Исмаилитов преследовали постоянные расколы. В начале XI в. откололись друзы, получившие свое название по имени своего предводителя, проповедника Дарази, считавшие скрывшимся имамом - Махди - таинственно исчезнувшего (видимо, тайно убитого) в 1021 г. сумашедшего фатимидского халифа
Имам - глава общины, первый имам - Али.
аль-Хакима, прославившегося жестокими преследованиями христиан. Когда в 1094 г. египетский визирь аль-Афдал сделал халифом не старшего непокорного сына халифа аль-Мустансира - Низара, а младшего - послушного аль-Мустали, многие исмаилиты отвернулись от Фатимидов и образовали в Иране экстремистскую секту низаритов. Их преследовали как еретиков, но они не покорились и позже стали известны как «ассасины».
Население завоеванных земель легко подчинилось арабам. Этому способствовала его этническая и религиозная разобщенность. Ереси V-VII вв. отделили от ортодоксального христианства несториан, монофиситов и монофелитов. Не-сториане - сторонники константинопольского епископа Нестория, учение которого подчеркивало человеческую сущность Христа, - распространились в Сирии, Месопотамии, Иране, Индии и Китае. Монофиситы, приверженцы александрийского епископа Евтихия, учение которого, напротив, приписывало Христу единственно Божественную сущность, распространились в Египте и Сирии. Позже монофиситы Сирии, объединенные епископом Яковом Барадеем, стали называться яковитами, а монофиситы Египта - коптами. К монофиситам примкнула и армянская церковь. Армяне и сирийцы-яковиты не любили греков сильнее, чем мусульман, не желая принимать навязываемый им ортодоксальной христианской церковью догмат о божественной и человеческой природах Христа. Попытка примирить учение монофиситов с ортодоксальным христианством привела к образованию в Сирии монофелитской секты маронитов, названной по имени своего основателя, отшельника и проповедника Мар Марона, утверждавшего, что Христос обладает двумя природами, но одной «богочеловеческой энергией». Стороники ортодоксального христианства в Сирии и Египте оказались в меньшинстве по сравнению с еретиками, сохранив большинство только в городах Палестины. Их пренебрежительно называли мелькитами - людьми императора. Еще одной религиозной общиной были евреи, достигавшие значительной численности во всех городах Востока, лишенные в христианской Византийской империи гражданских прав.
Арабы, в отличие от ортодоксальной христианской церкви, не пытались навязать покоренным религиозное единообразие. Таким образом, переход власти к арабам принес облегчение и удобство еретическим сектам и иудеям. Быстро смирились с завоеванием и мелькиты - ортодоксальные христиане, когда увидели, что мусульмане их особо не преследуют и налоговый гнет завоевателей гораздо слабее, чем под властью Византии.
Христиане, евреи и персы-зороастрийцы должны были платить джизью - подушный налог, тогда им обеспечивалась свобода веры и они становились джим-мис - охраняемыми народами. Вскоре джизья превратилась в плату за освобождение от воинской службы и к ней был добавлен харадж - земельный налог. Каждая конфессия покоренных народов рассматривалась арабами как милет -полуавтономная община во главе со своим религиозным вождем, который отвечал за ее лояльность и добронравие. Таким образом, верность по отношению к религии на многие века на Ближнем и Среднем Востоке заняла место верности по отношению к национальности.
Джимис не разрешалось ездить на лошадях, носить оружие, пытаться обратить мусульман в свою веру, жениться на мусульманках, они обязаны были лояльно относиться к мусульманскому государству. Однако стоило неверному принять ислам, как он вступал в ряды правоверных и получал все преимущества господствующего класса.
Византийские императоры во всех своих переговорах и договорах с халифами приняли на себя ответственность за ортодоксальных христиан, живших в завоеванных арабами странах, поддерживая таким образом идею единства и неделимости христианства. У христианских еретических сект такого покровительства не было. Поэтому в ислам, отстоявший достаточно близко от христианства, переходили в гораздо большем количестве представители еретических сект, нежели ортодоксального христианства.