищами, которые «обретались в Шлютельбургской фортификации у подымания и постановления на каменную башню деревянной колокольни, за их смелую и верхнюю работу сверх оклада заработанных денег».
Новое завершение Часовой башни совершенно изменило силуэт крепости. Теперь уже издали был виден устремленный ввысь шпиль, господствующий над крепостью и над окружающим ее водным простором. Плывущим по Ладоге судам он служил своеобразным маяком — символом приближающейся столицы.
Главный архитектор Д. Трезини отдавал стройке на острове много сил и энергии. Он составлял ведомости и сметы расходов, выписывал мастеров и материалы, делал чертежи и записки к проектам, планировал будущие работы, заботился об инструменте и кирпиче. Трезини часто приезжал на стройку. В 1723 году он просил У. А. Синявина «наипаче первее исправить шлютенбургскую модель». В обсуждении модели, по которой должно было осуществляться строительство крепости, участвовал сам царь, «который изволил указать несколько штук (то есть деталей. — Авт.) приделать».
Реконструкция Шлиссельбурга затянулась надолго. 26 мая 1723 года «директор над строениями» У. А. Синявин «усмотрел в Шлютенбурхе, работы отправляются слабо». В дело вмешался царь. Из письма коменданта крепости полковника Бухгольца известно, что 28 мая Петр I «в присутствие свое в Шлютельбурхе изволил указать (Бухгольцу. — Авт.) именным его императорского величества изустным указом прислать к своему величеству о шлютельбурхских гарнизонных ветхостях и прочих нуждах мемориал». Через несколько месяцев, 14 августа 1724 года, в книге копий указов Военной коллегии было записано: «Шлютельбургская фортеция весьма обветшала и требует немалой починки, о которой ветхости в присутствии его императорского величества бывает немалый гнев».
Однако ремонтные работы задерживались в связи с нехваткой рабочих рук. Оживление в работе на острове началось в 1728 году. Ежемесячно Д. Трезини посылал рапорты о ходе работ генерал-аншефу над фортификациями» Б. X. Миниху. Он сообщал о ремонте стен и верха башен, о переделке завершения Колокольной башни, о закладке кирпичом бреши, о проломе стены для соединения канала с озером, о ремонте крытого хода по верху стены, об отделке «новопостроенных» казарм. Из всех этих работ были особенно важны надстройка пяти каменных башен и переделка крытого хода по верху стен. В результате всех усилий строительство, не прекращавшееся с начала века, успешно завершалось — крепость Шлиссельбург была приведена «в крепкое состояние».