Вселенский Патриарх был не единственным, кого волновала судьба православных на прежней польской территории. Прежде всего, этот вопрос беспокоил священнослужителей и мирян РПЦЗ. Еще в середине октября профессор Кенингсбергского университета Н. Арсеньев обратился к Берлинскому архиепископу Серафиму с просьбой передать его письмо в Министерство церковных дел. Арсеньев просил помочь переехать в Варшаву тем православным, оказавшимся на территории, занятой советской армией, которым, по его мнению, грозила смерть: епископу Острожскому Симону, семье графа Хрептович-Бутенева, мужу и жене Волк-Карачевым. Кроме того, профессор предлагал образовать специальный комитет из священнослужителей и мирян под председательством архиеп. Серафима для оказания помощи православным беженцам и восстановления церковной жизни в занятой вермахтом части Польши. В этот комитет должны были войти митр. Дионисий, еп. Симон, протопресвитер Терентий Теодорович, протоиерей Д. Сайкович и др. Архиеп. Серафим в сопроводительном письме в РКМ от 27 октября 1939 г. полностью поддержал предложения профессора Арсеньева и в свою очередь попросил в случае согласия министерства ввести его в состав комитета, а также члена архиерейского совета Германской епархии Н. Фабрициуса, так как оба хорошо знали Польшу. Оба предложения Арсеньева были отвергнуты ввиду негативной позиции МИД, 28 декабря сообщившего о ней в РКМ[171].
Сильно обеспокоен положением православного населения Польши был и Синод РПЦЗ. Вопрос помощи православным там явился первой проблемой, вставшей в связи с началом Второй мировой войны. Прошел слух, что все епископы Польской Церкви во главе с митр. Дионисием в начале сентября находились на Волыни, в Почаевской лавре, и затем оказались на советской территории. Поэтому архиеп. Серафиму было поручено ознакомиться с положением Польской Церкви и оказать помощь ее иерархии, если она сохранилась, или в противном случае принять на себя попечение о верующих, оказавшихся без епископов[172].
Таким образом, архиеп. Серафим действовал не по своей инициативе. 10 ноября 1939 г. он приехал в Варшаву и застал там из архиереев только митр. Дионисия, с которым удалось встретиться и обсудить ситуацию. Варшавский митрополит оказался в трудном положении. У него и до войны была сильная оппозиция, с одной стороны, русских, недовольных его колонизаторской политикой, а другой — украинцев, считавших, что он им недостаточно помогает. Теперь эти противники обрушились с двух сторон и апеллировали к германским властям. Кроме того, митр. Дионисий и так находился под арестом гестапо. В этих условиях, по утверждению правителя дел Синодальной канцелярии РПЦЗ Г. Граббе, Варшавский митрополит сам вызывал архиеп. Серафима, чтобы тот ему помог[173].
В конце концов митр. Дионисий был вынужден отказаться от церковного управления и передать его архиеп. Серафиму (в пределах досягаемости митрополита в то время не было ни одного другого православного епископа). 23 ноября 1939 г. митр. Дионисий отправил в Берлин следующее письмо: «Прекращение существования независимого Польского государства, с существованием которого было связано существование независимой Автокефальной Православной Церкви в Польше, лишает эту Церковь возможности дальнейшего автокефального существования. Новый государственный порядок, установленный на бывшей польской территории, ныне включенной в область германских государственных интересов, вызывает необходимость соединения б. Автокефальной Православной Церкви в Польше с церковной организацией, представленной Вашим Высокопреосвященством. В связи с этим прошу Ваше Высокопреосвящество в возможно кратчайший срок прибыть в Варшаву… я сообщаю Вам, что со дня вступления Вашего в управление я отказываюсь от дальнейшего управления названной Церковью»[174]. Фраза о необходимости прекращения существования автокефальной Польской Церкви, видимо, была внесена в письмо под влиянием предварительной беседы с архиеп. Серафимом, который, как и другие архиереи РПЦЗ, не признавал законности этой автокефалии.
Трудно судить о степени добровольности указанного письма. По крайней мере в вопросе отказа митр. Дионисия от церковного управления, по всей видимости, без давления гестапо не обошлось. Вскоре митрополит был на несколько месяцев посажен под домашний арест на своей вилле в Отвоцке. С согласия Синода РПЦЗ архиеп. Серафим временно переехал в Варшаву. Он сразу же оказал большую практическую помощь целому ряду православных приходов, уже в конце ноября основал в Варшаве братство имени Св. князя Владимира во главе с прот. Д. Сайковичем. Но официальное вступление архиеп. Серафима в должность главы церковного управления затянулось. Свой отпечаток наложила упорная борьба нескольких германских ведомств, занимавших принципиально различные позиции. Определенную роль сыграло и межведомственное соперничество, широко распространенное в Третьем рейхе.