На востоке, между разбросанных плоскогорий Анатолийской возвышенности, правила в эти смутные времена уникальная личность по имени Данишменд Мудрый. В отличие от прочих турецких эмиров, почти поголовно неграмотных, этот авантюрист неизвестного происхождения был сведущ в большинстве отраслей знания. Ему вскоре предстояло превратиться в героя знаменитого эпоса под соответствующим названием «Подвиги царя Данишменда», где повествовалось о завоевании Мелетии, армянского города к юго-востоку от Анкары. Авторы этого сочинения считали падение города поворотным пунктом в исламизации того, что впоследствии стало Турцией. В первые месяцы 1097 года сражение у стен Мелетии уже разворачивалось, когда Кылыч-Арслан узнал о новой франкской экспедиции, прибывшей в Константинополь. Данишменд уже начал осаду Мелетии, и молодой султан испытывал раздражение при мысли, что его соперник, воспользовавшийся смертью его отца Сулеймана, чтобы оккупировать северо-восточную Анатолию, был близок к тому, чтобы записать на свой счёт столь престижную победу. Полный решимости воспрепятствовать этому, Кылыч-Арслан направился в Мелетию во главе своей кавалерии и разбил лагерь достаточно близко от Данишменда, дабы урезонить его пыл. Напряжение росло, и происходили всё более кровопролитные стычки.
К апрелю 1097 года Кылыч-Арслан был готов к решающей схватке, которая теперь казалась неизбежной. Большая часть его армии собралась перед стенами Мелетии, когда к шатру султана прибыл измождённый всадник. Он, с трудом переводя дух, сообщил известия: франки вернулись; они вновь переплыли Босфор, ещё в большем числе, чем в прошлом году. Кылыч-Арслан оставался спокоен. Не было причин так уж волноваться. Он уже показал франкам, что знает, как с ними справиться. В конце концов, только чтобы успокоить жителей Никеи — главным образом, свою жену, молодую султаншу, которая собиралась родить, — он послал несколько кавалерийских отрядов для усиления столичного гарнизона. Сам он собирался вернуться, как только покончит с Данишмендом.
Кылыч-Арслан вновь бросился всеми силами в Мелетийские баталии, когда в начале мая появился новый гонец, дрожавший от страха и усталости. Его слова возбудили смятение в лагере султана. Франки были у ворот Никеи и начали осаду. В этот раз, в отличие от прошлого лета, это не были несколько банд оборванных грабителей, а уже настоящие армии из нескольких тысяч тяжеловооружённых рыцарей. И на этот раз их сопровождали солдаты басилевса. Кылыч-Арслан пытался успокоить своих людей, но его мучила тревога. Не следует ли его оставить Мелетию сопернику и вернуться в Никею? Был ли он уверен, что сможет спасти свою столицу? Не проиграет ли он на обоих фронтах? После долгих совещаний с самыми доверенными эмирами, стало вырисовываться решение, своего рода компромисс: он встретится в Данишмендом, который был всё-таки достойным человеком, сообщит ему о попытке завоевания, предпринятой Румом и его наёмниками, что представляло угрозу для всех мусульман Малой Азии, и предложит окончание враждебных действий. Ещё до того, как Данишменд дал ответ, султан отправил часть своей армии к столице.
После нескольких дней переговоров, было заключено перемирие и Кылыч-Арслан без промедления выступил на запад. Но зрелище, ожидавшее его по достижении холмистых окрестностей Никеи, заставило похолодеть кровь в его жилах. Величественный город, завещанный ему отцом, был окружён; огромное число солдат строило лагерь, деловито сооружались передвижные башни, катапульты и мангонелы для использования в окончательном штурме. Эмиры были категоричны: тут нечего было делать. Единственная возможность состояла в отступлении вглубь страны, пока ещё не поздно. Но молодой султан не мог заставить себя покинуть столицу таким образом. Он настоял на отчаянной попытке прорвать осаду города на южной окраине, где нападающие, как казалось, окопались не столь прочно. Сражение было начато на рассвете 21 мая. Кылыч-Арслан сам яростно бросился в схватку, и битва кипела до захода солнца. Потери были одинаковы с обоих сторон, но каждый остался на своих позициях. Султан не упорствовал. Он понял, что ничто не поможет ему ослабить тиски. Настаивая на броске всех его сил в столь плохо подготовленное сражение, можно было затянуть осаду на несколько недель, может быть, даже несколько месяцев, но это грозило самому существованию султаната. Как отпрыск по-существу кочевого народа, Кылыч-Арслан понимал, что источник его власти составляли находящиеся под его командой тысячи воинов, а не владение городом, каким бы очаровательным тот ни был. Во всяком случае, вскоре он избрал своей новой столицей город Аконию, дальше к востоку, город, который его потомки удержат вплоть до начала XIV века. Кылыч-Арслану больше не суждено было увидеть Никею.