10 марта 1098 г. Бодуэн стал правителем Эдессы. Получив все богатства, накопленные Торосом, он за 10 тысяч безантов купил у Балдака крепость Самосату и вернул горожанам детей, которых тот держал заложниками. Самому Балдаку с его солдатами Бодуэн предложил поселиться в Эдессе в качестве наемного войска. Балдак вскоре изменил Бодуэну (или его обвинили в измене) и был казнен.
Бодуэн не смог отмыться от позорного пятна убийства Тороса, на что ясно показывает неодобрительное отношение к этому его поступку латинских хронистов. Однако нужно отметить, что Торос был убит руками горожан-армян, в своей ненависти к нему не понимавших, что только опытный, умный и хитрый Торос смог бы, возможно, сохранить их относительную независимость. Франкское господство приведет к полному разорению и уничтожению поселений армян на Евфрате.
Графство Эдесса было первым государством, основанным крестоносцами, оно будет и первым, которое они потеряют. Бодуэн первым осуществил мечту крестоносцев - добыл для себя княжество. Эдесса стала передовым укреплением государств крестоносцев в Святой Земле. Это противоречило клятве, которую Бодуэн дал императору в Константинополе, так как Эдесса еще совсем недавно принадлежала Византии и Торос был чиновником империи, хотя и не платил Алексею податей. Император не мог не заметить нарушения клятвы, но до поры до времени не стал предъявлять свои правовые претензии.
Узнав об успехах Бодуэна, к нему свернули на пути к Антиохии отставшие крестоносцы, а некоторые, недовольные медленным ходом осады, даже ушли к нему из-под осажденного города. Он щедро наделял их деньгами из казны Тороса и землями, которые еще нужно было завоевать.
Чтобы укрепить положение франков и крепче привязать их к земле, Бодуэн предложил рыцарям и солдатам жениться на армянских наследницах, и сам женился на красавице Арде, дочери армянского правителя Мараша Тафнуза. Он обещал дать за дочерью 60 тысяч безантов и свои земли, но обещания не выполнил. Брак был неудачным и не принес Бодуэну наследников.
Захватом турецкого города Саруджа и армянского Биреджика Бодуэн упрочил положение Эдессы, закрепил за собой дороги из столицы к крепостям Тур-бессель и Равендель и установил связь с главной армией крестоносцев.
В мае 1098 г. к Эдессе подошел во главе огромной армии атабек* Мосула Кер-бога, шедший на помощь осажденной крестоносцами Антиохии. Он безуспешно в течение трех недель штурмовал стены Эдессы. Потерянное им у Эдессы время позволило франкам захватить Антиохию.
Тем временем среди армян против Бодуэна возник заговор. Они были недовольны наплывом в Эдессу франкских рыцарей, исключением армян из графского совета и налогами, которые при Бодуэне не стали ниже, чем были при Торосе. В конце 1098 г. один армянин выдал заговор Бодуэну. Двенадцать видных горожан замыслили убить его, расправиться с франками при помощи войск соседних турецких эмиров и поставить во главе города тестя Бодуэна, который находился в городе в связи со свадьбой дочери. Бодуэн нанес удар первым. Заговорщики были арестованы. Заговор был подавлен с крайней жестокостью: «Множество знатных людей, удостоенных различных титулов, закончили свои дни в темнице, в цепях и мучениях. У многих были выколоты глаза, отрублены нос или руки, отрезаны детородные органы, некоторые испустили дух на кресте» (Матфей Эдесский). За заключенных в тюрьму армян Бодуэн потребовал выкуп в 20 тысяч безантов. Тесть Бодуэна бежал из города, прихватив не выплаченное зятю приданое. Своей жестокостью Бодуэн внушил страх и покорность своим армянским подданным.