Перед уходом он направил защитникам города прощальное послание, сообщая им о своём болезненном решении и советуя им действовать «в свете своих интересов». Значение этих слов было ясно в равной мере и турецкому гарнизону, и греческому населению: город должен быть передан Алексию Комнину, а не его франкским союзникам. Были начаты переговоры с басилевсом, который занимал позицию к западу от Никеи во главе своих войск. Люди султана тянули время, видимо надеясь, что их вождь как-нибудь сумеет вернуться с подкреплением. Но Алексий торопил их. Западные пришельцы, опасался он, готовят последний штурм, и потом ничего нельзя будет поделать. Вспоминая о поведении франков в окрестностях Никеи годом раньше, переговорщики содрогались от ужаса. Они уже представляли себе город разграбленным, мужчин убитыми, а женщин обесчещенными. Немедля более, они согласились вручить свои судьбы басилевсу, которому оставалось установить только условия капитуляции.
В ночь с 18 на 19 июня солдаты византийской армии, в большинстве турки, вошли в город, незаметно переплыв на кораблях Асканское озеро. Гарнизон сдался без боя. С первыми проблесками рассвета голубые и золотые знамёна императора уже реяли над стенами города. Франки отказались от штурма. Таким образом, Кылыч-Арслан был несколько утешен в своей неудаче: султанских сановников пощадили, а юная султанша с новорождённым сыном даже была принята в Константинополе с царскими почестями — к большому изумлению франков.
Молодая жена Кылыч-Арслана была дочерью человека по имени Чака, турецкого эмира и гениального искателя приключений, ставшего известным накануне франкского вторжения. Заключенный в румскую тюрьму после неудачного набега на Малую Азию, он поразил тех, кто взял его в плен необычайной лёгкостью во владении греческим языком: он превосходно говорил на нём уже через несколько месяцев. Блистательный и умный, великолепный оратор, он стал частым гостем во дворце императора, который дошёл до того, что удостоил его благородного титула. Но этого изумительного продвижения ему было мало, ибо в своих мечтах он видел намного большее: он пожелал стать императором Византии.
Эмир Чака придумал хитрый план для достижения своей цели. Сначала он покинул Константинополь и поселился в Смирне на Эгейском море. Здесь с помощью греческих корабелов он построил свой собственный флот, включавший лёгкие бригантины и галеры, дромоны, биремы и триремы — всего около ста судов. В начале своей кампании, он захватил многие острова, в первую очередь Родос, Хиос и Самос, и установил свою власть вдоль всего Эгейского побережья. Отхватив себе таким образом морскую часть империи, он провозгласил себя басилевсом и обустроил свой дворец в Смирне по образцу императорского двора. Затем он двинул свой флот в атаку на Константинополь. Только ценой огромных усилий Алексию удалось отразить нападение и уничтожить часть турецких кораблей. Отнюдь не обескураженный этим, отец будущей султанши принялся восстанавливать свои боевые суда. Тем временем настал конец 1092 года, Кылыч-Арслан как раз вернулся из изгнания, и Чака подумал, что юный сын Сулеймана будет отличным союзником против Рума. И предложил ему руку своей дочери. Но намерения молодого султана совершенно отличались от устремлений тестя. Он рассматривал завоевание Константинополя как абсолютно абсурдный проект; с другой стороны, все в его окружении знали о его желании устранить тех турецких эмиров, которые были рады отхватить себе владения в малой Азии. Особенно это касалось Данишменда и амбициозного Чаки. Султан не медлил: через несколько месяцев после появления франков он пригласил своего тестя на пир, напотчевал вином и заколол, очевидно, собственноручно. Чаки наследовал сын, не обладавший ни его интеллектом, ни его амбициями. Брат султанши довольствовался властью в пределах своего морского эмирата до тех пор, пока однажды в 1097 году у побережья Смирны не появился неожиданно румский флот со столь же неожиданным посланником на борту — с его собственной сестрой.
Она плохо понимала причины, побудившие византийского императора так заботиться о ней, но когда её привезли в Смирну, город, где она провела детство, всё сразу стало ясно. Её было велено объяснить своему брату, что Алексий захватил Никею, что Кылыч-Арслан потерпел поражение, и что могучая армия Рума и франков скоро нападёт на Смирну при поддержке огромного флота. В обмен на жизнь сыну Чаки было предложено сопроводить сестру к её мужу, в Анатолию.