К лету 1939 г. три германских прихода — в Берлине, Данциге и Эккертсдорфе — оставались верны митр. Евлогию, и надежды на изменение их позиции у властей уже не было. В своем письме в РКМ от 8 июля гестапо констатировало, что многолетние унификаторские усилия не привели к желаемому результату, и повторно предлагало выслать из страны архимандрита Иоанна, а затем и других евлогианских священников. Министерство в служебной записке от 25 июля вновь написало о нецелесообразности репрессивных мер. Оно не желало отказываться от своей долговременной стратегии и терять облик «покровителя православия». В конце концов по тактическим соображениям РКМ было вынуждено смириться с существованием в стране общины юрисдикции митр. Евлогия и пойти на компромисс[144].
После оккупации германскими войсками Чехии на ее территории была образована особая область управления — протекторат, с центром в Праге. Там проживал подчиненный митр. Евлогию епископ Сергий (Королев), которому подчинялись два прихода — в Праге и Брно. Между ним и архиепископом Серафимом и было заключено компромиссное соглашение от 3 ноября 1939 г. Согласно его тексту пять евлогианских общин в Германии и две в протекторате подчинялись викарному епископу митр. Евлогия и в тоже время входили в Карловацкую епархию: «Эти общины присоединяются к русской православной епархии епископа Берлинского и Германского, корпорации публичного права при соблюдении следующих условий: а) их самостоятельность и их собственная церковная жизнь сохраняются, б) их подчинение епископу Сергию продолжает существовать, в) юрисдикциональная связь епископа Сергия и подчиняющегося ему духовенства и церковных общин с митрополитом Евлогием остается неприкосновенной». Архиепископ Серафим получил широкие права надзора за жизнью евлогианских приходов, которыми он, однако, почти не пользовался[145]. Это соглашение сыграло в дальнейшем большую роль, фактически прекратив преследование евлогиан. По мере расширения нацистской агрессии количество евлогианских приходов в Германской епархии увеличилось с 5 до 13, и все они вошли в нее на основании соглашения от 3 ноября. Таким образом, нацистским ведомствам так и не удалось до конца сломить сопротивление духовенства и мирян Русского Западно-Европейского Экзархата юрисдикции Константинопольского Патриарха. Активное противостояние сравнительно небольшой группы (6000–7000 человек) и мощного репрессивного государства продолжалось более 4 лет — с середины 1935 по ноябрь 1938 г., и в конечном счете государству пришлось существенным образом уступить.
В 1938–1939 гг. в связи с расширением территории Третьего рейха чиновники РКМ приступили к реализации своей идеи распространения православной Германской епархии на все контролируемые Германией территории. В рамках этой политики сначала произошло присоединение к епархии православных общин в Австрии и протекторате. Два австрийских прихода РПЦЗ — в Вене и Пяхларне перешли под управление архиеп. Серафима согласно постановлению Архиерейского Синода от 31 марта 1938 г.[146]
Особая ситуация сложилась на бывшей польской территории, занятой Вермахтом в сентябре 1939 г. Судьба православных приходов на землях, включенных в состав Третьего рейха и отведенных под Генерал-губернаторство, оказалась различной. Первая группа общин — 14 русских и 1 украинская в конце 1939–1940 гг. добровольно вошла в состав Германской карловацкой епархии. Соответствующие ходатайства общеприходских собраний пересылались архиеп. Серафимом в РКМ, которое давало официальную санкцию на переход. В эту группу вошли общины: в Лодзи — 6200 прихожан, в Познани — 1000, в Плоцке — 1500, в Калише — в русской общине 1200 и в украинской 300, в Сосновицах — 1500, в Сувалках — 1200, в Станиславово —1000, в Александрове — 450, в Бромберге — 400, в Торне — 400, в Леслау, Грауденце, Готенхафене и Гренцхаузене вместе — чуть более 100. В 1941 г. в рамках Карловацкой епархии было создано еще 5 украинских общин — в Познани, Торне, Кутно, Лодзи и Сосновицах. Общее число верующих составляло около 15 000, но имело заметную тенденцию к росту[147].