Но вот и еще более зловещие знамения времени: в современном поколении слышатся хулы на Самого Духа Святаго! Народ русский, зачатый православною верою, ею выращен в великий и могучий народ, ею стоит и мужает. И мы еще не дожили до открытого безбожия, до того, чтобы оно проповедывалось публично, как это делается уже в странах, опередивших нас на пути к великой скорби последних дней мира. Но в последнее время в разных местах и нашей Родины обнаруживаются и поднимают голову еретические учения, сродные открытому безбожию. Они проповедуются или от имени поверхностной науки, или противопоставляются недостаткам нашего человеческого исповедования веры. Эти учения находят чаще безмолвных, но нередко и громко заявляющих о них сторонников, и не только среди людей образованных, но – что особенно горько и страшно – и среди простецов.
Это – грозные явления нашей жизни, наиболее зловещие. Разъедающий рационализм, открыто изгоняющий веру из жизни, особенно когда он распространяется среди простецов, опасен не только в религиозном отношении: он несет свои отрицания и в сферу семейной жизни, подтачивает наш государственный организм, подрывает авторитет власти. Секты не должны быть оставляемы без внимания не только пастырями Церкви, но и правителями, и всеми благоразумными людьми. Это – ереси из разряда тех, которые подготовляют наступление великих и страшных дней, когда восстанет сын на отца, брат на брата…»
Эти слова были сказаны отцом Философом в Казанском соборе в день Собора Архистратига Божия Михаила и прочих Небесных
Сил безплотных, 8 (21) ноября, в присутствии Государя Императора Александра III и членов Августейшей Фамилии еще в 1891 году. Многое сделал отец Философ и для духовного становления будущих пастырей Русской Православной Церкви. По благословению архиепископа Финляндского и Выборгского, первого викария Санкт-Петербургской епархии Антония (Вадковского) и о. Иоанна Кронштадтского отец Философ начинает активно привлекать к живой проповеди высоких истин православной веры студентов Санкт-Петербургской Духовной академии. В списке студентов-проповедников, подвизавшихся в Обществе в 1894 году, знакомые многим православным имена – Василий Павлович Казанский (впоследствии – митрополит, священномученик), Иван Александрович Кочуров (впоследствии – протоиерей, священномученик), Николай Кириллович Чуков и Сергей Алексеевич Тихомиров (впоследствии – митрополиты), Василий Дмитриевич Быстров (впоследствии – архиепископ). Несколько ранее в Обществе подвизались студенты-проповедники Василий Иванович Беллавин и Иван Николаевич Страгородский, впоследствии Святейшие Патриархи Всероссийские Тихон и Сергий, которые несли крест патриаршего служения в годы открытых гонений на Русскую Православную Церковь. Для многих будущих святителей и выдающихся церковных деятелей двадцатого столетия отец Философ был первым духовным наставником и живым образом пастыря, не щадящего сил своих в подвиге сеяния Слова Божия, всецело пребывающего в любви к меньшей братии…
Выдающиеся пастырские и педагогические способности отца Философа определили еще одно его поприще – в январе 1894 года он избирается членом городской Комиссии по народному образованию и председателем аналогичной комиссии по Нарвской части Санкт-Петербурга (26).
Как было указано ранее, в Нарвской части столицы, где располагались многие крупные предприятия и проживало много рабочих, нуждавшихся в духовном окормлении, желавших духовного совета и душеполезного слова, было всего два крупных приходских храма. Понимая насущную необходимость создания духовного центра Общества в Нарвской части, отец Философ выносит этот вопрос на заседание Городской Думы. Официальный текст с изложением этого вопроса гласит: «По ходатайству Председателя Общества распространения религиозно-нравственного просвещения священника Ф.Н. Орнатского в заседании от 20 мая 1894 года Санкт-Петербургская Городская Дума согласилась предоставить Обществу 1000 квадратных сажен[9] городской земли, состоящей в 1 участке Нарвской части Санкт-Петербурга по набережной Обводного канала, 116, для построения на сем месте каменной церкви на 5000 человек, зала при ней для ведения духовных бесед и безплатной библиотеки с читальным залом при оной. К этому участку по ходатайству о. Иоанна Кронштадтского пред Министром Путей Сообщения г. Кривошеиным также безвозмездно присоединен смежный участок из земель железной дороги под постройку церковного дома».