В 1930-е гг. со стороны польского государства Православная Церковь подвергалась ожесточенным преследованиям, сотни храмов были уничтожены или закрыты. Поэтому архиепископ Серафим и направленный им в Лодзь викарный епископ Тегельский Василий (Павловский) много сделали для налаживания церковной жизни, помогали приходам в разрешении хозяйственных вопросов, защищали от произвола местных оккупационных властей. Так, в Сосновицах из двух русских церквей одна была закрыта поляками, а другая была взорвана в 1938 г. Уцелевший от разрушения храм Святых Веры, Надежды и Любови был возвращен православным немецкой администрацией, и архиеп. Серафим 27 октября 1939 г. переосвятил его. Активная миссионерская деятельность еп. Василия даже вызвала негативную реакцию нацистских ведомств. 13 сентября 1940 г. он был вызван на допрос в гестапо, а 29 сентября в РКМ поступил донос, что владыка вместе со священником П. Струк-Струковым крестил по православному обряду в Лодзи 100 поляков. Все крещеные получали от Русского комитета свидетельства, и русские священнослужители якобы «считали, что полякам, которые также являются славянами, необходимо помочь, и что скоро Польша объединится с Россией». Владыке пришлось писать объяснительную, в которой он указывал, что почти все из 56 человек, воссоединенных им с Православной Церковью, были русские, которые ранее под давлением польских властей перешли в католицизм[148]. В конце концов конфликт был урегулирован. В начале 1941 г. по ходатайству архиеп. Серафима РКМ выделило из своих средств дотацию в 20 000 марок на нужды вошедших в состав Карловацкой епархии бывших польских приходов, восстановление разрушенных православных церквей, помощь нуждающимся священникам и т. п.[149]
В сентябре 1940 г. бывшему главе автокефальной Польской Православной Церкви митрополиту Варшавскому Дионисию (Валединскому) удалось вернуться к церковному руководству. Он пользовался поддержкой некоторых германских ведомств, прежде всего генерал-губернатора Франка и МИД. Весной 1941 г. митрополит попытался восстановить свою власть над приходами, вошедшими в состав Германской епархии РПЦЗ. 18 марта группа церковных дел при правительстве генерал-губернатора написала в РКМ о необходимости практического осуществления юрисдикции митр. Дионисия над 15 общинами, территориально отошедшими к Германии, и запросила мнение министерства о том, каким образом это лучше сделать — через назначение викарного епископа или декана. Ответ РКМ от 29 марта гласил, что все предложенное не осуществимо, так как указанные общины уже перешли в юрисдикцию архиеп. Серафима и больше не подчиняются митр. Дионисию. Для подкрепления своего недостаточного авторитета чиновники министерства сослались на согласие с этим переходом рейхсфюрера СС Гиммлера. Следует отметить, что в марте 1941 г. в РКМ обратился ряд бывших польских православных общин (в Сосновицах, Лодзи и т. д.) с просьбой оставить их в составе епархии архиеп. Серафима. Первый отказ не остановил правительство генерал-губернатора, и 17 апреля оно повторно предложило пересмотреть этот вопрос, ссылаясь на канонические права митр. Дионисия. 13 мая 1941 г. и сам митрополит написал в РКМ, настаивая на том, что именно он должен управлять 15 отошедшими общинами. Но в конце концов министерству удалось отбиться от этих претензий, и 23 июня оно прислало в правительство генерал-губернатора окончательный отказ[150].
Архиепископ Серафим стремился оказать помощь и священникам-беженцам из бывших польских и румынских областей Украины, занятых советскими войсками. 6 декабря 1940 г. он известил Архиерейский Синод РПЦЗ, что таких православных священников скопилось в Германской епархии свыше 80 и их материальное положение крайне тяжело. Архиепископ просил устроить для них сбор пожертвований в Югославии и известить о ситуации патриарха Сербского. Глава Сербской Церкви откликнулся на просьбу и 21 декабря сообщил о своем желании оказать помощь и добиться разрешения на въезд в Югославию части священников. 8 мая 1941 г. архиеп. Серафим обратился в РКМ с ходатайством о срочной поддержке переселившихся из Буковины и бедствующих православных. Эта просьба также оказалась успешной, и согласно ответу министерства от 18 июля 1941 г. определенные пенсионные выплаты были выделены[151].
Для деятельности архиеп. Серафима было характерно и стремление всячески смягчить национальные конфликты, в частности пойти на определенный компромисс с оказавшимися на территории его епархии украинскими православными священниками и мирянами. Этому мешали различные обстоятельства, в том числе Постановление карловацкого Архиерейского Собора 1938 г. о введении обязательного поминовения российского царствующего дома во всех храмах РПЦЗ. Эта, по сути, политическая акция, несомненно, являлась ошибкой. В письме митр. Анастасию от 9 января 1939 г. архиеп. Серафим с горечью сообщал: «Постановление Архиерейского Собора оттолкнуло от нас прежде всего всех украинцев, включая приверженцев бывшего гетмана П. Скоропадского, который раньше посещал наш Берлинский кафедральный собор, а теперь отошел от нас… Переговоры, которые я вел с украинцами, готовыми признать меня, пришлось прекратить, так как они не согласны поминать российский царственный дом. Все богослужебные постановления последнего Архиерейского Собора осуществлены в наших церквах в Германии, поэтому наша епархия в Германии фактически русская православная епархия»[152]. Особенно остро эта проблема встала в конце 1939 г., после присоединения приходов бывшей Польской Православной Церкви. В дальнейшем обязательное поминовение дома Романовых было отменено, и, как ярко показало епархиальное собрание в январе 1942 г., удалось найти действенный компромисс с украинскими общинами.