К 1 октября 1999 г. сильно потрепанные, но не уничтоженные силы боевиков в основном покинули территорию Дагестана, а на административных границах Чечни сконцентрировались российские войска численностью около 60 тысяч человек. Передовые отряды вошли в пределы Чечни и заняли господствующие высоты вдоль границы. Чеченское руководство, явно паразитировавшее на безволии и бесхребетности российской власти, забеспокоилось всерьез. Оно объявило всеобщую мобилизацию, рассчитывая собрать не менее 50 тысяч бойцов, но многие чеченцы охотнее уезжали из республики, нежели шли на призывные пункты. Среди боевиков возникла растерянность, они осознали, что перешли все границы и тем самым вызвали гневную реакцию всей России. Российские власти отвергали все предложения о начале переговоров. А. Масхадов попытался подать на Россию в Гаагский трибунал жалобу, но получил отказ. В Европе перестали давать шенгенские визы известным чеченским политикам, пытавшимся путешествовать по старым российским паспортам. В такой обстановке началось продвижение российских войск в глубь Чечни в первых числах октября.
За первую неделю был установлен контроль над тремя районами - Шелковским, Наурским и Надтеречным, которые расположены на левом берегу Терека, но ни политическое руководство, ни военное командование не допускали мысли о том, что контртеррористическая операция на этом закончится. Трудностей, как политических, так и чисто военных, хватало. Хоть и не с прежней энергией и эффективностью, но все-таки затарахтела машина "правозащитников". Застиранные до дыр фигуры типа Юшенкова, С. Ковалева, В. Новодворской снова заговорили о необходимости соблюдения Конституции при проведении операций. Лидеры Запада остались верны своему правилу - продолжать "холодную войну" против России. Теперь французский президент Ширак и германский канцлер Шредер собирались устроить головомойку Б. Ельцину, но еще не в полной мере понимали, что ответственность за действия в Чечне взял на себя полностью премьер-министр В. Путин, который к этому времени получил согласие президента на руководство силовыми министрами, председательствовал на заседаниях Совета безопасности, наращивая свои властные полномочия.
Конечно, доведенные до крайности разорения Российские вооруженные силы не обладали тем ударным потенциалом, который бы обеспечат быстрый разгром боевиков. Армия была оснащена устаревшим оружием, бронетехникой, которые стояли на вооружении в 60-70-х годах, остро не хватаю боевых и транспортных вертолетов, отжили свой век средства связи и управления войсками. Приближались зимние холода, а у армии не было в достаточном количестве тыловых служб, чтобы обеспечить бесперебойное снабжение. Впервые после Великой Отечественной войны население, общественные и религиозные организации начали добровольный сбор теплых вещей, продовольствия, табачных изделий для воюющих частей. Это был добрый знак возрождающегося уважения и доверия к армии после почти пятнадцати лет ее непрерывного поношения в прессе и на политических тусовках.
После печального опыта первой чеченской войны армия теперь не пыталась решать боевые задачи методом рейдов-наскоков, шло планомерное накапливание сил и средств, и наступление подчинялось более осмысленным планам. С середины октября начался второй этап, включавший в себя освобождение предгорной части республики и города Грозный. Если в первую войну у федеральной власти не было даже численного перевеса над боевиками и ставка делалась на огневую мощь и бронетехнику, то теперь российские войска превосходили по численности боевиков в 5-7 раз. Западная группировка войск, наступавшая из района Моздока, и Восточная, выдвигавшаяся из Дагестана и Ставрополья, применили новую тактику: они шли не по дорогам, где их ожидали минные заграждения, а по верхним водоразделам Терского и Сунженского хребтов. В окруженных населенных пунктах не было боев, а проводились зачистки. К 8 декабря город Грозный полностью блокировали, и началась осада, длившаяся два месяца. Федеральные войска, избегая больших потерь, строго придерживались правила: сначала подавить огнем узлы сопротивления боевиков и только потом продвигаться. Такая тактика, естественно, приводила к большим разрушениям в городе, обрекала население на колоссальные трудности и лишения, но сберегала жизни российских солдат и офицеров.
В то время как в отрезанном Грозном агонизировали боевики, основная группировка российских войск приступила к третьей - последней - фазе операции - подавлению боевиков в горных районах Чечни.
Шансов на победу, как в первой войне, у боевиков не оставалось. Российские десантники вскоре взяли под контроль основные ущелья, в первую очередь Аргунское, по которым чеченские сепаратисты поддерживали связь с Грузией. Вскоре сформированный Итум-Калинский пограничный отряд наладил охрану государственной российско-грузинской границы на чеченском участке, и последние надежды боевиков на получение подкреплений из-за рубежа испарились. Война в принципе была закончена с ликвидацией последних крупных воинских формирований боевиков, хотя сама антитеррористическая операция тянется в Чечне до сих пор и будет длиться еще долгие годы. По опыту послевоенных лет мы знаем, как живучи корни бандитского движения. После 1945 года советской власти пришлось потратить почти десять лет на ликвидацию всех очагов диверсионно-террористической деятельности националистического подполья в Западной Украине и Прибалтике. При этом тогдашняя власть располагала эффективными и хорошо оснащенными спецслужбами, могла привлечь к проведению операций войсковые части армии, только что победившей германский вермахт, пользовалась поддержкой большей части населения. В нынешней Чечне условия куда труднее, но если не ослабнет политическая воля российского руководства, то окончательная победа над коварным и опасным врагом целостности Российского государства будет обеспечена. Чеченский террор, как и действия ирландских и баскских террористов, не могут принести людям ничего, кроме крови, жертв и страданий, но террор всегда был и останется олицетворением бессилия и отчаяния.
Дорогой ценой заплатила Россия за ельцинское военно-политическое плутание в чеченских джунглях. Более 350 тысяч русских были вынуждены бежать из республики, где они родились и выросли. Те, кто остался и не смог уехать, в большинстве своем заплатили за это жизнью. Только после Хасавюртского соглашения и до начала второй чеченской войны по данным Министерства по делам национальностей, в республике погибли 21 тысяча русских. У русских отобрано более 100 тысяч домов и квартир, отнят весь домашний скот. Пятьдесят тысяч человек обращены в рабство, почти половина из них использовались в качестве рабочей силы на строительстве шоссейной дороги через ущелья в Грузию. Все православные храмы в Чечне были разрушены, а священнослужители похищены и убиты боевиками. Бандиты не жалели и своих соплеменников, замеченных в лояльности по отношению к России. Более пяти тысяч чеченцев были убиты по подозрению в симпатиях к русским. Автоматная очередь представлялась самой "гуманной" формой казни. Большинство же зарезаны самым зверским образом, а некоторые свидетели показывали, что на их глазах боевики бросали в негашеную известь свои жертвы, отпиливали им головы ручной пилой, пробивали черепа молотками и т. д. В дудаевско-масхадовской Чечне был создан режим, у которого есть только один предшественник - кровавая диктатура Пол Пота в Камбодже.
В разгар военных действий состоялись очередные выборы в Государственную думу, в результате которых коммунисты получили 24,4% голосов, на втором месте оказалось "Единство" с 23,7%, на третьем "Отечество - вся Россия" - 12%, далее следовали "Союз правых сил" - около 9%, блок Жириновского получил чуть больше 6% голосов и столько же "ЯБЛОКО". Такой итог означал, что правительство В. Путина имеет вотум доверия от избирателей. Эти выборы в очередной раз продемонстрировали уязвимость наших граждан перед лицом хорошо срежиссированных пиаровских акций. Блок "Единство", который вообще ранее не принимал участия в выборах, создавался на ходу, кандидаты которого известны в очень узких кругах, одержал убедительную победу только благодаря финансовой и пропагандистской поддержке со стороны власти. В Государственной думе вообще значительно укрепились позиции буржуазных партий за счет ослабления левопатриотических сил.