30 мая 1706 г. — Петр I по преданию в день своего рождения лично произвел закладку каменной крепости на Заячьем острове.
30 мая 1712 г. — Закладка каменного Петропавловского собора. Его строительство под руководством Д. Трезини велось до 1732 года.
1718 г. — В Петропавловской крепости содержится обвиненный в измене цесаревич Алексей Петрович. С этого времени крепость стала главной политической тюрьмой России.
10 марта 1725 г. — Внутри строящегося Петропавловского собора во временной деревянной часовне установлен гроб с телом Петра I. Гроб был предан земле 29 мая 1731 года. С этого момента на протяжении двух столетий Петропавловский собор служил усыпальницей Царствующего Дома Романовых.
1730–1733 гг. — Строительство кавальера Анны Иоанновны.
1731–1733 гг. — На Нарышкином бастионе по проекту военного инженера Б. X. Миниха была устроена Флагшточная башня. На флагштоке крепился императорский вензель и поднимался крепостной флаг, а в праздничные дни и во время посещения крепости императором — царский штандарт. В башне хранились флаги и ключи от крепостных ворот.
1731–1858 гг. — Петропавловский собор имеет статус кафедрального храма столицы Российской империи.
1731–1740 гг. — Возведены Алексеевский и Иоанновский равелины.
1738 г. — Построен Иоанновский мост через Кронверкский пролив. Сегодня это старейший мост Санкт-Петербурга.
1752 г. — На Государевом, Головкином, Зотовом и Меншиковом бастионах сооружены каменные аппарели для подъема орудий и боеприпасов на крепостную стену.
1769 г. — На территории Алексеевского равелина устроена деревянная тюрьма. В 1797 году вместо нее возвели каменный «Секретный дом» с 20 одиночными камерами, ставший местом заточения наиболее опасных политических узников. В 1893 году тюрьма была снесена, на ее месте построено здание архивов Военного министерства.
1779–1780 гг. — Невский фасад крепости облицован гранитом.
1825–1826 гг. — В казематах Петропавловской крепости содержались в заключении участники восстания декабристов.
1870–1872 гг. — Построено здание тюрьмы Трубецкого бастиона — главной политической следственной тюрьмы царской России.
1896–1908 гг. — Строительство Великокняжеской усыпальницы, соединенной крытой галереей с Петропавловским собором.
Конец 1920-х — начало 1930-х гг. — В Иоанновском равелине размещались мастерские первой отечественной опытно-конструкторской организации по разработке ракетных двигателей — Газодинамической лаборатории. В 1973 году здесь была открыта экспозиция «Музей космонавтики и ракетной техники».
1938 г. — Построен Кронверкский мост — второй мост, соединяющий Заячий и Петроградский острова.
1998 г. — В Екатерининском приделе Петропавловского собора состоялось погребение останков императора Николая II, императрицы Александры Федоровны, великих княжон Ольги, Татьяны, Анастасии, лейб-медика и трех придворных служителей.
1999 г. — На Государевом бастионе установлены артиллерийские орудия XVIII–XX веков, воссозданы мостки «для прохода часовых».
2001 г. — На нижнем ярусе колокольни Петропавловского собора установлен новый фламандский карильон.
27 мая 2003 г. — На Государевом бастионе торжественно открыт памятный знак «Трехсотлетию Санкт-Петербурга». Открыта экспозиция «История Санкт-Петербурга. 1830–1918» в Комендантском доме.
28 сентября 2006 г. — В Петропавловском соборе перезахоронена супруга императора Александра III императрица Мария Федоровна (в девичестве принцесса датская Дагмар).
Декабрь 2008 г. — Открыта новая экспозиция в тюрьме Трубецкого бастиона
2009 г. — В Петропавловской крепости на время летнего туристического сезона введена церемония торжественного развода караула в Нарышкином бастионе.
Фортификация
Цитадель в форме шестиконечной звезды, повторяющей в плане очертания Заячьего острова, сооружалась по проекту, составленному при участии Петра I и французского инженера Ж.-Г. Ламбера. Шесть мощных бастионов (пятиугольных фортификационных сооружений) выдвинуты перед основным фронтом обороны крепости для ведения фронтального и фланкирующего огня. Пять из них названы именами сподвижников Петра Великого: А.Д. Меншикова, Г.И. Головкина, К.А. Нарышкина, Ю.Ю. Трубецкого и Н.М. Зотова. Юго-западный бастион в честь основателя Санкт-Петербурга назван Государевым. Часть бастионов усилена орильонами (закругленными выступами, позволяющими вести стрельбу вдоль фланка), под защитой которых располагались сквозные казематы — сортии, предназначенные для потайных вылазок. В толще стен Государева и Трубецкого бастионов были устроены тайные ходы для безопасного сообщения между казематами — потерны.