Конец 1899 года был омрачен скорбью. В ночь на 24 ноября загорелась Предтеченская церковь Общества на Выборгской стороне. Огонь остановить не удалось, и храм сгорел до основания. По решению Совета Общества под временный храм был приспособлен соседний барак вместимостью 1000 человек. Довольно быстро удалось собрать необходимую церковную утварь, иконы и уже 23 декабря было совершено освящение временной церкви. В дальнейшем на месте пожарища Общество планировало воздвигнуть новый каменный храм.
Новый 1900 год принес отцу Философу новые назначения, что нашло отражение в послужном списке: «Состоял членом: 1) Комиссии по вопросу о надлежащей постановке преподавания Закона Божия в средних учебных заведениях Министерства Народного Просвещения; 2) Комиссии по вопросу об открытии прихода при Сергиевской церкви на Новосивковской улице и точном определении границ приходов Екатерининского, Гутуевского, Спасо-Преображенского и Ульяновского; 3) Председателем Комиссии по постройке приходского храма в Лесном и определения границ сего прихода и 4) Комиссии по открытию прихода при Покровском братском храме и определению границ его прихода» (48).
Главным подвигом отца Философа в 1900 году явилось возведение храма во имя преподобного Сергия Радонежского на Новосивковской улице, 20 (ныне улица Ивана Черных). Это была густонаселенная промышленная окраина у Нарвской заставы столицы, где в ту пору не было ни одного храма Божия. По благословению владыки Антония был создан строительный комитет, который возглавил протоиерей Философ Николаевич Орнатский (49). В короткий срок он сумел создать и сплотить приход строящейся церкви, решить все вопросы, касающиеся проектирования и строительства. 8 июня 1900 года епископ Гдовский Вениамин с участием отца Философа совершил освящение и закладку нового храма, который строился на добровольные пожертвования прихожан при участии многих других благотворителей. В книге для записи пожертвований на храм о. Иоанн Кронштадтский написал: «Господь, богатый милостью, Глава Церкве Своея, да благословит новое храмоздательство и доведет спешно дело до конца». Всем миром храм был снабжен утварью и иконами, благоукрашен, и уже 19 ноября епископом Нарвским Никоном был освящен его главный престол, а 29 декабря – престол придела в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Великолепный деревянный храм в русском стиле на 2000 человек был возведен всего за шесть с половиной месяцев.
Год 1901-й… Вновь спешит неутомимый служитель Христов сделать как можно больше дел во славу Божию и на пользу ближним. Прежде всего, с января 1901 года при непосредственном участии отца Философа было начато издание ежемесячного иллюстрированного журнала Александро-Невского общества трезвости «Отдых христианина» с приложением к нему под названием «Трезвая жизнь». Объем этого душеполезного издания составлял 160 страниц убористого текста. Как и во многих других случаях, благословение новому литературному начинанию преподал о. Иоанн Кронштадтский. На одной из первых книжек журнала он написал: «Иди в мир, прекрасная назидательная книга, творение братских христианских сердец, благожелательных душ, и приноси живые плоды веры и добродетели. 10 февраля 1901 г.» (50).
Цензором новых духовных журналов был назначен протоиерей Философ Орнатский (51). Это послушание он исполнял вплоть до 1918 года.
Следующим большим делом о. Философа Орнатского в 1901 году было построение церкви во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла в Лесном. Лесное в ту пору было живописным пригородом Петербурга, куда на лето, как в дачное место, выезжали многие горожане. Там же находился целый ряд детских оздоровительных учреждений от столичных благотворительных обществ и братств. Для множества верующих людей построение храма в этой местности было насущной необходимостью.
В конце 1900 года был образован строительный комитет, главой которого вновь был избран о. Философ Орнатский (52). Автором проекта храма в древнерусском стиле на 1000 человек был Иван Тимофеевич Соколов, с которым отцу Философу предстояло в ближайшие годы построить в Петербурге и его окрестностях еще пять церквей.
Работы начались ранней весной 1901 года. Уже к 25 марта была освящена деревянная часовня, построенная на берегу Круглого пруда. Затем был возведен всего за два с половиной месяца прекрасный деревянный храм. 17 июня 1901 года, практически к началу оздоровительного сезона, он был освящен епископом Нарвским Никоном.