Особенно активно использовались при написании монографии выходившие на занятых восточных территориях газеты многие номера которых сохранились в российских и германских архивах, а также периодические издания РПЦЗ военных лет. По-своему уникальными из них являются два — «Православная Русь», до лета 1944 г. издававшаяся в Словакии, и «Постановления и распоряжения Высокопреосвященнейшего Серафима, митрополита Берлинского и Германского и Средне-Европейского митрополичьего округа», в 1942–1944 гг. выходившие в Берлине. Они содержат разнообразную информацию о русской церковной жизни как в Советском Союзе, так и на территории Третьего рейха и даже публикуют подборки соответствующих документов, свидетельства очевидцев событий, письма священнослужителей и мирян. Менее информативны, но также небезынтересны журнал Синода РПЦЗ «Церковная жизнь», выходивший в Белграде, и «Бюллетень представительства архиепископа Берлинского и Германского для русских православных эмигрантских приходов в королевстве Венгрия», издававшийся в г. Уйвидеке (Нови-Сад).
Основной же источниковой базой монографии были материалы архивов России, Германии, Венгрии и США. В общей сложности работа по выявлению и изучению неопубликованных источников проводилась в 16 архивохранилищах. По характеру документов их можно условно разделить на три основные группы.
К первой относятся архивы, которые содержат фонды, принадлежащие Третьему рейху. Из них наибольшее количество материалов по избранной теме хранится в Бундесархиве в Берлине (Bundesarchiv). Фонд Рейхсминистерства занятых восточных территорий (Reichsministerium fur die besetzten Ostgebiete, сокращенно PMO) содержит важнейшие акты, разработанные в этом ведомстве и определившие церковную политику гражданской администрации на занятой германскими войсками территории СССР.
Основная их часть, как и сообщения с мест представителей ведомства А. Розенберга, хранится в 3 делах, имеющих единое название «Религиозная свобода на занятых восточных территориях и церковная политика РМО и рейхскомиссаров 1941–1944» (R6/177, 178, 179). Большой интерес представляет также дело, содержащее переписку А. Розенберга с шефом Имперской канцелярии Ламмерсом 1940–1944 гг. (R6/22) и дело «Критические отзывы и жалобы рейхсминистра Розенберга фюреру и рейхсканцлеру 1941–1943» (R6/18). Они позволяют проследить, как шла разработка закона о религиозной свободе на занятых восточных территориях, какая острая борьба различных ведомств велась по поводу этого указа, который в итоге так и не был принят. Дело «Создание самоуправления на занятых восточных территориях и участие местных жителей в управлении 1942–1944» (R6/281) содержит много ценных сведений о положении религиозных организаций в рейхскомиссариате «Украина» и попытках германских властей использовать в своих целях Украинскую автокефальную Православную Церковь.
В фонде Главного управления имперской безопасности имеется богатейшая информация о положении Русской Церкви на оккупированной территории СССР в трех группах сообщений представителей этого ведомства за 22 июня 1941–21 мая 1943 гг. (R58/60, 214–225, 697–699). К сожалению, более поздние сообщения за июнь 1943 — май 1945 гг. обнаружить пока не удалось. Указанный источник содержит не только информационные сводки, но и заявления православных священнослужителей в германские органы власти, порой копии важнейших церковных документов, например акта объединения Украинских автокефальной и автономной Церквей от 8 октября 1942 г. Следует отметить также протокол беседы Гитлера с Розенбергом и рейхскомиссаром Э. Кохом о германской политике на Украине от 19 мая 1943 г. (R58/1005), докладные записки о «русском вопросе» 1942 г., Украине 1940 г. (R58/13, 37) и документы об особом обращении с восточными рабочими (R58/243).
Фонд Министерства церковных дел содержит прежде всего материалы о положении приходов Русской Церкви на территории Германии, однако с информативной целью министерство также получало различные сообщения и докладные записки о ситуации на занятых восточных территориях. Они отложились главным образом в деле «Православная Церковь в новых рейхскомиссариатах Востока 1941–1945» (R5101/22 183). Это дело заканчивается важным документом от 29 января 1945 г., в котором говорится об указаниях, данных рейхслейтером М. Борманом германским средствам пропаганды в связи с избранием нового Московского патриарха. Интересны и материалы о попытках создания Православного Богословского института в Бреслау или Берлине в деле «Православная Церковь за границей, 1936–1939» (R5101/23 173) или о религиозной ситуации на оккупированной территории Польши и Западной Белоруссии, 1939–1941 гг. (R5101/22 181).