Бастионы соединены шестью куртинами — Васильевской, Екатерининской, Кронверкской, Невской, Никольской и Петровской. Первоначально деревоземляные, в 1710—1720-х годах они были перестроены в камне. Каждая куртина состоит из двух стен, высота которых 9—12 м. Внутренние стены куртин имеют толщину до 2 м. Толщина внешних стен варьируется от 3 до 8 м. В XVIII веке промежуток между стенами куртин отводился под двухъярусные казематы, которые были приспособлены под казармы крепостного гарнизона, склады, тюремные камеры. В конце XIX века казематы нижнего яруса пяти куртин были засыпаны. Сохранившиеся в Никольской куртине казематы представляют уникальный образец двухъярусных крепостных помещений.
Петропавловская крепость. Невские ворота и Невская пристань
Петропавловская крепость. Восточный фасад Петровских ворот
Оборонительную систему крепости с запада и востока замыкают наружные вспомогательные фортификационные постройки — Иоанновский и Алексеевский равелины. Два моста — Иоанновский и Кронверкский — соединяют Заячий остров с Петроградским островом. В крепость ведут пять ворот — Петровские, Иоанновские, Невские, Васильевские и Кронверкские. Старейшие из них Петровские ворота. Их наружный фасад оформлен в 1708 году по проекту архитектора Д. Трезини в стиле барокко. Фронтон ворот венчала двухметровая статуя апостола Петра, поэтому их стали называть Петровскими. В нишах помещены статуи, созданные французским скульптором Н. Пино: Благоразумие и Храбрость. Аттик декорирован резьбой, выполненной немецким мастером К. Оснером: барельефом «Низвержение Симона-волхва апостолом Петром» и горельефом с изображением благословляющего бога Саваофа. В 1720 году над аркой установлен герб Российского государства — двуглавый орел.
Идейный и композиционный центр историко-архитектурного ансамбля Петропавловской крепости — Петропавловский собор. Многоярусная колокольня собора с позолоченным шпилем, увенчанным крестом и флюгером в виде фигуры летящего ангела, — самое высокое архитектурное сооружение Санкт-Петербурга (122,5 м). Соборные часы-куранты настроены на исполнение мелодий «Коль славен наш Господь в Сионе» и «Боже, царя храни».
Рядом с Петропавловским собором расположено Комендантское кладбище — один из старейших некрополей Санкт-Петербурга, где покоится прах комендантов крепости, скончавшихся на своем посту. В течение XVIII — начала XX века на территории Петропавловской крепости строились здания разного назначения (Инженерный и Комендантский дома, здание гауптвахты, Ботный дом, Артиллерийский цейхгауз, здание архивов Военного министерства, Депо образцовых российских и иностранных мер и весов, Главное казначейство, Монетный двор, тюрьма Трубецкого бастиона, Церковный, Плац-майорский и Штаб-офицерский дома). Старейшее из них — так называемый кавальер Анны Иоанновны (1730–1733 гг.) — вспомогательное сооружение внутри Головкина бастиона, построенное для дополнительной защиты и организации самостоятельной обороны в случае проникновения противника в крепость. Одна из последних построек в крепости — Великокняжеская усыпальница (1896–1908 гг.).
Петропавловская крепость. Петропавловский собор
Петропавловская крепость. Фигура Ангела на шпиле Петропавловского собора
Петропавловская крепость. Великокняжеская усыпальница
Музеефикация крепости
Для посетителей крепость впервые была открыта в начале XIX века при императоре Александре I. В 1900-е годы в Петропавловском соборе проводились экскурсии по императорскому некрополю. В 1922 году музеефицирован Петропавловский собор. В 1924 году тюрьма Трубецкого бастиона превратилась в музей.
В 1954 году комплекс зданий Петропавловской крепости — Петропавловский собор, Великокняжеская усыпальница, Ботный дом, Трубецкой и Зотов бастионы — вошли в состав Государственного музея истории Ленинграда (Санкт-Петербурга). В 1960–1990 годы музею был передан ряд других зданий и сооружений, находящихся на территории Заячьего острова. В последнее десятилетие музеефикация комплекса Петропавловской крепости ведется наиболее интенсивно. Среди наиболее интересных проектов — реконструкция потерны Государева бастиона, подарок Королевства Нидерланды к 300-летию Санкт-Петербурга. Сегодня Петропавловская крепость, принимающая более 3 млн. посетителей в год, является неотъемлемой частью одного из крупнейших исторических музеев России.